htswanalysis/MACS/lib/gsl/gsl-1.11/linalg/ChangeLog

   1 2007-08-27  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
   2
   3         * tridiag.c: use GSL_ERROR for failed allocation, signal
   4          GSL_EZERODIV if matrix is not positive definite
   5
   6 2007-08-17  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
   7
   8         * svd.c (gsl_linalg_SV_decomp): bail out if number of iterations
   9         exceeds 100*N
  10
  11 2007-08-16  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
  12
  13         * test.c (main): add some svd tests with small values that will
  14         cause underflow in intermediate steps of SVD iteration
  15
  16 2006-08-14  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
  17
  18         * balancemat.c: balance a general matrix D^-1 A D for rows and
  19         columns
  20
  21 2006-04-24  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
  22
  23         * svdstep.c apply_givens.c householder.c: perform linear
  24         operations with level-1 blas when compiled with USE_BLAS.
  25
  26 2006-02-10  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
  27
  28         * cholesky.c (quiet_sqrt): added a quiet_sqrt to allow checking
  29         for positive definiteness without a runtime error
  30
  31 2005-08-22  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
  32
  33         * svd.c (gsl_linalg_SV_decomp_jacobi): reorganised convergence
  34         tests to increase robustness in the presence of extended precision
  35         registers.
  36
  37 2005-06-22  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
  38
  39         * svd.c (gsl_linalg_SV_decomp_jacobi): increased number of sweeps
  40         to MAX(5*N,12) and track numerical errors for better termination
  41
  42 2005-02-02  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
  43
  44         * svd.c (gsl_linalg_SV_decomp_jacobi): changed M<N test to correct
  45         matrix A instead of Q.
  46
  47 2004-12-23  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
  48
  49         * qr.c (gsl_linalg_R_svx): added missing function
  50
  51 2004-09-13  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
  52
  53         * test.c: added tests for LQ, P^TLQ solvers
  54
  55         * ptlq.c: added support for PA = LQ decompositions
  56
  57         * lq.c: added support for A = LQ decompositions
  58
  59 2004-05-30  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
  60
  61         * test.c (test_LU_solve): increase test tolerance to accommodate
  62         gcc-3.3.3 w/ bounds checking
  63
  64 2004-05-26  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
  65
  66         * householder.c (gsl_linalg_householder_hm):
  67         (gsl_linalg_householder_mh):
  68         (gsl_linalg_householder_hm1): added blas code (but ifdef'd out)
  69
  70         * test.c (test_SV_decomp_dim): skip NaNs in test
  71         (test_SV_decomp_mod_dim): skip NaNs in test
  72
  73 2004-04-26  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
  74
  75         * test.c (test_TDN_solve): increased tolerance for tests
  76         (test_TDN_cyc_solve): increased tolerance for tests
  77
  78 2004-03-15  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
  79
  80         * tridiag.c: (gsl_linalg_solve_symm_tridiag):
  81         (gsl_linalg_solve_tridiag):
  82         (gsl_linalg_solve_symm_cyc_tridiag):
  83         (gsl_linalg_solve_cyc_tridiag): use GSL_ERROR macro to report
  84         errors, make size restrictions tighter (no unused elements allowed
  85         to be passed in).
  86
  87 2004-03-06  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
  88
  89         * test.c (test_SV_decomp_mod_dim): added tests for SV_decomp_mod
  90
  91         * svd.c (gsl_linalg_SV_decomp): handle the case N=1 (SVD of a
  92         column vector)
  93         (gsl_linalg_SV_decomp_mod): handle the case N=1 (SVD of a column
  94         vector)
  95
  96 2004-03-05  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
  97
  98         * test.c (test_SV_decomp): add tests with inf/nan
  99
 100         * svd.c (gsl_linalg_SV_decomp): handle nans in block reduction
 101
 102         * balance.c: handle infinity/nan when scaling input matrix
 103
 104 2003-07-24  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 105
 106         * tridiag.c (solve_cyc_tridiag_nonsym): fixed declarations of i so
 107         they do not shadow each other
 108
 109 2003-05-30  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 110
 111         * householder.c (gsl_linalg_householder_hv): converted to use blas
 112         routines
 113
 114 2003-05-08  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 115
 116         * test.c: added tests for QR_QRsolve and QRPT_QRsolve
 117
 118         * qrpt.c (gsl_linalg_QRPT_QRsolve): fixed dgemv to use CblasTrans
 119         when computing Q^T b
 120
 121         * qr.c (gsl_linalg_QR_QRsolve): fixed dgemv to use CblasTrans when
 122         computing Q^T b
 123
 124 Fri Oct 18 17:46:30 2002  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 125
 126         * householdercomplex.c (gsl_linalg_complex_householder_transform):
 127         return tau = 0 to prevent division by zero for beta_r = 0
 128
 129 Mon Aug 12 20:12:55 2002  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 130
 131         * bidiag.c (gsl_linalg_bidiag_unpack_B): fixed to copy
 132         superdiagonal and not subdiagonal, as was incorrectly done
 133         previously.
 134
 135 Sun Jun 16 11:57:00 2002  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 136
 137         * svd.c (gsl_linalg_SV_decomp): keep track of maximum value
 138         correctly when sorting singular values
 139
 140         * test.c (test_SV_decomp): add 3x3 of SVD
 141
 142         * svdstep.c (chase_out_intermediate_zero): handle case of dk=0
 143         (chase_out_trailing_zero): handle case of dn=0
 144
 145 Wed Apr 17 20:04:11 2002  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 146
 147         * tridiag.c (gsl_linalg_solve_tridiag):
 148         (gsl_linalg_solve_cyc_tridiag): added tridiagonal solvers for
 149         non-symmetric case (David Necas <yeti@physics.muni.cz>)
 150
 151 Mon Apr 15 19:55:40 2002  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 152
 153         * tridiag.c (solve_cyc_tridiag): corrected typographical error in
 154         Engeln-Mullges Algorithm 4.35, step 1.7 (f_(n-1) should be
 155         alpha_(n-1))
 156
 157 Thu Sep 13 12:26:17 2001  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 158
 159         * test.c (test_SV_decomp): added brute force testing of 2x2 svd
 160
 161         * svdstep.c (svd2): fixed bug where singular values in 2x2 svd
 162         were not ordered correctly.
 163
 164 Mon Sep 10 22:35:24 2001  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 165
 166         * test.c (test_LUc_solve): added a test for complex LU
 167
 168 Tue Sep  4 17:22:58 2001  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 169
 170         * luc.c: added LU decomposition for complex matrices
 171
 172 Wed Aug 29 16:34:50 2001  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 173
 174         * svd.c (gsl_linalg_SV_decomp_jacobi): make sure all singular
 175         vectors are zero, not just first.
 176
 177         * svdstep.c (svd2): added explicit calculation of 2x2 svd, fixes
 178         bug that prevents convergence.
 179
 180 Thu Aug  2 18:19:08 2001  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 181
 182         * svdstep.c (trailing_eigenvalue): chose better value of mu when
 183         dt=0.
 184
 185 Sun Jul  8 18:03:05 2001  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 186
 187         * qrpt.c (gsl_linalg_QRPT_decomp): fix bug where null column
 188         caused division by zero in norm-update calculation
 189
 190 Sun Jul  1 22:43:22 2001  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 191
 192         * modified to use new-style vector views, affects most
 193         functions
 194
 195 Wed Jun 20 13:38:24 2001  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 196
 197         * svd.c (gsl_linalg_SV_decomp): added error checking
 198
 199 Tue Jun 19 23:19:49 2001  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 200
 201         * svd.c (gsl_linalg_SV_decomp): Golub-Reinsch svd, has more
 202         deterministic convergence
 203         (gsl_linalg_SV_decomp_mod):  Golub-Reinsch with
 204         Preconditioning, much more efficient for M>>N
 205
 206         * balance.c (gsl_linalg_balance_columns): balances (or
 207         "equilibrates") the columns of a matrix
 208
 209 Sun Jun 17 21:49:03 2001  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 210
 211         * givens.c: split out apply_givens functions into separate file
 212         apply_givens.c
 213
 214 Wed Jun 13 23:41:34 2001  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 215
 216         * qr.c (gsl_linalg_QR_decomp): simplified reverse loop
 217
 218         * bidiag.c: bidiagonalisation of a matrix (needed for
 219         Golub-Reinsch SVD)
 220
 221 Wed Jun  6 12:36:58 2001  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 222
 223         * householdercomplex.c: split out complex functions into a
 224         separate file to reduce linking dependencies
 225
 226         * qrpt.c (gsl_linalg_QRPT_decomp): provide workspace as an
 227         argument, to avoid allocating it on each call
 228         (gsl_linalg_QRPT_decomp2): provide workspace as an argument, to
 229         avoid allocating it on each call
 230
 231         * qr.c (gsl_linalg_QR_decomp): provide workspace as an argument,
 232         to avoid allocating it on each call
 233
 234 Thu May 17 17:01:45 2001  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 235
 236         * qr.c (gsl_linalg_QR_lssolve): added least squares solver
 237
 238 Sat Apr 28 00:39:53 2001  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 239
 240         * qr.c (gsl_linalg_QR_update): fixed QR update to work correctly
 241         with rectangular matrices where M > N
 242
 243 Mon Apr 23 10:29:01 2001  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 244
 245         * tridiag.c: removed EFAULT test since this should only apply to
 246         non-null invalid pointers
 247
 248 Fri Apr 13 20:43:38 2001  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 249
 250         * test.c: replaced uses of matmult by dgemm
 251
 252 Sun Oct 22 13:56:30 2000  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 253
 254         * householder.c (gsl_linalg_householder_transform): changed calls
 255         to gsl_hypot() to hypot() so that the system function is used in
 256         preference (the configure script will define hypot to gsl_hypot if
 257         hypot is unavailable)
 258
 259         * svd.c (gsl_linalg_SV_decomp): changed calls to gsl_hypot() to
 260         hypot()
 261
 262 Sat Oct 21 15:54:56 2000  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 263
 264         * tridiag.c (solve_tridiag): prevent out-of-bounds array access
 265         for small N (attempt to access element[N-2] when N is 1).
 266
 267 Tue Sep 19 21:42:13 2000  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 268
 269         * qrpt.c (gsl_linalg_QRPT_decomp2): added convenience function to
 270         compute q,r unpacked decomposition directly
 271
 272 Wed Aug 16 19:50:35 2000  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 273
 274         * svd.c (gsl_linalg_SV_decomp): take more care with singular
 275         values, set the associated vectors to zero
 276
 277 Sun Aug 13 16:39:40 2000  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 278
 279         * qrpt.c (gsl_linalg_QRPT_decomp): fixed obvious bug in selection
 280         of column with max norm
 281
 282 Wed May 31 19:42:59 2000  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 283
 284         * test.c (test_QR_update): increased tolerances on results to
 285         allow tests to pass with other compilers
 286
 287 Wed May  3 21:19:45 2000  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 288
 289         * cholesky.c: added cholesky decomposition/solve from Thomas
 290         Walter. Modified for GSL.
 291
 292 Fri Apr 28 17:13:00 2000  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 293
 294         * renamed all matrices to use upper case variable names, e.g. A
 295
 296 Thu Apr 27 20:31:46 2000  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 297
 298         * test.c: tightened up accuracy of the decomp test
 299
 300         * test_la.c: renamed to test.c for consistency
 301         (test_QR_decomp): added the "moler" matrix as a test for SVD
 302
 303         * svd.c (gsl_linalg_SV_decomp): improved the convergence criterion
 304         for rank deficient case.
 305
 306 Wed Apr 26 19:37:46 2000  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 307
 308         * renamed rhs -> b, and solution -> x throughout for consistency
 309
 310 Mon Apr 24 17:04:52 2000  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 311
 312         * test_la.c (main): added tests for MxN matrices
 313
 314         * test_la.c (main): added tests for SV decomposition and solve.
 315
 316         * svd.c (gsl_linalg_SV_decomp): made use of vector row/column
 317         functions, tidied up the algorithm a bit. Use a standard tolerance
 318         of 10*GSL_DBL_EPSILON.
 319         (gsl_linalg_SV_solve): added a least squares solver
 320
 321 Sun Apr 23 21:18:04 2000  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 322
 323         * gsl_linalg.h, svd.c (gsl_linalg_SV_decomp): changed function
 324         name to new naming convention
 325
 326         * qr.c (gsl_linalg_QR_unpack): fixed index ranges for rectangular
 327         case when unpacking R
 328
 329 Sat Apr 22 15:05:21 2000  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 330
 331         * matrix.c: removed, equivalent functions now in matrix directory
 332
 333 Sat Mar 11 17:36:33 2000  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 334
 335         * multiply.c: removed _impl from these functions since all the
 336         errors they can return are fatal.
 337
 338 Wed Feb 16 12:03:00 2000  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 339
 340         * multiply.c (gsl_la_matmult_mod_impl): fixed error in transposed
 341         matrix memory access, expressions should always be of the form
 342         M->data[i*M->size2 + j] even when i,j are transposed.
 343
 344         Safer to replace matrix access by gsl_matrix_set and
 345         gsl_matrix_get, which is what I have done now. Shouldn't be any
 346         cost in the production version of the library where we have
 347         inlines and range checking off.
 348
 349 Tue Feb 15 17:46:19 2000  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 350
 351         * tridiag.h (solve_cyc_tridiag): fixed typo in header, was
 352         solve_cyctridiag, missing _.
 353
 354         * converted all functions to use gsl_permutation instead of
 355         gsl_vector_int
 356
 357 Fri Oct  1 15:51:02 1999  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 358
 359         * temporary changes resulting from changes to block/vector/matrix
 360         organization
 361
 362 Fri Aug  6 14:42:23 1999  Brian Gough  <bjg@network-theory.co.uk>
 363
 364         * linalg_simple.c: include <string.h> to declare memcpy
 365