gaworkflow/pipeline/retrieve_config.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 from optparse import OptionParser, IndentedHelpFormatter
   4 from ConfigParser import SafeConfigParser
   5
   6 import os
   7 import sys
   8 import urllib
   9
  10 CONFIG_SYSTEM = '/etc/ga_frontend/ga_frontend.conf'
  11 CONFIG_USER = os.path.expanduser('~/.ga_frontend.conf')
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  13
  14 class FlowCellNotFound(Exception): pass
  15 class WebError404(Exception): pass
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  18 class PreformattedDescriptionFormatter(IndentedHelpFormatter):
  19
  20   #def format_description(self, description):
  21   #
  22   #  if description:
  23   #      return description + "\n"
  24   #  else:
  25   #     return ""
  26
  27   def format_epilog(self, epilog):
  28     """
  29     It was removing my preformated epilog, so this should override
  30     that behavior! Muhahaha!
  31     """
  32     if epilog:
  33         return "\n" + epilog + "\n"
  34     else:
  35         return ""
  36
  37
  38 def constructOptionParser():
  39   """
  40   returns a pre-setup optparser
  41   """
  42   parser = OptionParser(formatter=PreformattedDescriptionFormatter())
  43
  44   parser.set_description('Retrieves eland config file from ga_frontend web frontend.')
  45
  46   parser.epilog = """
  47 Config File:
  48   * %s (System wide)
  49   * %s (User specific; overrides system)
  50   * command line overrides all config file options
  51
  52   Example Config File:
  53
  54     [server_info]
  55     base_host_url=http://somewhere.domain:port
  56 """ % (CONFIG_SYSTEM, CONFIG_USER)
  57
  58   #Special formatter for allowing preformatted description.
  59   ##parser.format_epilog(PreformattedDescriptionFormatter())
  60
  61   parser.add_option("-u", "--url",
  62                     action="store", type="string", dest="url")
  63
  64   parser.add_option("-o", "--output",
  65                     action="store", type="string", dest="output_filepath")
  66
  67   parser.add_option("-f", "--flowcell",
  68                     action="store", type="string", dest="flowcell")
  69
  70   #parser.set_default("url", "default")
  71
  72   return parser
  73
  74 def constructConfigParser():
  75   """
  76   returns a pre-setup config parser
  77   """
  78   parser = SafeConfigParser()
  79   parser.read([CONFIG_SYSTEM, CONFIG_USER])
  80   if not parser.has_section('config_file_server'):
  81     parser.add_section('config_file_server')
  82
  83   return parser
  84
  85
  86 def getCombinedOptions():
  87   """
  88   Returns optparse options after it has be updated with ConfigParser
  89   config files and merged with parsed commandline options.
  90   """
  91   cl_parser = constructOptionParser()
  92   conf_parser = constructConfigParser()
  93
  94   options, args = cl_parser.parse_args()
  95
  96   if options.url is None:
  97     if conf_parser.has_option('config_file_server', 'base_host_url'):
  98       options.url = conf_parser.get('config_file_server', 'base_host_url')
  99
 100   print 'USING OPTIONS:'
 101   print ' URL:', options.url
 102   print ' OUT:', options.output_filepath
 103   print '  FC:', options.flowcell
 104   print ''
 105
 106   return options
 107
 108
 109 def saveConfigFile(flowcell, base_host_url, output_filepath):
 110   """
 111   retrieves the flowcell eland config file, give the base_host_url
 112   (i.e. http://sub.domain.edu:port)
 113   """
 114   url = base_host_url + '/eland_config/%s/' % (flowcell)
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 116   f = open(output_filepath, 'w')
 117   #try:
 118   web = urllib.urlopen(url)
 119   #except IOError, msg:
 120   #  if str(msg).find("Connection refused") >= 0:
 121   #    print 'Error: Connection refused for: %s' % (url)
 122   #    f.close()
 123   #    sys.exit(1)
 124   #  elif str(msg).find("Name or service not known") >= 0:
 125   #    print 'Error: Invalid domain or ip address for: %s' % (url)
 126   #    f.close()
 127   #    sys.exit(2)
 128   #  else:
 129   #    raise IOError, msg
 130
 131   data = web.read()
 132
 133   if data.find('Hmm, config file for') >= 0:
 134     msg = "Flowcell (%s) not found in DB; full url(%s)" % (flowcell, url)
 135     raise FlowCellNotFound, msg
 136
 137   if data.find('404 - Not Found') >= 0:
 138     msg = "404 - Not Found: Flowcell (%s); base_host_url (%s);\n full url(%s)\n " \
 139           "Did you get right port #?" % (flowcell, base_host_url, url)
 140     raise FlowCellNotFound, msg
 141
 142   f.write(data)
 143   web.close()
 144   f.close()
 145   print 'Wrote config file to %s' % (output_filepath)
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