htswanalysis/MACS/lib/gsl/gsl-1.11/linalg/balance.c

   1 /* linalg/balance.c
   2  *
   3  * Copyright (C) 2001, 2004, 2007 Brian Gough
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify
   6  * it under the terms of the GNU General Public License as published by
   7  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
   8  * your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  11  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  13  * General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18  */
  19
  20 /* Balance a general matrix by scaling the columns
  21  *
  22  * B =  A D
  23  *
  24  * where D is a diagonal matrix
  25  */
  26
  27 #include <config.h>
  28 #include <stdlib.h>
  29 #include <gsl/gsl_math.h>
  30 #include <gsl/gsl_vector.h>
  31 #include <gsl/gsl_matrix.h>
  32 #include <gsl/gsl_blas.h>
  33
  34 #include <gsl/gsl_linalg.h>
  35
  36 int
  37 gsl_linalg_balance_columns (gsl_matrix * A, gsl_vector * D)
  38 {
  39   const size_t N = A->size2;
  40   size_t j;
  41
  42   if (D->size != A->size2)
  43     {
  44       GSL_ERROR("length of D must match second dimension of A", GSL_EINVAL);
  45     }
  46
  47   gsl_vector_set_all (D, 1.0);
  48
  49   for (j = 0; j < N; j++)
  50     {
  51       gsl_vector_view A_j = gsl_matrix_column (A, j);
  52
  53       double s = gsl_blas_dasum(&A_j.vector);
  54
  55       double f = 1.0;
  56
  57       if (s == 0.0 || !gsl_finite(s))
  58         {
  59           gsl_vector_set (D, j, f);
  60           continue;
  61         }
  62
  63       /* FIXME: we could use frexp() here */
  64
  65       while (s > 1.0)
  66         {
  67           s /= 2.0;
  68           f *= 2.0;
  69         }
  70
  71       while (s < 0.5)
  72         {
  73           s *= 2.0;
  74           f /= 2.0;
  75         }
  76
  77       gsl_vector_set (D, j, f);
  78
  79       if (f != 1.0)
  80         {
  81           gsl_blas_dscal(1.0/f, &A_j.vector);
  82         }
  83     }
  84
  85   return GSL_SUCCESS;
  86 }