Added script front-end for primer-design code
[htsworkflow.git] / htswanalysis / MACS / lib / gsl / gsl-1.11 / ode-initval / cstd.c
1 /* ode-initval/cstd.c
2  * 
3  * Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000 Gerard Jungman
4  * 
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify
6  * it under the terms of the GNU General Public License as published by
7  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
8  * your option) any later version.
9  * 
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but
11  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
13  * General Public License for more details.
14  * 
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18  */
19
20 #include <config.h>
21 #include <stdlib.h>
22 #include <math.h>
23 #include <gsl/gsl_errno.h>
24 #include <gsl/gsl_math.h>
25 #include <gsl/gsl_odeiv.h>
26
27 typedef struct
28 {
29   double eps_abs;
30   double eps_rel;
31   double a_y;
32   double a_dydt;
33 }
34 std_control_state_t;
35
36 static void *
37 std_control_alloc (void)
38 {
39   std_control_state_t * s = 
40     (std_control_state_t *) malloc (sizeof(std_control_state_t));
41   
42   if (s == 0)
43     {
44       GSL_ERROR_NULL ("failed to allocate space for std_control_state", 
45                       GSL_ENOMEM);
46     }
47
48   return s;
49 }
50
51 static int
52 std_control_init (void * vstate, 
53                   double eps_abs, double eps_rel, double a_y, double a_dydt)
54 {
55   std_control_state_t * s = (std_control_state_t *) vstate;
56   
57   if (eps_abs < 0)
58     {
59       GSL_ERROR ("eps_abs is negative", GSL_EINVAL);
60     }
61   else if (eps_rel < 0)
62     {
63       GSL_ERROR ("eps_rel is negative", GSL_EINVAL);
64     }
65   else if (a_y < 0)
66     {
67       GSL_ERROR ("a_y is negative", GSL_EINVAL);
68     }
69   else if (a_dydt < 0)
70     {
71       GSL_ERROR ("a_dydt is negative", GSL_EINVAL);
72     }
73   
74   s->eps_rel = eps_rel;
75   s->eps_abs = eps_abs;
76   s->a_y = a_y;
77   s->a_dydt = a_dydt;
78
79   return GSL_SUCCESS;
80 }
81
82 static int
83 std_control_hadjust(void * vstate, size_t dim, unsigned int ord, const double y[], const double yerr[], const double yp[], double * h)
84 {
85   std_control_state_t *state = (std_control_state_t *) vstate;
86
87   const double eps_abs = state->eps_abs;
88   const double eps_rel = state->eps_rel;
89   const double a_y     = state->a_y;
90   const double a_dydt  = state->a_dydt;
91
92   const double S = 0.9;
93   const double h_old = *h;
94
95   double rmax = DBL_MIN;
96   size_t i;
97
98   for(i=0; i<dim; i++) {
99     const double D0 = 
100       eps_rel * (a_y * fabs(y[i]) + a_dydt * fabs(h_old * yp[i])) + eps_abs;
101     const double r  = fabs(yerr[i]) / fabs(D0);
102     rmax = GSL_MAX_DBL(r, rmax);
103   }
104
105   if(rmax > 1.1) {
106     /* decrease step, no more than factor of 5, but a fraction S more
107        than scaling suggests (for better accuracy) */
108     double r =  S / pow(rmax, 1.0/ord);
109     
110     if (r < 0.2)
111       r = 0.2;
112
113     *h = r * h_old;
114
115     return GSL_ODEIV_HADJ_DEC;
116   }
117   else if(rmax < 0.5) {
118     /* increase step, no more than factor of 5 */
119     double r = S / pow(rmax, 1.0/(ord+1.0));
120
121     if (r > 5.0)
122       r = 5.0;
123
124     if (r < 1.0)  /* don't allow any decrease caused by S<1 */
125       r = 1.0;
126         
127     *h = r * h_old;
128
129     return GSL_ODEIV_HADJ_INC;
130   }
131   else {
132     /* no change */
133     return GSL_ODEIV_HADJ_NIL;
134   }
135 }
136
137
138 static void
139 std_control_free (void * vstate)
140 {
141   std_control_state_t *state = (std_control_state_t *) vstate;
142   free (state);
143 }
144
145 static const gsl_odeiv_control_type std_control_type =
146 {"standard",                    /* name */
147  &std_control_alloc,
148  &std_control_init,
149  &std_control_hadjust,
150  &std_control_free};
151
152 const gsl_odeiv_control_type *gsl_odeiv_control_standard = &std_control_type;
153
154
155 gsl_odeiv_control *
156 gsl_odeiv_control_standard_new(double eps_abs, double eps_rel,
157                                double a_y, double a_dydt)
158 {
159   gsl_odeiv_control * c = 
160     gsl_odeiv_control_alloc (gsl_odeiv_control_standard);
161   
162   int status = gsl_odeiv_control_init (c, eps_abs, eps_rel, a_y, a_dydt);
163
164   if (status != GSL_SUCCESS)
165     {
166       gsl_odeiv_control_free (c);
167       GSL_ERROR_NULL ("error trying to initialize control", status);
168     }
169   
170   return c;
171 }
172
173 gsl_odeiv_control *
174 gsl_odeiv_control_y_new(double eps_abs, double eps_rel)
175 {
176   return gsl_odeiv_control_standard_new(eps_abs, eps_rel, 1.0, 0.0);
177 }
178
179
180 gsl_odeiv_control *
181 gsl_odeiv_control_yp_new(double eps_abs, double eps_rel)
182 {
183   return gsl_odeiv_control_standard_new(eps_abs, eps_rel, 0.0, 1.0);
184 }