ga_frontend/fctracker/models.py

   1 from django.db import models
   2 from ga_frontend import settings
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   4 # Create your models here.
   5
   6 class Species(models.Model):
   7
   8   scientific_name = models.CharField(max_length=256, unique=True, db_index=True, core=True)
   9   common_name = models.CharField(max_length=256, blank=True)
  10
  11   def __str__(self):
  12     return '%s (%s)' % (self.scientific_name, self.common_name)
  13
  14   class Meta:
  15     verbose_name_plural = "species"
  16     ordering = ["scientific_name"]
  17
  18   class Admin:
  19       fields = (
  20         (None, {
  21             'fields': (('scientific_name', 'common_name'),)
  22         }),
  23       )
  24
  25 class Library(models.Model):
  26
  27   library_id = models.IntegerField(primary_key=True, db_index=True, core=True)
  28   library_name = models.CharField(max_length=100, unique=True, core=True)
  29   library_species = models.ForeignKey(Species, core=True)
  30   RNAseq = models.BooleanField()
  31
  32   made_by = models.CharField(max_length=50, blank=True, default="Lorian")
  33   creation_date = models.DateField(blank=True, null=True)
  34   made_for = models.CharField(max_length=50, blank=True)
  35
  36   PROTOCOL_END_POINTS = (
  37       ('?', 'Unknown'),
  38       ('Sample', 'Raw sample'),
  39       ('Gel', 'Ran gel'),
  40       ('1A', 'Gel purification'),
  41       ('2A', '2nd PCR'),
  42       ('Progress', 'In progress'),
  43     )
  44   stopping_point = models.CharField(max_length=50, choices=PROTOCOL_END_POINTS)
  45   amplified_from_sample = models.ForeignKey('self', blank=True, null=True)
  46
  47   undiluted_concentration = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2, blank=True, null=True)
  48   ten_nM_dilution = models.BooleanField()
  49   successful_pM = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  50
  51   notes = models.TextField(blank=True)
  52
  53   def __str__(self):
  54     return '#%s: %s' % (self.library_id, self.library_name)
  55
  56   class Meta:
  57     verbose_name_plural = "libraries"
  58     ordering = ["-library_id"]
  59
  60   class Admin:
  61     date_hierarchy = "creation_date"
  62     save_as = True
  63     save_on_top = True
  64     search_fields = ['library_name']
  65     list_display = ('library_id', 'library_name', 'made_for', 'creation_date', 'ten_nM_dilution', 'stopping_point', 'successful_pM')
  66     list_display_links = ('library_id', 'library_name')
  67     list_filter = ('stopping_point', 'ten_nM_dilution', 'library_species', 'made_for', 'made_by')
  68     fields = (
  69         (None, {
  70             'fields': (('library_id', 'library_name'), ('library_species', 'RNAseq'),)
  71         }),
  72         ('Creation Information:', {
  73             'fields' : (('made_for', 'made_by', 'creation_date'), ('stopping_point', 'amplified_from_sample'), ('undiluted_concentration', 'ten_nM_dilution', 'successful_pM'), 'notes',)
  74         }),
  75     )
  76
  77 class FlowCell(models.Model):
  78
  79   flowcell_id = models.CharField(max_length=20, unique=True, db_index=True, core=True)
  80   run_date = models.DateTimeField(core=True)
  81   advanced_run = models.BooleanField(default=False)
  82   read_length = models.IntegerField(default=32)
  83
  84   lane_1_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_1_library")
  85   lane_2_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_2_library")
  86   lane_3_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_3_library")
  87   lane_4_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_4_library")
  88   lane_5_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_5_library")
  89   lane_6_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_6_library")
  90   lane_7_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_7_library")
  91   lane_8_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_8_library")
  92
  93   lane_1_pM = models.IntegerField(default=4)
  94   lane_2_pM = models.IntegerField(default=4)
  95   lane_3_pM = models.IntegerField(default=4)
  96   lane_4_pM = models.IntegerField(default=4)
  97   lane_5_pM = models.IntegerField(default=4)
  98   lane_6_pM = models.IntegerField(default=4)
  99   lane_7_pM = models.IntegerField(default=4)
 100   lane_8_pM = models.IntegerField(default=4)
 101
 102   lane_1_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 103   lane_2_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 104   lane_3_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 105   lane_4_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 106   lane_5_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 107   lane_6_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 108   lane_7_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 109   lane_8_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 110
 111   notes = models.TextField(blank=True)
 112
 113   def __str__(self):
 114     return '%s (%s)' % (self.flowcell_id, self.run_date)
 115
 116   class Meta:
 117     ordering = ["run_date"]
 118
 119   class Admin:
 120     date_hierarchy = "run_date"
 121     save_on_top = True
 122     search_fields = ['lane_1_library', 'lane_2_library', 'lane_3_library', 'lane_4_library', 'lane_5_library', 'lane_6_library', 'lane_7_library', 'lane_8_library']
 123     list_display = ('flowcell_id', 'run_date', 'lane_1_library', 'lane_2_library', 'lane_3_library', 'lane_4_library', 'lane_5_library', 'lane_6_library', 'lane_7_library', 'lane_8_library')
 124     fields = (
 125         (None, {
 126             'fields': ('run_date', 'flowcell_id', ('read_length', 'advanced_run'),)
 127         }),
 128         ('Lanes:', {
 129             'fields' : (('lane_1_library', 'lane_1_pM', 'lane_1_cluster_estimate'), ('lane_2_library', 'lane_2_pM', 'lane_2_cluster_estimate'), ('lane_3_library', 'lane_3_pM', 'lane_3_cluster_estimate'), ('lane_4_library', 'lane_4_pM', 'lane_4_cluster_estimate'), ('lane_5_library', 'lane_5_pM', 'lane_5_cluster_estimate'), ('lane_6_library', 'lane_6_pM', 'lane_6_cluster_estimate'), ('lane_7_library', 'lane_7_pM', 'lane_7_cluster_estimate'), ('lane_8_library', 'lane_8_pM', 'lane_8_cluster_estimate'),)
 130         }),
 131         (None, {
 132             'fields' : ('notes',)
 133         }),
 134     )
 135
 136 class ElandResult(models.Model):
 137
 138   class Admin: pass
 139
 140   flow_cell = models.ForeignKey(FlowCell)
 141   config_file = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_CONFIG_FILE)
 142   eland_result_pack = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_ELAND_RESULT_PACKS)
 143   bed_file_pack = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_BED_PACKS)
 144
 145   notes = models.TextField(blank=True)