gaworkflow/frontend/fctracker/models.py

   1 from django.db import models
   2 from gaworkflow.frontend import settings
   3
   4 # Create your models here.
   5
   6 class Species(models.Model):
   7
   8   scientific_name = models.CharField(max_length=256, unique=False, db_index=True, core=True)
   9   common_name = models.CharField(max_length=256, blank=True)
  10   use_genome_build = models.CharField(max_length=100, blank=False, null=False)
  11
  12   def __str__(self):
  13     return '%s (%s)|%s' % (self.scientific_name, self.common_name, self.use_genome_build)
  14
  15   class Meta:
  16     verbose_name_plural = "species"
  17     ordering = ["scientific_name"]
  18
  19   class Admin:
  20       fields = (
  21         (None, {
  22             'fields': (('scientific_name', 'common_name'), ('use_genome_build'))
  23         }),
  24       )
  25
  26 class Person(models.Model):
  27
  28   name = models.CharField(max_length=100, primary_key=True, db_index=True)
  29   lab = models.CharField(max_length=100)
  30   email = models.CharField(max_length=50, blank=True, null=True)
  31
  32   def __str__(self):
  33     return '%s (%s lab)' % (self.name, self.lab)
  34
  35   class Meta:
  36     verbose_name_plural = "people"
  37     ordering = ["lab"]
  38
  39   class Admin:
  40     fields = (
  41       (None, {
  42           'fields': (('name', 'lab'), ('email'))
  43       }),
  44     )
  45
  46
  47 class Library(models.Model):
  48
  49   library_id = models.CharField(max_length=25, primary_key=True, db_index=True, core=True)
  50   library_name = models.CharField(max_length=100, unique=True, core=True)
  51   library_species = models.ForeignKey(Species, core=True)
  52   #use_genome_build = models.CharField(max_length=100, blank=False, null=False)
  53   RNAseq = models.BooleanField()
  54
  55   made_by = models.CharField(max_length=50, blank=True, default="Lorian")
  56   creation_date = models.DateField(blank=True, null=True)
  57   made_for = models.ForeignKey(Person)
  58
  59   PROTOCOL_END_POINTS = (
  60       ('?', 'Unknown'),
  61       ('Sample', 'Raw sample'),
  62       ('Gel', 'Ran gel'),
  63       ('1A', 'Gel purification'),
  64       ('2A', '2nd PCR'),
  65       ('Done', 'Completed'),
  66       ('Progress', 'In progress'),
  67     )
  68   stopping_point = models.CharField(max_length=50, choices=PROTOCOL_END_POINTS)
  69   amplified_from_sample = models.ForeignKey('self', blank=True, null=True)
  70   library_size = models.IntegerField(default=225, blank=True, null=True)
  71
  72   undiluted_concentration = models.DecimalField("Undiluted concentration (ng/ul)", max_digits=5, decimal_places=2, default=0)
  73   successful_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2, blank=True, null=True)
  74   ten_nM_dilution = models.BooleanField(default=False)
  75
  76   notes = models.TextField(blank=True)
  77
  78   def __str__(self):
  79     return '#%s: %s' % (self.library_id, self.library_name)
  80
  81   class Meta:
  82     verbose_name_plural = "libraries"
  83     ordering = ["-library_id"]
  84
  85   class Admin:
  86     date_hierarchy = "creation_date"
  87     save_as = True
  88     save_on_top = True
  89     search_fields = ['library_name', 'library_id']
  90     list_display = ('library_id', 'library_name', 'made_for', 'library_species', 'creation_date')
  91     list_display_links = ('library_id', 'library_name')
  92     list_filter = ('stopping_point', 'library_species', 'made_for', 'made_by')
  93     fields = (
  94         (None, {
  95             'fields': (('library_id', 'library_name'), ('library_species', 'RNAseq'),)
  96         }),
  97         ('Creation Information:', {
  98             'fields' : (('made_for', 'made_by', 'creation_date'), ('stopping_point', 'amplified_from_sample'), ('undiluted_concentration', 'library_size'), 'notes',)
  99         }),
 100         ('Run Information:', {
 101             'fields' : (('ten_nM_dilution','successful_pM'),)
 102         }),
 103     )
 104
 105 class FlowCell(models.Model):
 106
 107   flowcell_id = models.CharField(max_length=20, unique=True, db_index=True, core=True)
 108   run_date = models.DateTimeField(core=True)
 109   advanced_run = models.BooleanField(default=False)
 110   read_length = models.IntegerField(default=32)
 111
 112
 113   FLOWCELL_STATUSES = (
 114       ('No', 'Not run'),
 115       ('F', 'Failed'),
 116       ('Del', 'Data deleted'),
 117       ('A', 'Data available'),
 118       ('In', 'In progress'),
 119     )
 120   flowcell_status = models.CharField(max_length=10, choices=FLOWCELL_STATUSES)
 121
 122   lane_1_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_1_library")
 123   lane_2_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_2_library")
 124   lane_3_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_3_library")
 125   lane_4_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_4_library")
 126   lane_5_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_5_library")
 127   lane_6_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_6_library")
 128   lane_7_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_7_library")
 129   lane_8_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_8_library")
 130
 131   lane_1_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2, default=4)
 132   lane_2_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2, default=4)
 133   lane_3_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2, default=4)
 134   lane_4_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2, default=4)
 135   lane_5_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2, default=4)
 136   lane_6_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2, default=4)
 137   lane_7_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2, default=4)
 138   lane_8_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2, default=4)
 139
 140   lane_1_cluster_estimate = models.CharField(max_length=25, blank=True, null=True)
 141   lane_2_cluster_estimate = models.CharField(max_length=25, blank=True, null=True)
 142   lane_3_cluster_estimate = models.CharField(max_length=25, blank=True, null=True)
 143   lane_4_cluster_estimate = models.CharField(max_length=25, blank=True, null=True)
 144   lane_5_cluster_estimate = models.CharField(max_length=25, blank=True, null=True)
 145   lane_6_cluster_estimate = models.CharField(max_length=25, blank=True, null=True)
 146   lane_7_cluster_estimate = models.CharField(max_length=25, blank=True, null=True)
 147   lane_8_cluster_estimate = models.CharField(max_length=25, blank=True, null=True)
 148
 149   kit_1000148 = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 150   kit_1000147 = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 151   kit_1000183 = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 152   kit_1001625 = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 153
 154   cluster_station_id = models.CharField(max_length=50, blank=True, null=True)
 155   sequencer_id = models.CharField(max_length=50, blank=True, null=True)
 156
 157   notes = models.TextField(blank=True)
 158
 159   def __str__(self):
 160     return '%s (%s)' % (self.flowcell_id, self.run_date)
 161
 162   class Meta:
 163     ordering = ["-run_date"]
 164
 165   class Admin:
 166     date_hierarchy = "run_date"
 167     save_as = True
 168     save_on_top = True
 169     search_fields = ['flowcell_id', 'lane_1_library__library_id', 'lane_1_library__library_name', 'lane_2_library__library_id', 'lane_2_library__library_name', 'lane_3_library__library_id', 'lane_3_library__library_name', 'lane_4_library__library_id', 'lane_4_library__library_name', 'lane_5_library__library_id', 'lane_5_library__library_name', 'lane_6_library__library_id', 'lane_6_library__library_name', 'lane_7_library__library_id', 'lane_7_library__library_name', 'lane_8_library__library_id', 'lane_8_library__library_name']
 170     list_display = ('run_date', 'flowcell_status', 'flowcell_id', 'lane_1_library', 'lane_2_library', 'lane_3_library', 'lane_4_library', 'lane_5_library', 'lane_6_library', 'lane_7_library', 'lane_8_library')
 171     list_display_links = ('run_date', 'flowcell_id', 'lane_1_library', 'lane_2_library', 'lane_3_library', 'lane_4_library', 'lane_5_library', 'lane_6_library', 'lane_7_library', 'lane_8_library')
 172     fields = (
 173         (None, {
 174             'fields': ('run_date', ('flowcell_id', 'flowcell_status'), ('read_length', 'advanced_run'),)
 175         }),
 176         ('Lanes:', {
 177             'fields' : (('lane_1_library', 'lane_1_pM'), ('lane_2_library', 'lane_2_pM'), ('lane_3_library', 'lane_3_pM'), ('lane_4_library', 'lane_4_pM'), ('lane_5_library', 'lane_5_pM'), ('lane_6_library', 'lane_6_pM'), ('lane_7_library', 'lane_7_pM'), ('lane_8_library', 'lane_8_pM'),)
 178         }),
 179         (None, {
 180             'fields' : ('notes',)
 181         }),
 182         ('Kits & Machines:', {
 183             'classes': 'collapse',
 184             'fields' : (('kit_1000148', 'kit_1000147', 'kit_1000183', 'kit_1001625'), ('cluster_station_id', 'sequencer_id'),)
 185         }),
 186         ('Cluster Estimates:', {
 187             'classes': 'collapse',
 188             'fields' : (('lane_1_cluster_estimate', 'lane_2_cluster_estimate'), ('lane_3_cluster_estimate', 'lane_4_cluster_estimate'), ('lane_5_cluster_estimate', 'lane_6_cluster_estimate'), ('lane_7_cluster_estimate', 'lane_8_cluster_estimate',),)
 189         }),
 190     )
 191
 192 class ElandResult(models.Model):
 193
 194   class Admin: pass
 195
 196   flow_cell = models.ForeignKey(FlowCell)
 197   config_file = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_CONFIG_FILE)
 198   eland_result_pack = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_ELAND_RESULT_PACKS)
 199   bed_file_pack = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_BED_PACKS)
 200
 201   notes = models.TextField(blank=True)