Added script front-end for primer-design code
[htsworkflow.git] / htswanalysis / MACS / lib / gsl / gsl-1.11 / ode-initval / gsl_odeiv.h
1 /* ode-initval/gsl_odeiv.h
2  * 
3  * Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000 Gerard Jungman
4  * 
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify
6  * it under the terms of the GNU General Public License as published by
7  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
8  * your option) any later version.
9  * 
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but
11  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
13  * General Public License for more details.
14  * 
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18  */
19
20 /* Author:  G. Jungman
21  */
22 #ifndef __GSL_ODEIV_H__
23 #define __GSL_ODEIV_H__
24
25 #include <stdio.h>
26 #include <stdlib.h>
27 #include <gsl/gsl_types.h>
28
29 #undef __BEGIN_DECLS
30 #undef __END_DECLS
31 #ifdef __cplusplus
32 # define __BEGIN_DECLS extern "C" {
33 # define __END_DECLS }
34 #else
35 # define __BEGIN_DECLS /* empty */
36 # define __END_DECLS /* empty */
37 #endif
38
39 __BEGIN_DECLS
40
41
42 /* Description of a system of ODEs.
43  *
44  * y' = f(t,y) = dydt(t, y)
45  *
46  * The system is specified by giving the right-hand-side
47  * of the equation and possibly a jacobian function.
48  *
49  * Some methods require the jacobian function, which calculates
50  * the matrix dfdy and the vector dfdt. The matrix dfdy conforms
51  * to the GSL standard, being a continuous range of floating point
52  * values, in row-order.
53  *
54  * As with GSL function objects, user-supplied parameter
55  * data is also present. 
56  */
57
58 typedef struct  
59 {
60   int (* function) (double t, const double y[], double dydt[], void * params);
61   int (* jacobian) (double t, const double y[], double * dfdy, double dfdt[], void * params);
62   size_t dimension;
63   void * params;
64 }
65 gsl_odeiv_system;
66
67 #define GSL_ODEIV_FN_EVAL(S,t,y,f)  (*((S)->function))(t,y,f,(S)->params)
68 #define GSL_ODEIV_JA_EVAL(S,t,y,dfdy,dfdt)  (*((S)->jacobian))(t,y,dfdy,dfdt,(S)->params)
69
70
71 /* General stepper object.
72  *
73  * Opaque object for stepping an ODE system from t to t+h.
74  * In general the object has some state which facilitates
75  * iterating the stepping operation.
76  */
77
78 typedef struct 
79 {
80   const char * name;
81   int can_use_dydt_in;
82   int gives_exact_dydt_out;
83   void * (*alloc) (size_t dim);
84   int  (*apply)  (void * state, size_t dim, double t, double h, double y[], double yerr[], const double dydt_in[], double dydt_out[], const gsl_odeiv_system * dydt);
85   int  (*reset) (void * state, size_t dim);
86   unsigned int  (*order) (void * state);
87   void (*free)  (void * state);
88 }
89 gsl_odeiv_step_type;
90
91 typedef struct {
92   const gsl_odeiv_step_type * type;
93   size_t dimension;
94   void * state;
95 }
96 gsl_odeiv_step;
97
98
99 /* Available stepper types.
100  *
101  * rk2    : embedded 2nd(3rd) Runge-Kutta
102  * rk4    : 4th order (classical) Runge-Kutta
103  * rkck   : embedded 4th(5th) Runge-Kutta, Cash-Karp
104  * rk8pd  : embedded 8th(9th) Runge-Kutta, Prince-Dormand
105  * rk2imp : implicit 2nd order Runge-Kutta at Gaussian points
106  * rk4imp : implicit 4th order Runge-Kutta at Gaussian points
107  * gear1  : M=1 implicit Gear method
108  * gear2  : M=2 implicit Gear method
109  */
110
111 GSL_VAR const gsl_odeiv_step_type *gsl_odeiv_step_rk2;
112 GSL_VAR const gsl_odeiv_step_type *gsl_odeiv_step_rk4;
113 GSL_VAR const gsl_odeiv_step_type *gsl_odeiv_step_rkf45;
114 GSL_VAR const gsl_odeiv_step_type *gsl_odeiv_step_rkck;
115 GSL_VAR const gsl_odeiv_step_type *gsl_odeiv_step_rk8pd;
116 GSL_VAR const gsl_odeiv_step_type *gsl_odeiv_step_rk2imp;
117 GSL_VAR const gsl_odeiv_step_type *gsl_odeiv_step_rk2simp;
118 GSL_VAR const gsl_odeiv_step_type *gsl_odeiv_step_rk4imp;
119 GSL_VAR const gsl_odeiv_step_type *gsl_odeiv_step_bsimp;
120 GSL_VAR const gsl_odeiv_step_type *gsl_odeiv_step_gear1;
121 GSL_VAR const gsl_odeiv_step_type *gsl_odeiv_step_gear2;
122
123
124 /* Constructor for specialized stepper objects.
125  */
126 gsl_odeiv_step * gsl_odeiv_step_alloc(const gsl_odeiv_step_type * T, size_t dim);
127 int  gsl_odeiv_step_reset(gsl_odeiv_step * s);
128 void gsl_odeiv_step_free(gsl_odeiv_step * s);
129
130 /* General stepper object methods.
131  */
132 const char * gsl_odeiv_step_name(const gsl_odeiv_step *);
133 unsigned int gsl_odeiv_step_order(const gsl_odeiv_step * s);
134
135 int  gsl_odeiv_step_apply(gsl_odeiv_step *, double t, double h, double y[], double yerr[], const double dydt_in[], double dydt_out[], const gsl_odeiv_system * dydt);
136
137 /* General step size control object.
138  *
139  * The hadjust() method controls the adjustment of
140  * step size given the result of a step and the error.
141  * Valid hadjust() methods must return one of the codes below.
142  *
143  * The general data can be used by specializations
144  * to store state and control their heuristics.
145  */
146
147 typedef struct 
148 {
149   const char * name;
150   void * (*alloc) (void);
151   int  (*init) (void * state, double eps_abs, double eps_rel, double a_y, double a_dydt);
152   int  (*hadjust) (void * state, size_t dim, unsigned int ord, const double y[], const double yerr[], const double yp[], double * h);
153   void (*free) (void * state);
154 }
155 gsl_odeiv_control_type;
156
157 typedef struct 
158 {
159   const gsl_odeiv_control_type * type;
160   void * state;
161 }
162 gsl_odeiv_control;
163
164 /* Possible return values for an hadjust() evolution method.
165  */
166 #define GSL_ODEIV_HADJ_INC   1  /* step was increased */
167 #define GSL_ODEIV_HADJ_NIL   0  /* step unchanged     */
168 #define GSL_ODEIV_HADJ_DEC (-1) /* step decreased     */
169
170 gsl_odeiv_control * gsl_odeiv_control_alloc(const gsl_odeiv_control_type * T);
171 int gsl_odeiv_control_init(gsl_odeiv_control * c, double eps_abs, double eps_rel, double a_y, double a_dydt);
172 void gsl_odeiv_control_free(gsl_odeiv_control * c);
173 int gsl_odeiv_control_hadjust (gsl_odeiv_control * c, gsl_odeiv_step * s, const double y[], const double yerr[], const double dydt[], double * h);
174 const char * gsl_odeiv_control_name(const gsl_odeiv_control * c);
175
176 /* Available control object constructors.
177  *
178  * The standard control object is a four parameter heuristic
179  * defined as follows:
180  *    D0 = eps_abs + eps_rel * (a_y |y| + a_dydt h |y'|)
181  *    D1 = |yerr|
182  *    q  = consistency order of method (q=4 for 4(5) embedded RK)
183  *    S  = safety factor (0.9 say)
184  *
185  *                      /  (D0/D1)^(1/(q+1))  D0 >= D1
186  *    h_NEW = S h_OLD * |
187  *                      \  (D0/D1)^(1/q)      D0 < D1
188  *
189  * This encompasses all the standard error scaling methods.
190  *
191  * The y method is the standard method with a_y=1, a_dydt=0.
192  * The yp method is the standard method with a_y=0, a_dydt=1.
193  */
194
195 gsl_odeiv_control * gsl_odeiv_control_standard_new(double eps_abs, double eps_rel, double a_y, double a_dydt);
196 gsl_odeiv_control * gsl_odeiv_control_y_new(double eps_abs, double eps_rel);
197 gsl_odeiv_control * gsl_odeiv_control_yp_new(double eps_abs, double eps_rel);
198
199 /* This controller computes errors using different absolute errors for
200  * each component
201  *
202  *    D0 = eps_abs * scale_abs[i] + eps_rel * (a_y |y| + a_dydt h |y'|)
203  */
204 gsl_odeiv_control * gsl_odeiv_control_scaled_new(double eps_abs, double eps_rel, double a_y, double a_dydt, const double scale_abs[], size_t dim);
205
206 /* General evolution object.
207  */
208 typedef struct {
209   size_t dimension;
210   double * y0;
211   double * yerr;
212   double * dydt_in;
213   double * dydt_out;
214   double last_step;
215   unsigned long int count;
216   unsigned long int failed_steps;
217 }
218 gsl_odeiv_evolve;
219
220 /* Evolution object methods.
221  */
222 gsl_odeiv_evolve * gsl_odeiv_evolve_alloc(size_t dim);
223 int gsl_odeiv_evolve_apply(gsl_odeiv_evolve *, gsl_odeiv_control * con, gsl_odeiv_step * step, const gsl_odeiv_system * dydt, double * t, double t1, double * h, double y[]);
224 int gsl_odeiv_evolve_reset(gsl_odeiv_evolve *);
225 void gsl_odeiv_evolve_free(gsl_odeiv_evolve *);
226
227
228 __END_DECLS
229
230 #endif /* __GSL_ODEIV_H__ */