gaworkflow/frontend/exp_track/models.py

   1 from django.db import models
   2 from gaworkflow.frontend.fctracker.models import FlowCell
   3
   4 class DataRun(models.Model):
   5   #ConfTemplate = "READ_LENGTH 25\nGENOME_DIR /Volumes/Genomes/hg18\nELAND_GENOME /Volumes/Genomes/hg18\nANALYSIS eland\nGENOME_FILE all_chr.fa\nELAND_MULTIPLE_INSTANCES 8"
   6   ConfTemplate = "CONFIG PARAMS WILL BE GENERATED BY THE PIPELINE SCRIPT.\nYOU'LL BE ABLE TO EDIT AFTER IF NEEDED."
   7   ##-----
   8   run_folder = models.CharField(max_length=50,unique=True, db_index=True)
   9   fcid = models.ForeignKey(FlowCell,verbose_name="Flowcell Id") #, null=True)
  10   config_params = models.TextField(default=ConfTemplate)
  11   run_start_time = models.DateTimeField(core=True)
  12   RUN_STATUS_CHOICES = (
  13       (0, 'Solexa Pipeline Not Yet Started'),
  14       (1, 'Solexa Pipeline Started'),
  15       (2, 'Solexa Pipeline Interrupted'),
  16       (3, 'Solexa Pipeline Finished'),
  17       (4, 'CollectReads Started'),
  18       (5, 'CollectReads Finished'),
  19     )
  20   run_status = models.IntegerField(choices=RUN_STATUS_CHOICES, default=0)
  21   run_note = models.CharField(max_length=500,blank=True)
  22
  23   #def __unicode__(self):
  24   #  return ...
  25
  26   class Admin:
  27     list_display = ('run_folder','fcid','run_start_time','run_status','run_note')
  28     list_filter = ('run_status','run_start_time')
  29