experiments/migrations/0001_initial.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 from __future__ import unicode_literals
   3
   4 from django.db import models, migrations
   5 import experiments.models
   6
   7
   8 class Migration(migrations.Migration):
   9
  10     dependencies = [
  11         ('samples', '0001_initial'),
  12     ]
  13
  14     operations = [
  15         migrations.CreateModel(
  16             name='ClusterStation',
  17             fields=[
  18                 ('id', models.AutoField(verbose_name='ID', serialize=False, auto_created=True, primary_key=True)),
  19                 ('name', models.CharField(unique=True, max_length=50)),
  20                 ('isdefault', models.BooleanField(default=False)),
  21             ],
  22             options={
  23                 'ordering': ['-isdefault', 'name'],
  24             },
  25             bases=(models.Model,),
  26         ),
  27         migrations.CreateModel(
  28             name='DataFile',
  29             fields=[
  30                 ('id', models.AutoField(verbose_name='ID', serialize=False, auto_created=True, primary_key=True)),
  31                 ('random_key', models.CharField(default=experiments.models.str_uuid, max_length=64, db_index=True)),
  32                 ('relative_pathname', models.CharField(max_length=255, db_index=True)),
  33             ],
  34             options={
  35             },
  36             bases=(models.Model,),
  37         ),
  38         migrations.CreateModel(
  39             name='DataRun',
  40             fields=[
  41                 ('id', models.AutoField(verbose_name='ID', serialize=False, auto_created=True, primary_key=True)),
  42                 ('runfolder_name', models.CharField(max_length=50)),
  43                 ('result_dir', models.CharField(max_length=255)),
  44                 ('last_update_time', models.DateTimeField()),
  45                 ('run_start_time', models.DateTimeField()),
  46                 ('cycle_start', models.IntegerField(null=True, blank=True)),
  47                 ('cycle_stop', models.IntegerField(null=True, blank=True)),
  48                 ('run_status', models.IntegerField(blank=True, null=True, choices=[(0, b'Sequencer running'), (1, b'Data Pipeline Started'), (2, b'Data Pipeline Interrupted'), (3, b'Data Pipeline Finished'), (4, b'Collect Results Started'), (5, b'Collect Results Finished'), (6, b'QC Started'), (7, b'QC Finished'), (255, b'DONE')])),
  49                 ('image_software', models.CharField(max_length=50)),
  50                 ('image_version', models.CharField(max_length=50)),
  51                 ('basecall_software', models.CharField(max_length=50)),
  52                 ('basecall_version', models.CharField(max_length=50)),
  53                 ('alignment_software', models.CharField(max_length=50)),
  54                 ('alignment_version', models.CharField(max_length=50)),
  55                 ('comment', models.TextField(blank=True)),
  56             ],
  57             options={
  58             },
  59             bases=(models.Model,),
  60         ),
  61         migrations.CreateModel(
  62             name='FileType',
  63             fields=[
  64                 ('id', models.AutoField(verbose_name='ID', serialize=False, auto_created=True, primary_key=True)),
  65                 ('name', models.CharField(max_length=50)),
  66                 ('mimetype', models.CharField(max_length=50, null=True, blank=True)),
  67                 ('regex', models.TextField(null=True, blank=True)),
  68             ],
  69             options={
  70             },
  71             bases=(models.Model,),
  72         ),
  73         migrations.CreateModel(
  74             name='FlowCell',
  75             fields=[
  76                 ('id', models.AutoField(verbose_name='ID', serialize=False, auto_created=True, primary_key=True)),
  77                 ('flowcell_id', models.CharField(unique=True, max_length=20, db_index=True)),
  78                 ('run_date', models.DateTimeField()),
  79                 ('advanced_run', models.BooleanField(default=False)),
  80                 ('paired_end', models.BooleanField(default=False)),
  81                 ('read_length', models.IntegerField(default=32)),
  82                 ('control_lane', models.IntegerField(blank=True, null=True, choices=[(1, 1), (2, 2), (3, 3), (4, 4), (5, 5), (6, 6), (7, 7), (8, 8), (0, b'All Lanes')])),
  83                 ('notes', models.TextField(blank=True)),
  84                 ('cluster_station', models.ForeignKey(default=experiments.models.cluster_station_default, to='experiments.ClusterStation')),
  85             ],
  86             options={
  87                 'ordering': ['-run_date'],
  88             },
  89             bases=(models.Model,),
  90         ),
  91         migrations.CreateModel(
  92             name='Lane',
  93             fields=[
  94                 ('id', models.AutoField(verbose_name='ID', serialize=False, auto_created=True, primary_key=True)),
  95                 ('lane_number', models.IntegerField()),
  96                 ('pM', models.DecimalField(default=5, max_digits=5, decimal_places=2)),
  97                 ('cluster_estimate', models.IntegerField(null=True, blank=True)),
  98                 ('status', models.IntegerField(blank=True, null=True, choices=[(0, b'Failed'), (1, b'Marginal'), (2, b'Good')])),
  99                 ('comment', models.TextField(null=True, blank=True)),
 100                 ('flowcell', models.ForeignKey(to='experiments.FlowCell')),
 101                 ('library', models.ForeignKey(to='samples.Library')),
 102             ],
 103             options={
 104             },
 105             bases=(models.Model,),
 106         ),
 107         migrations.CreateModel(
 108             name='Sequencer',
 109             fields=[
 110                 ('id', models.AutoField(verbose_name='ID', serialize=False, auto_created=True, primary_key=True)),
 111                 ('name', models.CharField(max_length=50, db_index=True)),
 112                 ('instrument_name', models.CharField(max_length=50, db_index=True)),
 113                 ('serial_number', models.CharField(max_length=50, db_index=True)),
 114                 ('model', models.CharField(max_length=255)),
 115                 ('active', models.BooleanField(default=True)),
 116                 ('isdefault', models.BooleanField(default=False)),
 117                 ('comment', models.CharField(max_length=255)),
 118             ],
 119             options={
 120                 'ordering': ['-isdefault', '-active', 'name'],
 121             },
 122             bases=(models.Model,),
 123         ),
 124         migrations.AddField(
 125             model_name='flowcell',
 126             name='sequencer',
 127             field=models.ForeignKey(default=experiments.models.sequencer_default, to='experiments.Sequencer'),
 128             preserve_default=True,
 129         ),
 130         migrations.AddField(
 131             model_name='datarun',
 132             name='flowcell',
 133             field=models.ForeignKey(verbose_name=b'Flowcell Id', to='experiments.FlowCell'),
 134             preserve_default=True,
 135         ),
 136         migrations.AddField(
 137             model_name='datafile',
 138             name='data_run',
 139             field=models.ForeignKey(to='experiments.DataRun'),
 140             preserve_default=True,
 141         ),
 142         migrations.AddField(
 143             model_name='datafile',
 144             name='file_type',
 145             field=models.ForeignKey(to='experiments.FileType'),
 146             preserve_default=True,
 147         ),
 148         migrations.AddField(
 149             model_name='datafile',
 150             name='library',
 151             field=models.ForeignKey(blank=True, to='samples.Library', null=True),
 152             preserve_default=True,
 153         ),
 154     ]