gaworkflow/frontend/fctracker/models.py

   1 from django.db import models
   2 from gaworkflow.frontend import settings
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   4 # Create your models here.
   5
   6 class Species(models.Model):
   7
   8   scientific_name = models.CharField(max_length=256, unique=True, db_index=True, core=True)
   9   common_name = models.CharField(max_length=256, blank=True)
  10   use_genome_build = models.CharField(max_length=100, blank=False, null=False)
  11
  12   def __str__(self):
  13     return '%s (%s)|%s' % (self.scientific_name, self.common_name, self.use_genome_build)
  14
  15   class Meta:
  16     verbose_name_plural = "species"
  17     ordering = ["scientific_name"]
  18
  19   class Admin:
  20       fields = (
  21         (None, {
  22             'fields': (('scientific_name', 'common_name'), ('use_genome_build'))
  23         }),
  24       )
  25
  26 class Library(models.Model):
  27
  28   library_id = models.IntegerField(primary_key=True, db_index=True, core=True)
  29   library_name = models.CharField(max_length=100, unique=True, core=True)
  30   library_species = models.ForeignKey(Species, core=True)
  31   #use_genome_build = models.CharField(max_length=100, blank=False, null=False)
  32   RNAseq = models.BooleanField()
  33
  34   made_by = models.CharField(max_length=50, blank=True, default="Lorian")
  35   creation_date = models.DateField(blank=True, null=True)
  36   made_for = models.CharField(max_length=50, blank=True)
  37
  38   PROTOCOL_END_POINTS = (
  39       ('?', 'Unknown'),
  40       ('Sample', 'Raw sample'),
  41       ('Gel', 'Ran gel'),
  42       ('1A', 'Gel purification'),
  43       ('2A', '2nd PCR'),
  44       ('Progress', 'In progress'),
  45     )
  46   stopping_point = models.CharField(max_length=50, choices=PROTOCOL_END_POINTS)
  47   amplified_from_sample = models.ForeignKey('self', blank=True, null=True)
  48
  49   undiluted_concentration = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2, blank=True, null=True)
  50   ten_nM_dilution = models.BooleanField()
  51   successful_pM = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  52
  53   notes = models.TextField(blank=True)
  54
  55   def __str__(self):
  56     return '#%s: %s' % (self.library_id, self.library_name)
  57
  58   class Meta:
  59     verbose_name_plural = "libraries"
  60     ordering = ["-library_id"]
  61
  62   class Admin:
  63     date_hierarchy = "creation_date"
  64     save_as = True
  65     save_on_top = True
  66     search_fields = ['library_name']
  67     list_display = ('library_id', 'library_name', 'made_for', 'creation_date', 'ten_nM_dilution', 'stopping_point', 'successful_pM')
  68     list_display_links = ('library_id', 'library_name')
  69     list_filter = ('stopping_point', 'ten_nM_dilution', 'library_species', 'made_for', 'made_by')
  70     fields = (
  71         (None, {
  72             'fields': (('library_id', 'library_name'), ('library_species', 'RNAseq'),)
  73         }),
  74         ('Creation Information:', {
  75             'fields' : (('made_for', 'made_by', 'creation_date'), ('stopping_point', 'amplified_from_sample'), ('undiluted_concentration', 'ten_nM_dilution', 'successful_pM'), 'notes',)
  76         }),
  77     )
  78
  79 class FlowCell(models.Model):
  80
  81   flowcell_id = models.CharField(max_length=20, unique=True, db_index=True, core=True)
  82   run_date = models.DateTimeField(core=True)
  83   advanced_run = models.BooleanField(default=False)
  84   read_length = models.IntegerField(default=32)
  85
  86   lane_1_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_1_library")
  87   lane_2_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_2_library")
  88   lane_3_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_3_library")
  89   lane_4_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_4_library")
  90   lane_5_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_5_library")
  91   lane_6_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_6_library")
  92   lane_7_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_7_library")
  93   lane_8_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_8_library")
  94
  95   lane_1_pM = models.IntegerField(default=4)
  96   lane_2_pM = models.IntegerField(default=4)
  97   lane_3_pM = models.IntegerField(default=4)
  98   lane_4_pM = models.IntegerField(default=4)
  99   lane_5_pM = models.IntegerField(default=4)
 100   lane_6_pM = models.IntegerField(default=4)
 101   lane_7_pM = models.IntegerField(default=4)
 102   lane_8_pM = models.IntegerField(default=4)
 103
 104   lane_1_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 105   lane_2_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 106   lane_3_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 107   lane_4_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 108   lane_5_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 109   lane_6_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 110   lane_7_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 111   lane_8_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 112
 113   notes = models.TextField(blank=True)
 114
 115   def __str__(self):
 116     return '%s (%s)' % (self.flowcell_id, self.run_date)
 117
 118   class Meta:
 119     ordering = ["run_date"]
 120
 121   class Admin:
 122     date_hierarchy = "run_date"
 123     save_on_top = True
 124     search_fields = ['lane_1_library', 'lane_2_library', 'lane_3_library', 'lane_4_library', 'lane_5_library', 'lane_6_library', 'lane_7_library', 'lane_8_library']
 125     list_display = ('flowcell_id', 'run_date', 'lane_1_library', 'lane_2_library', 'lane_3_library', 'lane_4_library', 'lane_5_library', 'lane_6_library', 'lane_7_library', 'lane_8_library')
 126     fields = (
 127         (None, {
 128             'fields': ('run_date', 'flowcell_id', ('read_length', 'advanced_run'),)
 129         }),
 130         ('Lanes:', {
 131             'fields' : (('lane_1_library', 'lane_1_pM', 'lane_1_cluster_estimate'), ('lane_2_library', 'lane_2_pM', 'lane_2_cluster_estimate'), ('lane_3_library', 'lane_3_pM', 'lane_3_cluster_estimate'), ('lane_4_library', 'lane_4_pM', 'lane_4_cluster_estimate'), ('lane_5_library', 'lane_5_pM', 'lane_5_cluster_estimate'), ('lane_6_library', 'lane_6_pM', 'lane_6_cluster_estimate'), ('lane_7_library', 'lane_7_pM', 'lane_7_cluster_estimate'), ('lane_8_library', 'lane_8_pM', 'lane_8_cluster_estimate'),)
 132         }),
 133         (None, {
 134             'fields' : ('notes',)
 135         }),
 136     )
 137
 138 class ElandResult(models.Model):
 139
 140   class Admin: pass
 141
 142   flow_cell = models.ForeignKey(FlowCell)
 143   config_file = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_CONFIG_FILE)
 144   eland_result_pack = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_ELAND_RESULT_PACKS)
 145   bed_file_pack = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_BED_PACKS)
 146
 147   notes = models.TextField(blank=True)