Added script front-end for primer-design code
[htsworkflow.git] / htswanalysis / MACS / lib / gsl / gsl-1.11 / dht / dht.c
1 /* dht/dht.c
2  * 
3  * Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000 Gerard Jungman
4  * 
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify
6  * it under the terms of the GNU General Public License as published by
7  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
8  * your option) any later version.
9  * 
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but
11  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
13  * General Public License for more details.
14  * 
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18  */
19
20 /* Author:  G. Jungman
21  */
22 #include <config.h>
23 #include <stdlib.h>
24 #include <gsl/gsl_errno.h>
25 #include <gsl/gsl_math.h>
26 #include <gsl/gsl_sf_bessel.h>
27 #include <gsl/gsl_dht.h>
28
29
30 gsl_dht *
31 gsl_dht_alloc (size_t size)
32 {
33   gsl_dht * t;
34
35   if(size == 0) {
36     GSL_ERROR_VAL("size == 0", GSL_EDOM, 0);
37   }
38
39   t = (gsl_dht *)malloc(sizeof(gsl_dht));
40
41   if(t == 0) {
42     GSL_ERROR_VAL("out of memory", GSL_ENOMEM, 0);
43   }
44
45   t->size = size;
46
47   t->xmax = -1.0; /* Make it clear that this needs to be calculated. */
48   t->nu   = -1.0; 
49
50   t->j = (double *)malloc((size+2)*sizeof(double));
51
52   if(t->j == 0) {
53     free(t);
54     GSL_ERROR_VAL("could not allocate memory for j", GSL_ENOMEM, 0);
55   }
56
57   t->Jjj = (double *)malloc(size*(size+1)/2 * sizeof(double));
58
59   if(t->Jjj == 0) {
60     free(t->j);
61     free(t);
62     GSL_ERROR_VAL("could not allocate memory for Jjj", GSL_ENOMEM, 0);
63   }
64
65   t->J2 = (double *)malloc((size+1)*sizeof(double));
66
67   if(t->J2 == 0) {
68     free(t->Jjj);
69     free(t->j);
70     free(t);
71     GSL_ERROR_VAL("could not allocate memory for J2", GSL_ENOMEM, 0);
72   }
73
74   return t;
75 }
76
77 /* Handle internal calculation of Bessel zeros. */
78 static int
79 dht_bessel_zeros(gsl_dht * t)
80 {
81   unsigned int s;
82   gsl_sf_result z;
83   int stat_z = 0;
84   t->j[0] = 0.0;
85   for(s=1; s < t->size + 2; s++) {
86     stat_z += gsl_sf_bessel_zero_Jnu_e(t->nu, s, &z);
87     t->j[s] = z.val;
88   }
89   if(stat_z != 0) {
90     GSL_ERROR("could not compute bessel zeroes", GSL_EFAILED);
91   }
92   else {
93     return GSL_SUCCESS;
94   }
95 }
96
97 gsl_dht *
98 gsl_dht_new (size_t size, double nu, double xmax)
99 {
100   int status;
101
102   gsl_dht * dht = gsl_dht_alloc (size);
103
104   if (dht == 0)
105     return 0;
106
107   status = gsl_dht_init(dht, nu, xmax);
108   
109   if (status)
110     return 0;
111
112   return dht;
113 }
114
115 int
116 gsl_dht_init(gsl_dht * t, double nu, double xmax)
117 {
118   if(xmax <= 0.0) {
119     GSL_ERROR ("xmax is not positive", GSL_EDOM);
120   } else if(nu < 0.0) {
121     GSL_ERROR ("nu is negative", GSL_EDOM);
122   }
123   else {
124     size_t n, m;
125     int stat_bz = GSL_SUCCESS;
126     int stat_J  = 0;
127     double jN;
128
129     if(nu != t->nu) {
130       /* Recalculate Bessel zeros if necessary. */
131       t->nu = nu;
132       stat_bz = dht_bessel_zeros(t);
133     }
134
135     jN = t->j[t->size+1];
136
137     t->xmax = xmax;
138     t->kmax = jN / xmax;
139
140     t->J2[0] = 0.0;
141     for(m=1; m<t->size+1; m++) {
142       gsl_sf_result J;
143       stat_J += gsl_sf_bessel_Jnu_e(nu + 1.0, t->j[m], &J);
144       t->J2[m] = J.val * J.val;
145     }
146
147     /* J_nu(j[n] j[m] / j[N]) = Jjj[n(n-1)/2 + m - 1], 1 <= n,m <= size
148      */
149     for(n=1; n<t->size+1; n++) {
150       for(m=1; m<=n; m++) {
151         double arg = t->j[n] * t->j[m] / jN;
152         gsl_sf_result J;
153         stat_J += gsl_sf_bessel_Jnu_e(nu, arg, &J);
154         t->Jjj[n*(n-1)/2 + m - 1] = J.val;
155       }
156     }
157
158     if(stat_J != 0) {
159       GSL_ERROR("error computing bessel function", GSL_EFAILED);
160     }
161     else {
162       return stat_bz;
163     }
164   }
165 }
166
167
168 double gsl_dht_x_sample(const gsl_dht * t, int n)
169 {
170   return t->j[n+1]/t->j[t->size+1] * t->xmax;
171 }
172
173
174 double gsl_dht_k_sample(const gsl_dht * t, int n)
175 {
176   return t->j[n+1] / t->xmax;
177 }
178
179
180 void gsl_dht_free(gsl_dht * t)
181 {
182   free(t->J2);
183   free(t->Jjj);
184   free(t->j);
185   free(t);
186 }
187
188
189 int
190 gsl_dht_apply(const gsl_dht * t, double * f_in, double * f_out)
191 {
192   const double jN = t->j[t->size + 1];
193   const double r  = t->xmax / jN;
194   size_t m;
195   size_t i;
196
197   for(m=0; m<t->size; m++) {
198     double sum = 0.0;
199     double Y;
200     for(i=0; i<t->size; i++) {
201       /* Need to find max and min so that we
202        * address the symmetric Jjj matrix properly.
203        * FIXME: we can presumably optimize this
204        * by just running over the elements of Jjj
205        * in a deterministic manner.
206        */
207       size_t m_local; 
208       size_t n_local;
209       if(i < m) {
210         m_local = i;
211         n_local = m;
212       }
213       else {
214         m_local = m;
215         n_local = i;
216       }
217       Y = t->Jjj[n_local*(n_local+1)/2 + m_local] / t->J2[i+1];
218       sum += Y * f_in[i];
219     }
220     f_out[m] = sum * 2.0 * r*r;
221   }
222
223   return GSL_SUCCESS;
224 }
225