experiments/experiments_factory.py

   1 import datetime
   2
   3 import factory
   4 from factory.django import DjangoModelFactory
   5 from factory.fuzzy import FuzzyText
   6 from . import models
   7 from samples.samples_factory import LibraryFactory
   8
   9
  10 class ClusterStationFactory(DjangoModelFactory):
  11     class Meta:
  12         model = models.ClusterStation
  13
  14     name = factory.Sequence(lambda x: 'cluster station %d' % (x,))
  15     isdefault = True
  16
  17
  18 class SequencerFactory(DjangoModelFactory):
  19     class Meta:
  20         model = models.Sequencer
  21
  22     name = factory.Sequence(lambda x: 'sequencer %d' % (x,))
  23     instrument_name = factory.Sequence(lambda x: 'instrument name %d' % (x,))
  24     serial_number = factory.Sequence(lambda x: 'squencer serial number %d' % (x,))
  25     model = 'HiSeq 1'
  26     active = True
  27     isdefault = True
  28     comment = 'example sequencer'
  29
  30
  31 class FlowCellFactory(DjangoModelFactory):
  32     class Meta:
  33         model = models.FlowCell
  34
  35     flowcell_id = FuzzyText(length=6, suffix='AAXX')
  36     run_date = datetime.datetime.now()
  37     advanced_run = False
  38     paired_end = True
  39     read_length = 100
  40     control_lane = 0
  41     cluster_station = factory.SubFactory(ClusterStationFactory)
  42     sequencer = factory.SubFactory(SequencerFactory)
  43     notes = 'flowcell notes'
  44
  45
  46 class LaneFactory(DjangoModelFactory):
  47     class Meta:
  48         model = models.Lane
  49
  50     flowcell = factory.SubFactory(FlowCellFactory)
  51     lane_number = 1
  52     library = factory.SubFactory(LibraryFactory)
  53     pM = 1.2
  54     cluster_estimate = 12345
  55     status = 2
  56     comment = 'lane comment'
  57
  58
  59 class DataRunFactory(DjangoModelFactory):
  60     class Meta:
  61         model = models.DataRun
  62
  63     flowcell = factory.SubFactory(FlowCellFactory)
  64     runfolder_name = '102030_UAW-EAS22_1234AAAAXX'
  65     result_dir = runfolder_name + '/Unaligned'
  66     run_start_time = datetime.datetime.now()
  67     cycle_start = 1
  68     cycle_stop = 101
  69     run_status = 2
  70     image_software = 'RTA'
  71     image_version = '1.1'
  72     basecall_software = 'RTA'
  73     basecall_version = '2.2'
  74     alignment_software = 'eland'
  75     alignment_version = '2.2'
  76     comment = 'comment'
  77
  78
  79 class FileTypeFactory(DjangoModelFactory):
  80     class Meta:
  81         model = models.FileType
  82
  83     name = 'file type'
  84     mimetype = 'application/file'
  85     regex = '.file$'
  86