ga_frontend/eland_config/views.py

   1 from django.http import HttpResponse
   2 from django.shortcuts import render_to_response
   3 from ga_frontend.eland_config import forms
   4 from ga_frontend import settings
   5 from ga_frontend.fctracker import models
   6
   7 import os
   8 import glob
   9 # Create your views here.
  10
  11
  12 #def contact(request):
  13 #    if request.method == 'POST':
  14 #        form = ContactForm(request.POST)
  15 #        if form.is_valid():
  16 #            # Do form processing here...
  17 #            return HttpResponseRedirect('/url/on_success/')
  18 #    else:
  19 #        form = ContactForm()
  20 #    return
  21
  22
  23
  24 def _saveConfigFile(form):
  25   """
  26   Given a valid form, save eland config to file based on flowcell number.
  27   """
  28   assert form.is_valid()
  29
  30   clean_data = form.cleaned_data
  31   flowcell = clean_data['flow_cell_number'].replace('/','_').replace('..', '__')
  32
  33   file_path = os.path.join(settings.UPLOADTO_CONFIG_FILE, flowcell)
  34
  35   f = open(file_path, 'w')
  36   cfg = generateElandConfig(form)
  37   f.write(cfg)
  38   f.close()
  39
  40
  41 def _saveToDb(form):
  42   """
  43   Save info to the database.
  44   """
  45   clean_data = form.cleaned_data
  46
  47   fc_id = clean_data['flow_cell_number']
  48
  49   try:
  50     fc = models.FlowCell.objects.get(flowcell_id=fc_id)
  51   except models.FlowCell.DoesNotExist:
  52     fc = models.FlowCell()
  53
  54   fc.flowcell_id = fc_id
  55   fc.run_date = clean_data['run_date']
  56
  57   #LANE 1
  58   fc.lane1_sample = clean_data['lane1_description']
  59   species_name = clean_data['lane1_species']
  60   try:
  61     specie = models.Specie.objects.get(scientific_name=species_name)
  62   except models.Specie.DoesNotExist:
  63     specie = models.Specie(scientific_name=species_name)
  64     specie.save()
  65   fc.lane1_species = specie
  66
  67   #LANE 2
  68   fc.lane2_sample = clean_data['lane2_description']
  69   species_name = clean_data['lane2_species']
  70   try:
  71     specie = models.Specie.objects.get(scientific_name=species_name)
  72   except models.Specie.DoesNotExist:
  73     specie = models.Specie(scientific_name=species_name)
  74     specie.save()
  75   fc.lane2_species = specie
  76
  77   #LANE 3
  78   fc.lane3_sample = clean_data['lane3_description']
  79   species_name = clean_data['lane3_species']
  80   try:
  81     specie = models.Specie.objects.get(scientific_name=species_name)
  82   except models.Specie.DoesNotExist:
  83     specie = models.Specie(scientific_name=species_name)
  84     specie.save()
  85   fc.lane3_species = specie
  86
  87   #LANE 4
  88   fc.lane4_sample = clean_data['lane4_description']
  89   species_name = clean_data['lane4_species']
  90   try:
  91     specie = models.Specie.objects.get(scientific_name=species_name)
  92   except models.Specie.DoesNotExist:
  93     specie = models.Specie(scientific_name=species_name)
  94     specie.save()
  95   fc.lane4_species = specie
  96
  97   #LANE 5
  98   fc.lane5_sample = clean_data['lane5_description']
  99   species_name = clean_data['lane5_species']
 100   try:
 101     specie = models.Specie.objects.get(scientific_name=species_name)
 102   except models.Specie.DoesNotExist:
 103     specie = models.Specie(scientific_name=species_name)
 104     specie.save()
 105   fc.lane5_species = specie
 106
 107   #LANE 6
 108   fc.lane6_sample = clean_data['lane6_description']
 109   species_name = clean_data['lane6_species']
 110   try:
 111     specie = models.Specie.objects.get(scientific_name=species_name)
 112   except models.Specie.DoesNotExist:
 113     specie = models.Specie(scientific_name=species_name)
 114     specie.save()
 115   fc.lane6_species = specie
 116
 117   #LANE 7
 118   fc.lane7_sample = clean_data['lane7_description']
 119   species_name = clean_data['lane7_species']
 120   try:
 121     specie = models.Specie.objects.get(scientific_name=species_name)
 122   except models.Specie.DoesNotExist:
 123     specie = models.Specie(scientific_name=species_name)
 124     specie.save()
 125   fc.lane7_species = specie
 126
 127   #LANE 8
 128   fc.lane8_sample = clean_data['lane8_description']
 129   species_name = clean_data['lane8_species']
 130   try:
 131     specie = models.Specie.objects.get(scientific_name=species_name)
 132   except models.Specie.DoesNotExist:
 133     specie = models.Specie(scientific_name=species_name)
 134     specie.save()
 135   fc.lane8_species = specie
 136
 137   fc.notes = clean_data['notes']
 138
 139   fc.save()
 140
 141   return fc
 142
 143
 144 def generateElandConfig(form):
 145   data = []
 146
 147   form = form.cleaned_data
 148
 149   BASE_DIR = '/data-store01/compbio/genomes'
 150
 151   data.append("# FLOWCELL: %s" % (form['flow_cell_number']))
 152   data.append("#")
 153
 154   notes = form['notes'].replace('\r\n', '\n').replace('\r', '\n')
 155   notes = notes.replace('\n', '\n#  ')
 156   data.append("# NOTES:")
 157   data.append("#  %s\n#" % (notes))
 158
 159   #Convert all newline conventions to unix style
 160   l1d = form['lane1_description'].replace('\r\n', '\n').replace('\r', '\n')
 161   l2d = form['lane2_description'].replace('\r\n', '\n').replace('\r', '\n')
 162   l3d = form['lane3_description'].replace('\r\n', '\n').replace('\r', '\n')
 163   l4d = form['lane4_description'].replace('\r\n', '\n').replace('\r', '\n')
 164   l5d = form['lane5_description'].replace('\r\n', '\n').replace('\r', '\n')
 165   l6d = form['lane6_description'].replace('\r\n', '\n').replace('\r', '\n')
 166   l7d = form['lane7_description'].replace('\r\n', '\n').replace('\r', '\n')
 167   l8d = form['lane8_description'].replace('\r\n', '\n').replace('\r', '\n')
 168
 169   # Turn new lines into indented commented newlines
 170   l1d = l1d.replace('\n', '\n#  ')
 171   l2d = l2d.replace('\n', '\n#  ')
 172   l3d = l3d.replace('\n', '\n#  ')
 173   l4d = l4d.replace('\n', '\n#  ')
 174   l5d = l5d.replace('\n', '\n#  ')
 175   l6d = l6d.replace('\n', '\n#  ')
 176   l7d = l7d.replace('\n', '\n#  ')
 177   l8d = l8d.replace('\n', '\n#  ')
 178
 179   data.append("# Lane1: %s" % (l1d))
 180   data.append("# Lane2: %s" % (l2d))
 181   data.append("# Lane3: %s" % (l3d))
 182   data.append("# Lane4: %s" % (l4d))
 183   data.append("# Lane5: %s" % (l5d))
 184   data.append("# Lane6: %s" % (l6d))
 185   data.append("# Lane7: %s" % (l7d))
 186   data.append("# Lane8: %s" % (l8d))
 187
 188   #data.append("GENOME_DIR %s" % (BASE_DIR))
 189   #data.append("CONTAM_DIR %s" % (BASE_DIR))
 190   read_length = form['read_length']
 191   data.append("READ_LENGTH %d" % (read_length))
 192   #data.append("ELAND_REPEAT")
 193   data.append("ELAND_MULTIPLE_INSTANCES 8")
 194
 195   #Construct genome dictionary to figure out what lanes to put
 196   # in the config file.
 197   genome_dict = {}
 198   l1s = form['lane1_species']
 199   genome_dict.setdefault(l1s, []).append('1')
 200   l2s = form['lane2_species']
 201   genome_dict.setdefault(l2s, []).append('2')
 202   l3s = form['lane3_species']
 203   genome_dict.setdefault(l3s, []).append('3')
 204   l4s = form['lane4_species']
 205   genome_dict.setdefault(l4s, []).append('4')
 206   l5s = form['lane5_species']
 207   genome_dict.setdefault(l5s, []).append('5')
 208   l6s = form['lane6_species']
 209   genome_dict.setdefault(l6s, []).append('6')
 210   l7s = form['lane7_species']
 211   genome_dict.setdefault(l7s, []).append('7')
 212   l8s = form['lane8_species']
 213   genome_dict.setdefault(l8s, []).append('8')
 214
 215   genome_list = genome_dict.keys()
 216   genome_list.sort()
 217
 218   #Loop through and create entries for each species.
 219   for genome in genome_list:
 220     lanes = ''.join(genome_dict[genome])
 221     data.append('%s:ANALYSIS eland' % (lanes))
 222     data.append('%s:READ_LENGTH %s' % (lanes, read_length))
 223     data.append('%s:ELAND_GENOME %s' % (lanes, os.path.join(BASE_DIR, genome)))
 224     data.append('%s:USE_BASES %s' % (lanes, 'Y'*int(read_length)))
 225
 226   data.append('SEQUENCE_FORMAT --scarf')
 227
 228   return '\n'.join(data)
 229
 230 def config(request, flowcell=None):
 231   """
 232   Returns eland config file for a given flowcell number,
 233   or returns a list of available flowcell numbers.
 234   """
 235
 236   # Provide INDEX of available Flowcell config files.
 237   if flowcell is None:
 238     #Find all FC* config files and report an index html file
 239     fc_list = [ os.path.split(file_path)[1] for file_path in glob.glob(os.path.join(settings.UPLOADTO_CONFIG_FILE, 'FC*')) ]
 240     #Convert FC* list to html links
 241     fc_html = [ '<a href="/elandifier/config/%s/">%s</a>' % (fc_name, fc_name) for fc_name in fc_list ]
 242     return HttpResponse('<br />'.join(fc_html))
 243
 244   #FIXME: Should validate flowcell input before using.
 245   file_path = os.path.join(settings.UPLOADTO_CONFIG_FILE, flowcell)
 246
 247   if not os.path.isfile(file_path):
 248     return HttpResponse("Hmm, config file for %s does not seem to exist. Maybe I don't exist either?" % (flowcell))
 249
 250   f = open(file_path, 'r')
 251   cfg = f.read()
 252   f.close()
 253
 254   return HttpResponse(cfg, mimetype="text/plain")
 255
 256
 257
 258
 259 def index(request):
 260   """
 261   Return a form for filling out information about the flowcell
 262   """
 263   if request.method == 'POST':
 264     form = forms.ConfigForm(request.POST, error_class=forms.DivErrorList)
 265     if form.is_valid():
 266       #cfg = generateElandConfig(form)
 267       _saveConfigFile(form)
 268       _saveToDb(form)
 269       return HttpResponse("Eland Config Saved!", mimetype="text/plain")
 270     else:
 271       return render_to_response('config_form.html', {'form': form })
 272
 273   else:
 274     fm = forms.ConfigForm(error_class=forms.DivErrorList)
 275     return render_to_response('config_form.html', {'form': fm })