gaworkflow/frontend/fctracker/models.py

   1 from django.db import models
   2 from gaworkflow.frontend import settings
   3
   4 class Antibody(models.Model):
   5
   6   antibody_name = models.CharField(max_length=100, unique=True, db_index=True, core=True)
   7   notes = models.TextField(blank=True)
   8   def __str__(self):
   9     return self.antibody_name
  10   class Meta:
  11     verbose_name_plural = "antibodies"
  12     ordering = ["antibody_name"]
  13   class Admin:
  14       fields = (
  15         (None, {
  16             'fields': (('antibody_name','notes'),)
  17         }),
  18        )
  19
  20 class Cellline(models.Model):
  21
  22   cellline_name = models.CharField(max_length=100, unique=True, db_index=True, core=True)
  23   notes = models.TextField(blank=True)
  24   def __str__(self):
  25     return self.cellline_name
  26
  27   class Meta:
  28     ordering = ["cellline_name"]
  29
  30   class Admin:
  31       fields = (
  32         (None, {
  33             'fields': (('cellline_name','notes'),)
  34         }),
  35        )
  36
  37 class Condition(models.Model):
  38
  39   condition_name = models.CharField(max_length=2000, unique=True, db_index=True, core=True)
  40   notes = models.TextField(blank=True)
  41   def __str__(self):
  42     return self.condition_name
  43
  44   class Meta:
  45     ordering = ["condition_name"]
  46
  47   class Admin:
  48       fields = (
  49         (None, {
  50             'fields': (('condition_name','notes'),)
  51         }),
  52        )
  53
  54 class Species(models.Model):
  55
  56   scientific_name = models.CharField(max_length=256, unique=False, db_index=True, core=True)
  57   common_name = models.CharField(max_length=256, blank=True)
  58   use_genome_build = models.CharField(max_length=100, blank=True) #blank=False, null=False)
  59
  60   def __str__(self):
  61     return '%s (%s)|%s' % (self.scientific_name, self.common_name, self.use_genome_build)
  62
  63   class Meta:
  64     verbose_name_plural = "species"
  65     ordering = ["scientific_name"]
  66
  67   class Admin:
  68       fields = (
  69         (None, {
  70             'fields': (('scientific_name', 'common_name'), ('use_genome_build'))
  71         }),
  72       )
  73
  74 class Library(models.Model):
  75
  76   library_id = models.CharField(max_length=30, unique=True, db_index=True, core=True)
  77   library_name = models.CharField(max_length=100, unique=True, core=True)
  78   library_species = models.ForeignKey(Species, core=True)
  79   #use_genome_build = models.CharField(max_length=100, blank=False, null=False)
  80   #RNAseq = models.BooleanField()
  81   cell_line = models.ForeignKey(Cellline, blank=True, core=True)
  82   condition = models.ForeignKey(Condition,blank=True,core=True)
  83   antibody = models.ForeignKey(Antibody,blank=True,core=True)
  84
  85   EXPERIMENT_TYPES = (
  86       ('INPUT_RXLCh','INPUT_RXLCh'),
  87       ('ChIP-seq', 'ChIP-seq'),
  88       ('Sheared', 'Sheared'),
  89       ('RNA-seq', 'RNA-seq'),
  90       ('Methyl-seq', 'Methyl-seq'),
  91       ('DIP-seq', 'DIP-seq'),
  92     )
  93   experiment_type = models.CharField(max_length=50, choices=EXPERIMENT_TYPES, default='ChIP-seq')
  94
  95   made_by = models.CharField(max_length=50, blank=True)
  96   creation_date = models.DateField(blank=True, null=True)
  97   made_for = models.CharField(max_length=50, blank=True)
  98   made_by = models.CharField(max_length=50, blank=True)
  99
 100   PROTOCOL_END_POINTS = (
 101       ('Completed','Completed'),
 102       ('?', 'Unknown'),
 103       ('Sample', 'Raw sample'),
 104       ('Gel', 'Ran gel'),
 105       ('1A', 'Gel purification'),
 106       ('2A', '2nd PCR'),
 107       ('Progress', 'In progress'),
 108     )
 109   stopping_point = models.CharField(max_length=50, choices=PROTOCOL_END_POINTS, default='Completed')
 110   amplified_from_sample = models.ForeignKey('self', blank=True, null=True)
 111
 112   undiluted_concentration = models.DecimalField("Template concentr. (ng/ul)",max_digits=5, decimal_places=2, blank=True, null=True)
 113   ten_nM_dilution = models.BooleanField()
 114   successful_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=True, null=True)
 115   avg_lib_size = models.IntegerField()
 116   notes = models.TextField(blank=True)
 117
 118   def __str__(self):
 119     return '#%s: %s' % (self.library_id, self.library_name)
 120
 121   class Meta:
 122     verbose_name_plural = "libraries"
 123     ordering = ["-library_id"]
 124
 125   class Admin:
 126     date_hierarchy = "creation_date"
 127     save_as = True
 128     save_on_top = True
 129     search_fields = ['library_name']
 130     list_display = ('library_id', 'library_name', 'made_by', 'creation_date', 'ten_nM_dilution', 'stopping_point', 'successful_pM')
 131     list_display_links = ('library_id', 'library_name')
 132     list_filter = ('stopping_point', 'ten_nM_dilution', 'library_species', 'made_for', 'made_by')
 133     fields = (
 134         (None, {
 135             'fields': (('library_id', 'library_name'), ('library_species'),)
 136         }),
 137         ('Creation Information:', {
 138             'fields' : (('made_for', 'made_by', 'creation_date'), ('stopping_point', 'amplified_from_sample'), ('avg_lib_size','undiluted_concentration', 'ten_nM_dilution', 'successful_pM'), 'notes',)
 139         }),
 140         )
 141
 142 class FlowCell(models.Model):
 143
 144   flowcell_id = models.CharField(max_length=20, unique=True, db_index=True, core=True)
 145   run_date = models.DateTimeField(core=True)
 146   advanced_run = models.BooleanField(default=False)
 147   read_length = models.IntegerField(default=32) #Stanford is currenlty 25
 148
 149   lane_1_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_1_library")
 150   lane_2_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_2_library")
 151   lane_3_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_3_library")
 152   lane_4_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_4_library")
 153   lane_5_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_5_library")
 154   lane_6_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_6_library")
 155   lane_7_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_7_library")
 156   lane_8_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_8_library")
 157
 158   lane_1_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
 159   lane_2_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
 160   lane_3_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
 161   lane_4_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
 162   lane_5_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
 163   lane_6_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
 164   lane_7_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
 165   lane_8_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
 166
 167   lane_1_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 168   lane_2_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 169   lane_3_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 170   lane_4_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 171   lane_5_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 172   lane_6_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 173   lane_7_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 174   lane_8_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 175
 176   #Machine Names
 177   CLUSTER_MAC = (
 178       ('M304','M304'),
 179       ('R349','R349'),
 180       ('Tinkerbell','Tinkerbell'),
 181       ('BitBit','BitBit'),
 182     )
 183
 184   SEQ_MAC = (
 185       ('EAS149','EAS149'),
 186       ('EAS46','EAS46'),
 187       ('EAS45','Paris'),
 188       ('Britney','Britney'),
 189     )
 190
 191   #kit_id = models.CharField(max_length=50, blank=True)
 192   cluster_mac_id = models.CharField(max_length=50, choices=CLUSTER_MAC, default='M304')
 193   seq_mac_id = models.CharField(max_length=50, choices=SEQ_MAC, default='EAS149')
 194
 195   notes = models.TextField(blank=True)
 196
 197   def __str__(self):
 198     #return '%s (%s)' % (self.flowcell_id, self.run_date)
 199     return '%s' % (self.flowcell_id)
 200
 201   class Meta:
 202     ordering = ["run_date"]
 203
 204   class Admin:
 205     save_on_top = True
 206     date_hierarchy = "run_date"
 207     save_on_top = True
 208     search_fields = ['lane_1_library', 'lane_2_library', 'lane_3_library', 'lane_4_library', 'lane_5_library', 'lane_6_library', 'lane_7_library', 'lane_8_library']
 209     list_display = ('flowcell_id', 'run_date', 'lane_1_library', 'lane_2_library', 'lane_3_library', 'lane_4_library', 'lane_5_library', 'lane_6_library', 'lane_7_library', 'lane_8_library')
 210     fields = (
 211         (None, {
 212             'fields': ('run_date', ('flowcell_id','cluster_mac_id','seq_mac_id'), ('read_length'),)
 213         }),
 214         ('Lanes:', {
 215             'fields' : (('lane_1_library', 'lane_1_pM', 'lane_1_cluster_estimate'), ('lane_2_library', 'lane_2_pM', 'lane_2_cluster_estimate'), ('lane_3_library', 'lane_3_pM', 'lane_3_cluster_estimate'), ('lane_4_library', 'lane_4_pM', 'lane_4_cluster_estimate'), ('lane_5_library', 'lane_5_pM', 'lane_5_cluster_estimate'), ('lane_6_library', 'lane_6_pM', 'lane_6_cluster_estimate'), ('lane_7_library', 'lane_7_pM', 'lane_7_cluster_estimate'), ('lane_8_library', 'lane_8_pM', 'lane_8_cluster_estimate'),)
 216         }),
 217         (None, {
 218             'fields' : ('notes',)
 219         }),
 220     )
 221
 222 #class ElandResult(models.Model):
 223 #
 224 #  class Admin: pass
 225 #
 226 #  flow_cell = models.ForeignKey(FlowCell)
 227 #  config_file = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_CONFIG_FILE)
 228 #  eland_result_pack = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_ELAND_RESULT_PACKS)
 229 #  bed_file_pack = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_BED_PACKS)
 230 #
 231 #  notes = models.TextField(blank=True)