encode_submission/antibody.sql

   1 -- \pset format unaligned
   2 -- \pset fieldsep '\t'
   3 with
   4   experiment as (
   5   select uri as Experiment,
   6          payload->>'accession' as Experiment_Accession,
   7          payload->>'description' as Experiment_Description,
   8          payload->>'status' as Experiment_Status,
   9          payload->>'date_released' as Experiment_Released,
  10          payload->>'assay_title' as Experiment_Type,
  11          jsonb_array_elements_text(payload->'replicates') as Replicate
  12   from item
  13   where object_type = 'Experiment' and
  14         payload->'lab' @> '"/labs/michael-snyder/"'::jsonb
  15   ),
  16   replicate as (
  17     select uri as Replicate,
  18            payload->>'library' as Library,
  19            payload->>'antibody' as Antibody
  20     from item
  21     where object_type = 'Replicate'
  22   ),
  23   antibody_lot as (
  24     select uri as AntibodyLot,
  25            payload->>'antigen_description' as Antigen_Description,
  26            payload->>'clonality' as clonality,
  27            jsonb_array_elements_text(payload->'targets') as Target,
  28            jsonb_array_elements_text(payload->'characterizations') as Characterization
  29     from item
  30     where object_type = 'AntibodyLot'
  31   ),
  32   antibody_characterization as (
  33     select uri as AntibodyCharacterization
  34     from item
  35     where object_type = 'AntibodyCharcterization'
  36   ),
  37   library as (
  38     select uri as Library,
  39            payload->>'accession' as Library_Accession,
  40            payload->>'date_created' as Library_Created,
  41            payload->>'biosample' as Biosample
  42     from item
  43     where object_type = 'Library'
  44   ),
  45   biosample as (
  46      select uri as Biosample,
  47             payload->>'donor' as Donor
  48         from item
  49         where object_type = 'Biosample'
  50   ),
  51   donor as (
  52      select uri as Donor,
  53             payload->>'organism' as Organism
  54       from item
  55   )
  56 select
  57   Experiment,
  58   Experiment_Status,
  59   Replicate.Replicate,
  60   Replicate.Antibody,
  61   AntibodyLot
  62 from experiment
  63      JOIN replicate ON experiment.Replicate = replicate.Replicate
  64      JOIN antibody_lot on replicate.Antibody = antibody_lot.AntibodyLot
  65 -- limit 10
  66 ;