experiments/experiments_factory.py

   1 from __future__ import unicode_literals
   2
   3 import datetime
   4
   5 import factory
   6 from factory.django import DjangoModelFactory
   7 from factory.fuzzy import FuzzyText
   8 from . import models
   9 from samples.samples_factory import LibraryFactory
  10
  11
  12 class ClusterStationFactory(DjangoModelFactory):
  13     class Meta:
  14         model = models.ClusterStation
  15
  16     name = factory.Sequence(lambda x: 'cluster station %d' % (x,))
  17     isdefault = True
  18
  19
  20 class SequencerFactory(DjangoModelFactory):
  21     class Meta:
  22         model = models.Sequencer
  23
  24     name = factory.Sequence(lambda x: 'sequencer %d' % (x,))
  25     instrument_name = factory.Sequence(lambda x: 'instrument name %d' % (x,))
  26     serial_number = factory.Sequence(lambda x: 'squencer serial number %d' % (x,))
  27     model = 'HiSeq 1'
  28     active = True
  29     isdefault = True
  30     comment = 'example sequencer'
  31
  32
  33 class FlowCellFactory(DjangoModelFactory):
  34     class Meta:
  35         model = models.FlowCell
  36
  37     flowcell_id = FuzzyText(length=6, suffix='AAXX')
  38     run_date = datetime.datetime.now()
  39     advanced_run = False
  40     paired_end = True
  41     read_length = 100
  42     control_lane = 0
  43     cluster_station = factory.SubFactory(ClusterStationFactory)
  44     sequencer = factory.SubFactory(SequencerFactory)
  45     notes = 'flowcell notes'
  46
  47
  48 class LaneFactory(DjangoModelFactory):
  49     class Meta:
  50         model = models.Lane
  51
  52     flowcell = factory.SubFactory(FlowCellFactory)
  53     lane_number = 1
  54     library = factory.SubFactory(LibraryFactory)
  55     pM = 1.2
  56     cluster_estimate = 12345
  57     status = 2
  58     comment = 'lane comment'
  59
  60
  61 class DataRunFactory(DjangoModelFactory):
  62     class Meta:
  63         model = models.DataRun
  64
  65     flowcell = factory.SubFactory(FlowCellFactory)
  66     runfolder_name = '102030_UAW-EAS22_1234AAAAXX'
  67     result_dir = runfolder_name + '/Unaligned'
  68     run_start_time = datetime.datetime.now()
  69     cycle_start = 1
  70     cycle_stop = 101
  71     run_status = 2
  72     image_software = 'RTA'
  73     image_version = '1.1'
  74     basecall_software = 'RTA'
  75     basecall_version = '2.2'
  76     alignment_software = 'eland'
  77     alignment_version = '2.2'
  78     comment = 'comment'
  79
  80
  81 class FileTypeFactory(DjangoModelFactory):
  82     class Meta:
  83         model = models.FileType
  84
  85     name = 'file type'
  86     mimetype = 'application/file'
  87     regex = '.file$'
  88