Added script front-end for primer-design code
[htsworkflow.git] / htswanalysis / MACS / lib / gsl / gsl-1.11 / eigen / qrstep.c
1 /* eigen/qrstep.c
2  * 
3  * Copyright (C) 2007 Brian Gough
4  * 
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify
6  * it under the terms of the GNU General Public License as published by
7  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
8  * your option) any later version.
9  * 
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but
11  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
13  * General Public License for more details.
14  * 
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18  */
19
20 /* remove off-diagonal elements which are neglegible compared with the
21    neighboring diagonal elements */
22
23 static void
24 chop_small_elements (const size_t N, const double d[], double sd[])
25 {
26   double d_i = d[0];
27
28   size_t i;
29
30   for (i = 0; i < N - 1; i++)
31     {
32       double sd_i = sd[i];
33       double d_ip1 = d[i + 1];
34
35       if (fabs (sd_i) < GSL_DBL_EPSILON * (fabs (d_i) + fabs (d_ip1)))
36         {
37           sd[i] = 0.0;
38         }
39       d_i = d_ip1;
40     }
41 }
42
43 /* Generate a Givens rotation (cos,sin) which takes v=(x,y) to (|v|,0) 
44
45    From Golub and Van Loan, "Matrix Computations", Section 5.1.8 */
46
47 inline static void
48 create_givens (const double a, const double b, double *c, double *s)
49 {
50   if (b == 0)
51     {
52       *c = 1;
53       *s = 0;
54     }
55   else if (fabs (b) > fabs (a))
56     {
57       double t = -a / b;
58       double s1 = 1.0 / sqrt (1 + t * t);
59       *s = s1;
60       *c = s1 * t;
61     }
62   else
63     {
64       double t = -b / a;
65       double c1 = 1.0 / sqrt (1 + t * t);
66       *c = c1;
67       *s = c1 * t;
68     }
69 }
70
71 inline static double
72 trailing_eigenvalue (const size_t n, const double d[], const double sd[])
73 {
74   double ta = d[n - 2];
75   double tb = d[n - 1];
76   double tab = sd[n - 2];
77
78   double dt = (ta - tb) / 2.0;
79
80   double mu;
81
82   if (dt > 0)
83     {
84       mu = tb - tab * (tab / (dt + hypot (dt, tab)));
85     }
86   else if (dt == 0) 
87     {
88       mu = tb - fabs(tab);
89     }
90   else
91     {
92       mu = tb + tab * (tab / ((-dt) + hypot (dt, tab)));
93     }
94
95   return mu;
96 }
97
98 static void
99 qrstep (const size_t n, double d[], double sd[], double gc[], double gs[])
100 {
101   double x, z;
102   double ak, bk, zk, ap, bp, aq, bq;
103   size_t k;
104
105   double mu = trailing_eigenvalue (n, d, sd);
106
107   x = d[0] - mu;
108   z = sd[0];
109
110   ak = 0;
111   bk = 0;
112   zk = 0;
113
114   ap = d[0];
115   bp = sd[0];
116
117   aq = d[1];
118
119   if (n == 2)
120     {
121       double c, s;
122       create_givens (x, z, &c, &s);
123
124       if (gc != NULL)
125         gc[0] = c; 
126       if (gs != NULL)
127         gs[0] = s;
128
129       {
130         double ap1 = c * (c * ap - s * bp) + s * (s * aq - c * bp);
131         double bp1 = c * (s * ap + c * bp) - s * (s * bp + c * aq);
132
133         double aq1 = s * (s * ap + c * bp) + c * (s * bp + c * aq);
134
135         ak = ap1;
136         bk = bp1;
137
138         ap = aq1;
139       }
140
141       d[0] = ak;
142       sd[0] = bk;
143       d[1] = ap;
144
145       return;
146     }
147
148   bq = sd[1];
149
150   for (k = 0; k < n - 1; k++)
151     {
152       double c, s;
153       create_givens (x, z, &c, &s);
154
155       /* store Givens rotation */
156       if (gc != NULL)
157         gc[k] = c; 
158       if (gs != NULL)
159         gs[k] = s;
160
161       /* compute G' T G */
162
163       {
164         double bk1 = c * bk - s * zk;
165
166         double ap1 = c * (c * ap - s * bp) + s * (s * aq - c * bp);
167         double bp1 = c * (s * ap + c * bp) - s * (s * bp + c * aq);
168         double zp1 = -s * bq;
169
170         double aq1 = s * (s * ap + c * bp) + c * (s * bp + c * aq);
171         double bq1 = c * bq;
172
173         ak = ap1;
174         bk = bp1;
175         zk = zp1;
176
177         ap = aq1;
178         bp = bq1;
179
180         if (k < n - 2)
181           aq = d[k + 2];
182         if (k < n - 3)
183           bq = sd[k + 2];
184
185         d[k] = ak;
186
187         if (k > 0)
188           sd[k - 1] = bk1;
189
190         if (k < n - 2)
191           sd[k + 1] = bp;
192
193         x = bk;
194         z = zk;
195       }
196     }
197
198   /* k = n - 1 */
199   d[k] = ap;
200   sd[k - 1] = bk;
201 }