Added script front-end for primer-design code
[htsworkflow.git] / htswanalysis / MACS / lib / gsl / gsl-1.11 / multiroots / gsl_multiroots.h
1 /* multiroots/gsl_multiroots.h
2  * 
3  * Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2007 Brian Gough
4  * 
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify
6  * it under the terms of the GNU General Public License as published by
7  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
8  * your option) any later version.
9  * 
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but
11  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
13  * General Public License for more details.
14  * 
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18  */
19
20 #ifndef __GSL_MULTIROOTS_H__
21 #define __GSL_MULTIROOTS_H__
22
23 #include <stdlib.h>
24 #include <gsl/gsl_types.h>
25 #include <gsl/gsl_math.h>
26 #include <gsl/gsl_vector.h>
27 #include <gsl/gsl_matrix.h>
28
29 #undef __BEGIN_DECLS
30 #undef __END_DECLS
31 #ifdef __cplusplus
32 # define __BEGIN_DECLS extern "C" {
33 # define __END_DECLS }
34 #else
35 # define __BEGIN_DECLS /* empty */
36 # define __END_DECLS /* empty */
37 #endif
38
39 __BEGIN_DECLS
40
41 /* Definition of vector-valued functions with parameters based on gsl_vector */
42
43 struct gsl_multiroot_function_struct
44 {
45   int (* f) (const gsl_vector * x, void * params, gsl_vector * f);
46   size_t n;
47   void * params;
48 };
49
50 typedef struct gsl_multiroot_function_struct gsl_multiroot_function ;
51
52 #define GSL_MULTIROOT_FN_EVAL(F,x,y) (*((F)->f))(x,(F)->params,(y))
53
54 int gsl_multiroot_fdjacobian (gsl_multiroot_function * F,
55                               const gsl_vector * x, const gsl_vector * f,
56                               double epsrel, gsl_matrix * jacobian);
57
58
59 typedef struct
60   {
61     const char *name;
62     size_t size;
63     int (*alloc) (void *state, size_t n);
64     int (*set) (void *state, gsl_multiroot_function * function, gsl_vector * x, gsl_vector * f, gsl_vector * dx);
65     int (*iterate) (void *state, gsl_multiroot_function * function, gsl_vector * x, gsl_vector * f, gsl_vector * dx);
66     void (*free) (void *state);
67   }
68 gsl_multiroot_fsolver_type;
69
70 typedef struct
71   {
72     const gsl_multiroot_fsolver_type * type;
73     gsl_multiroot_function * function ;
74     gsl_vector * x ;
75     gsl_vector * f ;
76     gsl_vector * dx ;
77     void *state;
78   }
79 gsl_multiroot_fsolver;
80
81 gsl_multiroot_fsolver * 
82 gsl_multiroot_fsolver_alloc (const gsl_multiroot_fsolver_type * T, 
83                                      size_t n); 
84
85 void gsl_multiroot_fsolver_free (gsl_multiroot_fsolver * s);
86
87 int gsl_multiroot_fsolver_set (gsl_multiroot_fsolver * s, 
88                                gsl_multiroot_function * f, 
89                                const gsl_vector * x);
90
91 int gsl_multiroot_fsolver_iterate (gsl_multiroot_fsolver * s);
92
93 const char * gsl_multiroot_fsolver_name (const gsl_multiroot_fsolver * s);
94 gsl_vector * gsl_multiroot_fsolver_root (const gsl_multiroot_fsolver * s);
95 gsl_vector * gsl_multiroot_fsolver_dx (const gsl_multiroot_fsolver * s);
96 gsl_vector * gsl_multiroot_fsolver_f (const gsl_multiroot_fsolver * s);
97
98 /* Definition of vector-valued functions and gradient with parameters
99    based on gsl_vector */
100
101 struct gsl_multiroot_function_fdf_struct
102 {
103   int (* f) (const gsl_vector * x, void * params, gsl_vector * f);
104   int (* df) (const gsl_vector * x, void * params, gsl_matrix * df);
105   int (* fdf) (const gsl_vector * x, void * params, gsl_vector * f, gsl_matrix *df);
106   size_t n;
107   void * params;
108 };
109
110 typedef struct gsl_multiroot_function_fdf_struct gsl_multiroot_function_fdf ;
111
112 #define GSL_MULTIROOT_FN_EVAL_F(F,x,y) ((*((F)->f))(x,(F)->params,(y)))
113 #define GSL_MULTIROOT_FN_EVAL_DF(F,x,dy) ((*((F)->df))(x,(F)->params,(dy)))
114 #define GSL_MULTIROOT_FN_EVAL_F_DF(F,x,y,dy) ((*((F)->fdf))(x,(F)->params,(y),(dy)))
115
116 typedef struct
117   {
118     const char *name;
119     size_t size;
120     int (*alloc) (void *state, size_t n);
121     int (*set) (void *state, gsl_multiroot_function_fdf * fdf, gsl_vector * x, gsl_vector * f, gsl_matrix * J, gsl_vector * dx);
122     int (*iterate) (void *state, gsl_multiroot_function_fdf * fdf, gsl_vector * x, gsl_vector * f, gsl_matrix * J, gsl_vector * dx);
123     void (*free) (void *state);
124   }
125 gsl_multiroot_fdfsolver_type;
126
127 typedef struct
128   {
129     const gsl_multiroot_fdfsolver_type * type;
130     gsl_multiroot_function_fdf * fdf ;
131     gsl_vector * x;
132     gsl_vector * f;
133     gsl_matrix * J;
134     gsl_vector * dx;
135     void *state;
136   }
137 gsl_multiroot_fdfsolver;
138
139 gsl_multiroot_fdfsolver *
140 gsl_multiroot_fdfsolver_alloc (const gsl_multiroot_fdfsolver_type * T,
141                                       size_t n);
142
143 int
144 gsl_multiroot_fdfsolver_set (gsl_multiroot_fdfsolver * s, 
145                              gsl_multiroot_function_fdf * fdf,
146                              const gsl_vector * x);
147
148 int
149 gsl_multiroot_fdfsolver_iterate (gsl_multiroot_fdfsolver * s);
150
151 void
152 gsl_multiroot_fdfsolver_free (gsl_multiroot_fdfsolver * s);
153
154 const char * gsl_multiroot_fdfsolver_name (const gsl_multiroot_fdfsolver * s);
155 gsl_vector * gsl_multiroot_fdfsolver_root (const gsl_multiroot_fdfsolver * s);
156 gsl_vector * gsl_multiroot_fdfsolver_dx (const gsl_multiroot_fdfsolver * s);
157 gsl_vector * gsl_multiroot_fdfsolver_f (const gsl_multiroot_fdfsolver * s);
158
159 int gsl_multiroot_test_delta (const gsl_vector * dx, const gsl_vector * x, 
160                               double epsabs, double epsrel);
161
162 int gsl_multiroot_test_residual (const gsl_vector * f, double epsabs);
163
164 GSL_VAR const gsl_multiroot_fsolver_type * gsl_multiroot_fsolver_dnewton;
165 GSL_VAR const gsl_multiroot_fsolver_type * gsl_multiroot_fsolver_broyden;
166 GSL_VAR const gsl_multiroot_fsolver_type * gsl_multiroot_fsolver_hybrid;
167 GSL_VAR const gsl_multiroot_fsolver_type * gsl_multiroot_fsolver_hybrids;
168
169 GSL_VAR const gsl_multiroot_fdfsolver_type * gsl_multiroot_fdfsolver_newton;
170 GSL_VAR const gsl_multiroot_fdfsolver_type * gsl_multiroot_fdfsolver_gnewton;
171 GSL_VAR const gsl_multiroot_fdfsolver_type * gsl_multiroot_fdfsolver_hybridj;
172 GSL_VAR const gsl_multiroot_fdfsolver_type * gsl_multiroot_fdfsolver_hybridsj;
173
174
175 __END_DECLS
176
177 #endif /* __GSL_MULTIROOTS_H__ */