gaworkflow/frontend/fctracker/models.py

   1 from django.db import models
   2 from gaworkflow.frontend import settings
   3
   4 class Antibody(models.Model):
   5   antigene = models.CharField(max_length=500, db_index=True)
   6   catalog = models.CharField(max_length=50, unique=True, db_index=True)
   7   antibodies = models.CharField(max_length=500, db_index=True)
   8   source = models.CharField(max_length=500, blank=True, db_index=True)
   9   biology = models.TextField(blank=True)
  10   notes = models.TextField(blank=True)
  11   def __str__(self):
  12     return '%s - %s (%s)' % (self.antigene, self.antibodies, self.catalog)
  13   class Meta:
  14     verbose_name_plural = "antibodies"
  15     ordering = ["antigene"]
  16   class Admin:
  17       list_display = ('antigene','antibodies','catalog','source','biology','notes')
  18       list_filter = ('antibodies','source')
  19       fields = (
  20         (None, {
  21             'fields': (('antigene','antibodies'),('catalog','source'),('biology'),('notes'))
  22         }),
  23        )
  24
  25 class Cellline(models.Model):
  26   cellline_name = models.CharField(max_length=100, unique=True, db_index=True)
  27   notes = models.TextField(blank=True)
  28   def __str__(self):
  29     return '%s' % (self.cellline_name)
  30
  31   class Meta:
  32     ordering = ["cellline_name"]
  33
  34   class Admin:
  35       fields = (
  36         (None, {
  37             'fields': (('cellline_name'),('notes'),)
  38         }),
  39        )
  40
  41 class Condition(models.Model):
  42   condition_name = models.CharField(max_length=2000, unique=True, db_index=True)
  43   notes = models.TextField(blank=True)
  44   def __str__(self):
  45     return '%s' % (self.condition_name)
  46
  47   class Meta:
  48     ordering = ["condition_name"]
  49
  50   class Admin:
  51       fields = (
  52         (None, {
  53             'fields': (('condition_name'),('notes'),)
  54         }),
  55        )
  56
  57 class Species(models.Model):
  58   scientific_name = models.CharField(max_length=256, unique=False, db_index=True, core=True)
  59   common_name = models.CharField(max_length=256, blank=True)
  60   use_genome_build = models.CharField(max_length=100, blank=True) #blank=False, null=False)
  61
  62   def __str__(self):
  63     return '%s (%s)|%s' % (self.scientific_name, self.common_name, self.use_genome_build)
  64
  65   class Meta:
  66     verbose_name_plural = "species"
  67     ordering = ["scientific_name"]
  68
  69   class Admin:
  70       fields = (
  71         (None, {
  72             'fields': (('scientific_name', 'common_name'), ('use_genome_build'))
  73         }),
  74       )
  75
  76 class Library(models.Model):
  77   library_id = models.CharField(max_length=30, unique=True, db_index=True, core=True)
  78   library_name = models.CharField(max_length=100, unique=True, core=True)
  79   library_species = models.ForeignKey(Species, core=True)
  80   cell_line = models.ForeignKey(Cellline,core=True)
  81   condition = models.ForeignKey(Condition,core=True)
  82   antibody = models.ForeignKey(Antibody,blank=True,null=True,core=True)
  83
  84   EXPERIMENT_TYPES = (
  85       ('INPUT_RXLCh','INPUT_RXLCh'),
  86       ('ChIP-seq', 'ChIP-seq'),
  87       ('Sheared', 'Sheared'),
  88       ('RNA-seq', 'RNA-seq'),
  89       ('Methyl-seq', 'Methyl-seq'),
  90       ('DIP-seq', 'DIP-seq'),
  91     )
  92   experiment_type = models.CharField(max_length=50, choices=EXPERIMENT_TYPES, default='ChIP-seq')
  93
  94   made_by = models.CharField(max_length=50, blank=True)
  95   creation_date = models.DateField(blank=True, null=True)
  96   made_for = models.CharField(max_length=50, blank=True)
  97   made_by = models.CharField(max_length=50, blank=True)
  98
  99   PROTOCOL_END_POINTS = (
 100       ('Completed','Completed'),
 101       ('?', 'Unknown'),
 102       ('Sample', 'Raw sample'),
 103       ('Gel', 'Ran gel'),
 104       ('1A', 'Gel purification'),
 105       ('2A', '2nd PCR'),
 106       ('Progress', 'In progress'),
 107     )
 108   stopping_point = models.CharField(max_length=50, choices=PROTOCOL_END_POINTS, default='Completed')
 109   amplified_from_sample = models.ForeignKey('self', blank=True, null=True)
 110
 111   undiluted_concentration = models.DecimalField("Template concentr. (ng/ul)",max_digits=5, decimal_places=2, blank=True, null=True)
 112   ten_nM_dilution = models.BooleanField()
 113   successful_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=True, null=True)
 114   avg_lib_size = models.IntegerField()
 115   notes = models.TextField(blank=True)
 116
 117   def __str__(self):
 118     return '%s: %s' % (self.library_id, self.library_name)
 119
 120   class Meta:
 121     verbose_name_plural = "libraries"
 122     ordering = ["-library_id"]
 123
 124   class Admin:
 125     date_hierarchy = "creation_date"
 126     save_as = True
 127     save_on_top = True
 128     search_fields = ['library_name']
 129     list_display = ('library_id', 'library_name', 'made_by', 'creation_date', 'ten_nM_dilution', 'stopping_point', 'successful_pM')
 130     list_display_links = ('library_id', 'library_name')
 131     list_filter = ('stopping_point', 'ten_nM_dilution', 'library_species', 'made_for', 'made_by')
 132     fields = (
 133         (None, {
 134             'fields': (('library_id', 'library_name'),('library_species'),('experiment_type'),('cell_line','condition','antibody'),)
 135         }),
 136         ('Creation Information:', {
 137             'fields' : (('made_for', 'made_by', 'creation_date'), ('stopping_point', 'amplified_from_sample'), ('avg_lib_size','undiluted_concentration', 'ten_nM_dilution', 'successful_pM'), 'notes',)
 138         }),
 139         )
 140
 141 class FlowCell(models.Model):
 142
 143   flowcell_id = models.CharField(max_length=20, unique=True, db_index=True, core=True)
 144   run_date = models.DateTimeField(core=True)
 145   advanced_run = models.BooleanField(default=False)
 146   read_length = models.IntegerField(default=32) #Stanford is currenlty 25
 147
 148   lane_1_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_1_library")
 149   lane_2_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_2_library")
 150   lane_3_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_3_library")
 151   lane_4_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_4_library")
 152   lane_5_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_5_library")
 153   lane_6_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_6_library")
 154   lane_7_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_7_library")
 155   lane_8_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_8_library")
 156
 157   lane_1_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
 158   lane_2_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
 159   lane_3_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
 160   lane_4_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
 161   lane_5_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
 162   lane_6_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
 163   lane_7_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
 164   lane_8_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
 165
 166   lane_1_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 167   lane_2_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 168   lane_3_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 169   lane_4_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 170   lane_5_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 171   lane_6_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 172   lane_7_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 173   lane_8_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 174
 175   #Machine Names
 176   CLUSTER_MAC = (
 177       ('M304','M304'),
 178       ('R349','R349'),
 179       ('Tinkerbell','Tinkerbell'),
 180       ('BitBit','BitBit'),
 181     )
 182
 183   SEQ_MAC = (
 184       ('EAS149','EAS149'),
 185       ('EAS46','EAS46'),
 186       ('EAS45','Paris'),
 187       ('Britney','Britney'),
 188     )
 189
 190   cluster_mac_id = models.CharField(max_length=50, choices=CLUSTER_MAC, default='M304')
 191   seq_mac_id = models.CharField(max_length=50, choices=SEQ_MAC, verbose_name = 'Sequencer', default='EAS149')
 192
 193   notes = models.TextField(blank=True)
 194
 195   def __str__(self):
 196     #return '%s (%s)' % (self.flowcell_id, self.run_date)
 197     return '%s' % (self.flowcell_id)
 198
 199
 200   def Lanes(self):
 201     return '<div><span style="margin-right:10px">1)%s</span><span style="margin-right:10px">2)%s</span><span style="margin-right:10px">3)%s</span><span style="margin-right:10px">4)%s</span><span style="margin-right:10px">5)%s</span><span style="margin-right:10px">6)%s</span><span style="margin-right:10px">7)%s</span><span style="margin-right:10px">8)%s</span></div>' % (self.lane_1_library,self.lane_2_library,self.lane_3_library,self.lane_4_library,self.lane_5_library,self.lane_6_library,self.lane_7_library,self.lane_8_library)
 202   Lanes.allow_tags = True
 203
 204   class Meta:
 205     ordering = ["-run_date"]
 206
 207   class Admin:
 208     save_on_top = True
 209     date_hierarchy = "run_date"
 210     save_on_top = True
 211     search_fields = ['lane_1_library', 'lane_2_library', 'lane_3_library', 'lane_4_library', 'lane_5_library', 'lane_6_library', 'lane_7_library', 'lane_8_library']
 212     list_display = ('flowcell_id','seq_mac_id','run_date', 'Lanes')
 213     list_filter = ('seq_mac_id',)
 214     fields = (
 215         (None, {
 216             'fields': ('run_date', ('flowcell_id','cluster_mac_id','seq_mac_id'), ('read_length'),)
 217         }),
 218         ('Lanes:', {
 219             'fields' : (('lane_1_library', 'lane_1_pM', 'lane_1_cluster_estimate'), ('lane_2_library', 'lane_2_pM', 'lane_2_cluster_estimate'), ('lane_3_library', 'lane_3_pM', 'lane_3_cluster_estimate'), ('lane_4_library', 'lane_4_pM', 'lane_4_cluster_estimate'), ('lane_5_library', 'lane_5_pM', 'lane_5_cluster_estimate'), ('lane_6_library', 'lane_6_pM', 'lane_6_cluster_estimate'), ('lane_7_library', 'lane_7_pM', 'lane_7_cluster_estimate'), ('lane_8_library', 'lane_8_pM', 'lane_8_cluster_estimate'),)
 220         }),
 221         (None, {
 222             'fields' : ('notes',)
 223         }),
 224     )
 225
 226 #class ElandResult(models.Model):
 227 #
 228 #  class Admin: pass
 229 #
 230 #  flow_cell = models.ForeignKey(FlowCell)
 231 #  config_file = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_CONFIG_FILE)
 232 #  eland_result_pack = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_ELAND_RESULT_PACKS)
 233 #  bed_file_pack = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_BED_PACKS)
 234 #
 235 #  notes = models.TextField(blank=True)