Added script front-end for primer-design code
[htsworkflow.git] / htswanalysis / MACS / lib / gsl / gsl-1.11 / cdf / tdistinv.c
1 /* cdf/tdistinv.c
2  *
3  * Copyright (C) 2007 Brian Gough
4  * Copyright (C) 2002 Jason H. Stover.
5  *
6  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify
7  * it under the terms of the GNU General Public License as published by
8  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
9  * your option) any later version.
10  *
11  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
13  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
14  * General Public License for more details.
15  *
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License
17  * along with this program; if not, write to the Free Software
18  * Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.
19  */
20
21 #include <config.h>
22 #include <math.h>
23 #include <gsl/gsl_cdf.h>
24 #include <gsl/gsl_math.h>
25 #include <gsl/gsl_randist.h>
26 #include <gsl/gsl_sf_gamma.h>
27
28 #include <stdio.h>
29
30 static double
31 inv_cornish_fisher (double z, double nu)
32 {
33   double a = 1 / (nu - 0.5);
34   double b = 48.0 / (a * a);
35
36   double cf1 = z * (3 + z * z);
37   double cf2 = z * (945 + z * z * (360 + z * z * (63 + z * z * 4)));
38
39   double y = z - cf1 / b + cf2 / (10 * b * b);
40
41   double t = GSL_SIGN (z) * sqrt (nu * expm1 (a * y * y));
42
43   return t;
44 }
45
46
47 double
48 gsl_cdf_tdist_Pinv (const double P, const double nu)
49 {
50   double x, ptail;
51
52   if (P == 1.0)
53     {
54       return GSL_POSINF;
55     }
56   else if (P == 0.0)
57     {
58       return GSL_NEGINF;
59     }
60
61   if (nu == 1.0)
62     {
63       x = tan (M_PI * (P - 0.5));
64     }
65   else if (nu == 2.0)
66     {
67       double a = 2 * P - 1;
68       x = a / sqrt (2 * (1 - a * a));
69     }
70
71   ptail = (P < 0.5) ? P : 1 - P;
72
73   if (sqrt (M_PI * nu / 2) * ptail > pow (0.05, nu / 2))
74     {
75       double xg = gsl_cdf_ugaussian_Pinv (P);
76       x = inv_cornish_fisher (xg, nu);
77     }
78   else
79     {
80       /* Use an asymptotic expansion of the tail of integral */
81
82       double beta = gsl_sf_beta (0.5, nu / 2);
83
84       if (P < 0.5)
85         {
86           x = -sqrt (nu) * pow (beta * nu * P, -1.0 / nu);
87         }
88       else
89         {
90           x = sqrt (nu) * pow (beta * nu * (1 - P), -1.0 / nu);
91         }
92
93       /* Correct nu -> nu/(1+nu/x^2) in the leading term to account
94          for higher order terms. This avoids overestimating x, which
95          makes the iteration unstable due to the rapidly decreasing
96          tails of the distribution. */
97
98       x /= sqrt (1 + nu / (x * x));
99     }
100
101   {
102     double dP, phi;
103     unsigned int n = 0;
104
105   start:
106     dP = P - gsl_cdf_tdist_P (x, nu);
107     phi = gsl_ran_tdist_pdf (x, nu);
108
109     if (dP == 0.0 || n++ > 32)
110       goto end;
111
112     {
113       double lambda = dP / phi;
114       double step0 = lambda;
115       double step1 = ((nu + 1) * x / (x * x + nu)) * (lambda * lambda / 4.0);
116
117       double step = step0;
118
119       if (fabs (step1) < fabs (step0))
120         {
121           step += step1;
122         }
123
124       if (P > 0.5 && x + step < 0)
125         x /= 2;
126       else if (P < 0.5 && x + step > 0)
127         x /= 2;
128       else
129         x += step;
130
131       if (fabs (step) > 1e-10 * fabs (x))
132         goto start;
133     }
134     
135   end:
136     if (fabs(dP) > GSL_SQRT_DBL_EPSILON * P)
137       {
138         GSL_ERROR_VAL("inverse failed to converge", GSL_EFAILED, GSL_NAN);
139       }
140     
141     return x;
142   }
143 }
144
145 double
146 gsl_cdf_tdist_Qinv (const double Q, const double nu)
147 {
148   double x, qtail;
149
150   if (Q == 0.0)
151     {
152       return GSL_POSINF;
153     }
154   else if (Q == 1.0)
155     {
156       return GSL_NEGINF;
157     }
158
159   if (nu == 1.0)
160     {
161       x = tan (M_PI * (0.5 - Q));
162     }
163   else if (nu == 2.0)
164     {
165       double a = 2 * (1 - Q) - 1;
166       x = a / sqrt (2 * (1 - a * a));
167     }
168
169   qtail = (Q < 0.5) ? Q : 1 - Q;
170
171   if (sqrt (M_PI * nu / 2) * qtail > pow (0.05, nu / 2))
172     {
173       double xg = gsl_cdf_ugaussian_Qinv (Q);
174       x = inv_cornish_fisher (xg, nu);
175     }
176   else
177     {
178       /* Use an asymptotic expansion of the tail of integral */
179
180       double beta = gsl_sf_beta (0.5, nu / 2);
181
182       if (Q < 0.5)
183         {
184           x = sqrt (nu) * pow (beta * nu * Q, -1.0 / nu);
185         }
186       else
187         {
188           x = -sqrt (nu) * pow (beta * nu * (1 - Q), -1.0 / nu);
189         }
190
191       /* Correct nu -> nu/(1+nu/x^2) in the leading term to account
192          for higher order terms. This avoids overestimating x, which
193          makes the iteration unstable due to the rapidly decreasing
194          tails of the distribution. */
195
196       x /= sqrt (1 + nu / (x * x));
197     }
198
199   {
200     double dQ, phi;
201     unsigned int n = 0;
202
203   start:
204     dQ = Q - gsl_cdf_tdist_Q (x, nu);
205     phi = gsl_ran_tdist_pdf (x, nu);
206
207     if (dQ == 0.0 || n++ > 32)
208       goto end;
209
210     {
211       double lambda = - dQ / phi;
212       double step0 = lambda;
213       double step1 = ((nu + 1) * x / (x * x + nu)) * (lambda * lambda / 4.0);
214
215       double step = step0;
216
217       if (fabs (step1) < fabs (step0))
218         {
219           step += step1;
220         }
221
222       if (Q < 0.5 && x + step < 0)
223         x /= 2;
224       else if (Q > 0.5 && x + step > 0)
225         x /= 2;
226       else
227         x += step;
228
229       if (fabs (step) > 1e-10 * fabs (x))
230         goto start;
231     }
232   }
233
234 end:
235
236   return x;
237 }