Added script front-end for primer-design code
[htsworkflow.git] / htswanalysis / MACS / lib / gsl / gsl-1.11 / ode-initval / rk2imp.c
1 /* ode-initval/rk2imp.c
2  * 
3  * Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000 Gerard Jungman
4  * 
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify
6  * it under the terms of the GNU General Public License as published by
7  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
8  * your option) any later version.
9  * 
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but
11  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
13  * General Public License for more details.
14  * 
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18  */
19
20 /* Runge-Kutta 2, Gaussian implicit. Also known as the implicit
21    midpoint rule. */
22
23 /* Author:  G. Jungman */
24
25 /* Error estimation by step doubling, see eg. Ascher, U.M., Petzold,
26    L.R., Computer methods for ordinary differential and
27    differential-algebraic equations, SIAM, Philadelphia, 1998.
28    The method is also described in eg. this reference.
29 */
30
31 #include <config.h>
32 #include <stdlib.h>
33 #include <string.h>
34 #include <gsl/gsl_math.h>
35 #include <gsl/gsl_errno.h>
36 #include <gsl/gsl_odeiv.h>
37
38 #include "odeiv_util.h"
39
40 typedef struct
41 {
42   double *Y1;
43   double *y0;
44   double *ytmp;
45   double *y_onestep;
46   double *y0_orig;
47 }
48 rk2imp_state_t;
49
50 static void *
51 rk2imp_alloc (size_t dim)
52 {
53   rk2imp_state_t *state = (rk2imp_state_t *) malloc (sizeof (rk2imp_state_t));
54
55   if (state == 0)
56     {
57       GSL_ERROR_NULL ("failed to allocate space for rk2imp_state",
58                       GSL_ENOMEM);
59     }
60
61   state->Y1 = (double *) malloc (dim * sizeof (double));
62
63   if (state->Y1 == 0)
64     {
65       free (state);
66       GSL_ERROR_NULL ("failed to allocate space for Y1", GSL_ENOMEM);
67     }
68
69   state->ytmp = (double *) malloc (dim * sizeof (double));
70
71   if (state->ytmp == 0)
72     {
73       free (state->Y1);
74       free (state);
75       GSL_ERROR_NULL ("failed to allocate space for ytmp", GSL_ENOMEM);
76     }
77
78   state->y0 = (double *) malloc (dim * sizeof (double));
79
80   if (state->y0 == 0)
81     {
82       free (state->Y1);
83       free (state->ytmp);
84       free (state);
85       GSL_ERROR_NULL ("failed to allocate space for y0", GSL_ENOMEM);
86     }
87
88   state->y_onestep = (double *) malloc (dim * sizeof (double));
89
90   if (state->y_onestep == 0)
91     {
92       free (state->Y1);
93       free (state->ytmp);
94       free (state->y0);
95       free (state);
96       GSL_ERROR_NULL ("failed to allocate space for y_onestep", GSL_ENOMEM);
97     }
98
99   state->y0_orig = (double *) malloc (dim * sizeof (double));
100
101   if (state->y0_orig == 0)
102     {
103       free (state->y_onestep);
104       free (state->Y1);
105       free (state->ytmp);
106       free (state->y0);
107       free (state);
108       GSL_ERROR_NULL ("failed to allocate space for y0_orig", GSL_ENOMEM);
109     }
110
111   return state;
112 }
113
114 static int
115 rk2imp_step (double *y, rk2imp_state_t *state, 
116              const double h, const double t, 
117              const size_t dim, const gsl_odeiv_system *sys)
118 {
119   /* Makes a Runge-Kutta 2nd order implicit advance with step size h.
120      y0 is initial values of variables y. 
121
122      The implicit matrix equations to solve are:
123
124      Y1 = y0 + h/2 * f(t + h/2, Y1)
125
126      y = y0 + h * f(t + h/2, Y1)
127   */
128
129   const double *y0 = state->y0;
130   double *Y1 = state->Y1;
131   double *ytmp = state->ytmp;
132   int max_iter=3;
133   int nu;
134   size_t i;
135
136   /* iterative solution of Y1 = y0 + h/2 * f(t + h/2, Y1) 
137      Y1 should include initial values at call.
138
139      Note: This method does not check for convergence of the
140      iterative solution! 
141   */
142
143   for (nu = 0; nu < max_iter; nu++)
144     {
145       for (i = 0; i < dim; i++)
146         {
147           ytmp[i] = y0[i] + 0.5 * h * Y1[i];
148         }
149
150       {
151         int s = GSL_ODEIV_FN_EVAL (sys, t + 0.5 * h, ytmp, Y1);
152         
153         if (s != GSL_SUCCESS)
154           {
155             return s;
156           }    
157       }
158     }
159   
160   /* assignment */
161
162   for (i = 0; i < dim; i++)
163     {
164       y[i] = y0[i] + h * Y1[i];
165     }
166
167   return GSL_SUCCESS;
168 }
169
170 static int
171 rk2imp_apply (void *vstate,
172               size_t dim,
173               double t,
174               double h,
175               double y[],
176               double yerr[],
177               const double dydt_in[],
178               double dydt_out[], const gsl_odeiv_system * sys)
179 {
180   rk2imp_state_t *state = (rk2imp_state_t *) vstate;
181
182   size_t i;
183
184   double *Y1 = state->Y1;
185   double *y0 = state->y0;
186   double *y_onestep = state->y_onestep;
187   double *y0_orig = state->y0_orig;
188
189   /* Error estimation is done by step doubling procedure */
190
191   /* initialization step */
192
193   DBL_MEMCPY (y0, y, dim);
194
195   /* Save initial values for possible failures */
196   DBL_MEMCPY (y0_orig, y, dim);
197
198   if (dydt_in != NULL)
199     {
200       DBL_MEMCPY (Y1, dydt_in, dim);
201     }
202
203   else
204     {
205       int s = GSL_ODEIV_FN_EVAL (sys, t, y, Y1);
206       
207       if (s != GSL_SUCCESS)
208         {
209           return s;
210         }
211     }
212
213   /* First traverse h with one step (save to y_onestep) */
214
215   DBL_MEMCPY (y_onestep, y, dim);
216
217   {
218     int s = rk2imp_step (y_onestep, state, h, t, dim, sys);
219
220     if (s != GSL_SUCCESS) 
221       {
222         return s;
223       }
224   }
225
226  /* Then with two steps with half step length (save to y) */ 
227
228   {  
229     int s = rk2imp_step (y, state, h / 2.0, t, dim, sys);
230
231     if (s != GSL_SUCCESS)
232       {
233         /* Restore original y vector */
234         DBL_MEMCPY (y, y0_orig, dim);
235
236         return s;
237       }
238   }
239
240   DBL_MEMCPY (y0, y, dim);
241
242   {
243     int s = GSL_ODEIV_FN_EVAL (sys, t + h / 2.0, y, Y1);
244       
245     if (s != GSL_SUCCESS)
246       {
247         /* Restore original y vector */
248         DBL_MEMCPY (y, y0_orig, dim);
249
250         return s;
251       }
252   }
253
254   {
255     int s = rk2imp_step (y, state, h / 2.0, t + h / 2.0, dim, sys);
256
257     if (s != GSL_SUCCESS)
258       {
259         /* Restore original y vector */
260         DBL_MEMCPY (y, y0_orig, dim);
261
262         return s;
263       }
264   }
265
266   /* Derivatives at output */
267
268   if (dydt_out != NULL) 
269     {
270       int s = GSL_ODEIV_FN_EVAL (sys, t + h, y, dydt_out);
271       
272       if (s != GSL_SUCCESS)
273         {
274           /* Restore original y vector */
275           DBL_MEMCPY (y, y0_orig, dim);
276           
277           return s;
278         }
279     }
280   
281   /* Error estimation */
282
283   for (i = 0; i < dim; i++) 
284     {
285       yerr[i] = 4.0 * (y[i] - y_onestep[i]) / 3.0;
286     }
287
288   return GSL_SUCCESS;
289 }
290
291 static int
292 rk2imp_reset (void *vstate, size_t dim)
293 {
294   rk2imp_state_t *state = (rk2imp_state_t *) vstate;
295
296   DBL_ZERO_MEMSET (state->Y1, dim);
297   DBL_ZERO_MEMSET (state->ytmp, dim);
298   DBL_ZERO_MEMSET (state->y0, dim);
299   DBL_ZERO_MEMSET (state->y_onestep, dim);
300   DBL_ZERO_MEMSET (state->y0_orig, dim);
301   
302   return GSL_SUCCESS;
303 }
304
305 static unsigned int
306 rk2imp_order (void *vstate)
307 {
308   rk2imp_state_t *state = (rk2imp_state_t *) vstate;
309   state = 0; /* prevent warnings about unused parameters */
310   return 2;
311 }
312
313 static void
314 rk2imp_free (void *vstate)
315 {
316   rk2imp_state_t *state = (rk2imp_state_t *) vstate;
317
318   free (state->Y1);
319   free (state->ytmp);
320   free (state->y0);
321   free (state->y_onestep);
322   free (state->y0_orig);
323   free (state);
324 }
325
326 static const gsl_odeiv_step_type rk2imp_type = { "rk2imp",      /* name */
327   1,                            /* can use dydt_in */
328   1,                            /* gives exact dydt_out */
329   &rk2imp_alloc,
330   &rk2imp_apply,
331   &rk2imp_reset,
332   &rk2imp_order,
333   &rk2imp_free
334 };
335
336 const gsl_odeiv_step_type *gsl_odeiv_step_rk2imp = &rk2imp_type;