htswanalysis/MACS/lib/gsl/gsl-1.11/matrix/gsl_matrix_char.h

   1 /* matrix/gsl_matrix_char.h
   2  *
   3  * Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2007 Gerard Jungman, Brian Gough
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify
   6  * it under the terms of the GNU General Public License as published by
   7  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
   8  * your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  11  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  13  * General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18  */
  19
  20 #ifndef __GSL_MATRIX_CHAR_H__
  21 #define __GSL_MATRIX_CHAR_H__
  22
  23 #include <stdlib.h>
  24 #include <gsl/gsl_types.h>
  25 #include <gsl/gsl_errno.h>
  26 #include <gsl/gsl_check_range.h>
  27 #include <gsl/gsl_vector_char.h>
  28
  29 #undef __BEGIN_DECLS
  30 #undef __END_DECLS
  31 #ifdef __cplusplus
  32 # define __BEGIN_DECLS extern "C" {
  33 # define __END_DECLS }
  34 #else
  35 # define __BEGIN_DECLS /* empty */
  36 # define __END_DECLS /* empty */
  37 #endif
  38
  39 __BEGIN_DECLS
  40
  41 typedef struct
  42 {
  43   size_t size1;
  44   size_t size2;
  45   size_t tda;
  46   char * data;
  47   gsl_block_char * block;
  48   int owner;
  49 } gsl_matrix_char;
  50
  51 typedef struct
  52 {
  53   gsl_matrix_char matrix;
  54 } _gsl_matrix_char_view;
  55
  56 typedef _gsl_matrix_char_view gsl_matrix_char_view;
  57
  58 typedef struct
  59 {
  60   gsl_matrix_char matrix;
  61 } _gsl_matrix_char_const_view;
  62
  63 typedef const _gsl_matrix_char_const_view gsl_matrix_char_const_view;
  64
  65 /* Allocation */
  66
  67 gsl_matrix_char *
  68 gsl_matrix_char_alloc (const size_t n1, const size_t n2);
  69
  70 gsl_matrix_char *
  71 gsl_matrix_char_calloc (const size_t n1, const size_t n2);
  72
  73 gsl_matrix_char *
  74 gsl_matrix_char_alloc_from_block (gsl_block_char * b,
  75                                    const size_t offset,
  76                                    const size_t n1,
  77                                    const size_t n2,
  78                                    const size_t d2);
  79
  80 gsl_matrix_char *
  81 gsl_matrix_char_alloc_from_matrix (gsl_matrix_char * m,
  82                                     const size_t k1,
  83                                     const size_t k2,
  84                                     const size_t n1,
  85                                     const size_t n2);
  86
  87 gsl_vector_char *
  88 gsl_vector_char_alloc_row_from_matrix (gsl_matrix_char * m,
  89                                         const size_t i);
  90
  91 gsl_vector_char *
  92 gsl_vector_char_alloc_col_from_matrix (gsl_matrix_char * m,
  93                                         const size_t j);
  94
  95 void gsl_matrix_char_free (gsl_matrix_char * m);
  96
  97 /* Views */
  98
  99 _gsl_matrix_char_view
 100 gsl_matrix_char_submatrix (gsl_matrix_char * m,
 101                             const size_t i, const size_t j,
 102                             const size_t n1, const size_t n2);
 103
 104 _gsl_vector_char_view
 105 gsl_matrix_char_row (gsl_matrix_char * m, const size_t i);
 106
 107 _gsl_vector_char_view
 108 gsl_matrix_char_column (gsl_matrix_char * m, const size_t j);
 109
 110 _gsl_vector_char_view
 111 gsl_matrix_char_diagonal (gsl_matrix_char * m);
 112
 113 _gsl_vector_char_view
 114 gsl_matrix_char_subdiagonal (gsl_matrix_char * m, const size_t k);
 115
 116 _gsl_vector_char_view
 117 gsl_matrix_char_superdiagonal (gsl_matrix_char * m, const size_t k);
 118
 119 _gsl_vector_char_view
 120 gsl_matrix_char_subrow (gsl_matrix_char * m, const size_t i,
 121                          const size_t offset, const size_t n);
 122
 123 _gsl_vector_char_view
 124 gsl_matrix_char_subcolumn (gsl_matrix_char * m, const size_t j,
 125                             const size_t offset, const size_t n);
 126
 127 _gsl_matrix_char_view
 128 gsl_matrix_char_view_array (char * base,
 129                              const size_t n1,
 130                              const size_t n2);
 131
 132 _gsl_matrix_char_view
 133 gsl_matrix_char_view_array_with_tda (char * base,
 134                                       const size_t n1,
 135                                       const size_t n2,
 136                                       const size_t tda);
 137
 138
 139 _gsl_matrix_char_view
 140 gsl_matrix_char_view_vector (gsl_vector_char * v,
 141                               const size_t n1,
 142                               const size_t n2);
 143
 144 _gsl_matrix_char_view
 145 gsl_matrix_char_view_vector_with_tda (gsl_vector_char * v,
 146                                        const size_t n1,
 147                                        const size_t n2,
 148                                        const size_t tda);
 149
 150
 151 _gsl_matrix_char_const_view
 152 gsl_matrix_char_const_submatrix (const gsl_matrix_char * m,
 153                                   const size_t i, const size_t j,
 154                                   const size_t n1, const size_t n2);
 155
 156 _gsl_vector_char_const_view
 157 gsl_matrix_char_const_row (const gsl_matrix_char * m,
 158                             const size_t i);
 159
 160 _gsl_vector_char_const_view
 161 gsl_matrix_char_const_column (const gsl_matrix_char * m,
 162                                const size_t j);
 163
 164 _gsl_vector_char_const_view
 165 gsl_matrix_char_const_diagonal (const gsl_matrix_char * m);
 166
 167 _gsl_vector_char_const_view
 168 gsl_matrix_char_const_subdiagonal (const gsl_matrix_char * m,
 169                                     const size_t k);
 170
 171 _gsl_vector_char_const_view
 172 gsl_matrix_char_const_superdiagonal (const gsl_matrix_char * m,
 173                                       const size_t k);
 174
 175 _gsl_vector_char_const_view
 176 gsl_matrix_char_const_subrow (const gsl_matrix_char * m, const size_t i,
 177                                const size_t offset, const size_t n);
 178
 179 _gsl_vector_char_const_view
 180 gsl_matrix_char_const_subcolumn (const gsl_matrix_char * m, const size_t j,
 181                                   const size_t offset, const size_t n);
 182
 183 _gsl_matrix_char_const_view
 184 gsl_matrix_char_const_view_array (const char * base,
 185                                    const size_t n1,
 186                                    const size_t n2);
 187
 188 _gsl_matrix_char_const_view
 189 gsl_matrix_char_const_view_array_with_tda (const char * base,
 190                                             const size_t n1,
 191                                             const size_t n2,
 192                                             const size_t tda);
 193
 194 _gsl_matrix_char_const_view
 195 gsl_matrix_char_const_view_vector (const gsl_vector_char * v,
 196                                     const size_t n1,
 197                                     const size_t n2);
 198
 199 _gsl_matrix_char_const_view
 200 gsl_matrix_char_const_view_vector_with_tda (const gsl_vector_char * v,
 201                                              const size_t n1,
 202                                              const size_t n2,
 203                                              const size_t tda);
 204
 205 /* Operations */
 206
 207 char   gsl_matrix_char_get(const gsl_matrix_char * m, const size_t i, const size_t j);
 208 void    gsl_matrix_char_set(gsl_matrix_char * m, const size_t i, const size_t j, const char x);
 209
 210 char * gsl_matrix_char_ptr(gsl_matrix_char * m, const size_t i, const size_t j);
 211 const char * gsl_matrix_char_const_ptr(const gsl_matrix_char * m, const size_t i, const size_t j);
 212
 213 void gsl_matrix_char_set_zero (gsl_matrix_char * m);
 214 void gsl_matrix_char_set_identity (gsl_matrix_char * m);
 215 void gsl_matrix_char_set_all (gsl_matrix_char * m, char x);
 216
 217 int gsl_matrix_char_fread (FILE * stream, gsl_matrix_char * m) ;
 218 int gsl_matrix_char_fwrite (FILE * stream, const gsl_matrix_char * m) ;
 219 int gsl_matrix_char_fscanf (FILE * stream, gsl_matrix_char * m);
 220 int gsl_matrix_char_fprintf (FILE * stream, const gsl_matrix_char * m, const char * format);
 221
 222 int gsl_matrix_char_memcpy(gsl_matrix_char * dest, const gsl_matrix_char * src);
 223 int gsl_matrix_char_swap(gsl_matrix_char * m1, gsl_matrix_char * m2);
 224
 225 int gsl_matrix_char_swap_rows(gsl_matrix_char * m, const size_t i, const size_t j);
 226 int gsl_matrix_char_swap_columns(gsl_matrix_char * m, const size_t i, const size_t j);
 227 int gsl_matrix_char_swap_rowcol(gsl_matrix_char * m, const size_t i, const size_t j);
 228 int gsl_matrix_char_transpose (gsl_matrix_char * m);
 229 int gsl_matrix_char_transpose_memcpy (gsl_matrix_char * dest, const gsl_matrix_char * src);
 230
 231 char gsl_matrix_char_max (const gsl_matrix_char * m);
 232 char gsl_matrix_char_min (const gsl_matrix_char * m);
 233 void gsl_matrix_char_minmax (const gsl_matrix_char * m, char * min_out, char * max_out);
 234
 235 void gsl_matrix_char_max_index (const gsl_matrix_char * m, size_t * imax, size_t *jmax);
 236 void gsl_matrix_char_min_index (const gsl_matrix_char * m, size_t * imin, size_t *jmin);
 237 void gsl_matrix_char_minmax_index (const gsl_matrix_char * m, size_t * imin, size_t * jmin, size_t * imax, size_t * jmax);
 238
 239 int gsl_matrix_char_isnull (const gsl_matrix_char * m);
 240 int gsl_matrix_char_ispos (const gsl_matrix_char * m);
 241 int gsl_matrix_char_isneg (const gsl_matrix_char * m);
 242 int gsl_matrix_char_isnonneg (const gsl_matrix_char * m);
 243
 244 int gsl_matrix_char_add (gsl_matrix_char * a, const gsl_matrix_char * b);
 245 int gsl_matrix_char_sub (gsl_matrix_char * a, const gsl_matrix_char * b);
 246 int gsl_matrix_char_mul_elements (gsl_matrix_char * a, const gsl_matrix_char * b);
 247 int gsl_matrix_char_div_elements (gsl_matrix_char * a, const gsl_matrix_char * b);
 248 int gsl_matrix_char_scale (gsl_matrix_char * a, const double x);
 249 int gsl_matrix_char_add_constant (gsl_matrix_char * a, const double x);
 250 int gsl_matrix_char_add_diagonal (gsl_matrix_char * a, const double x);
 251
 252 /***********************************************************************/
 253 /* The functions below are obsolete                                    */
 254 /***********************************************************************/
 255 int gsl_matrix_char_get_row(gsl_vector_char * v, const gsl_matrix_char * m, const size_t i);
 256 int gsl_matrix_char_get_col(gsl_vector_char * v, const gsl_matrix_char * m, const size_t j);
 257 int gsl_matrix_char_set_row(gsl_matrix_char * m, const size_t i, const gsl_vector_char * v);
 258 int gsl_matrix_char_set_col(gsl_matrix_char * m, const size_t j, const gsl_vector_char * v);
 259
 260 /* inline functions if you are using GCC */
 261
 262 #ifdef HAVE_INLINE
 263 extern inline
 264 char
 265 gsl_matrix_char_get(const gsl_matrix_char * m, const size_t i, const size_t j)
 266 {
 267 #if GSL_RANGE_CHECK
 268   if (i >= m->size1)
 269     {
 270       GSL_ERROR_VAL("first index out of range", GSL_EINVAL, 0) ;
 271     }
 272   else if (j >= m->size2)
 273     {
 274       GSL_ERROR_VAL("second index out of range", GSL_EINVAL, 0) ;
 275     }
 276 #endif
 277   return m->data[i * m->tda + j] ;
 278 }
 279
 280 extern inline
 281 void
 282 gsl_matrix_char_set(gsl_matrix_char * m, const size_t i, const size_t j, const char x)
 283 {
 284 #if GSL_RANGE_CHECK
 285   if (i >= m->size1)
 286     {
 287       GSL_ERROR_VOID("first index out of range", GSL_EINVAL) ;
 288     }
 289   else if (j >= m->size2)
 290     {
 291       GSL_ERROR_VOID("second index out of range", GSL_EINVAL) ;
 292     }
 293 #endif
 294   m->data[i * m->tda + j] = x ;
 295 }
 296
 297 extern inline
 298 char *
 299 gsl_matrix_char_ptr(gsl_matrix_char * m, const size_t i, const size_t j)
 300 {
 301 #if GSL_RANGE_CHECK
 302   if (i >= m->size1)
 303     {
 304       GSL_ERROR_NULL("first index out of range", GSL_EINVAL) ;
 305     }
 306   else if (j >= m->size2)
 307     {
 308       GSL_ERROR_NULL("second index out of range", GSL_EINVAL) ;
 309     }
 310 #endif
 311   return (char *) (m->data + (i * m->tda + j)) ;
 312 }
 313
 314 extern inline
 315 const char *
 316 gsl_matrix_char_const_ptr(const gsl_matrix_char * m, const size_t i, const size_t j)
 317 {
 318 #if GSL_RANGE_CHECK
 319   if (i >= m->size1)
 320     {
 321       GSL_ERROR_NULL("first index out of range", GSL_EINVAL) ;
 322     }
 323   else if (j >= m->size2)
 324     {
 325       GSL_ERROR_NULL("second index out of range", GSL_EINVAL) ;
 326     }
 327 #endif
 328   return (const char *) (m->data + (i * m->tda + j)) ;
 329 }
 330
 331 #endif
 332
 333 __END_DECLS
 334
 335 #endif /* __GSL_MATRIX_CHAR_H__ */