Added script front-end for primer-design code
[htsworkflow.git] / htswanalysis / MACS / lib / gsl / gsl-1.11 / ode-initval / rkck.c
1 /* ode-initval/rkck.c
2  * 
3  * Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000 Gerard Jungman
4  * 
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify
6  * it under the terms of the GNU General Public License as published by
7  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
8  * your option) any later version.
9  * 
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but
11  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
13  * General Public License for more details.
14  * 
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18  */
19
20 /* Runge-Kutta 4(5), Cash-Karp */
21
22 /* Reference: Cash, J.R., Karp, A.H., ACM Transactions of Mathematical
23    Software, vol. 16 (1990) 201-222. */
24
25 /* Author:  G. Jungman
26  */
27 #include <config.h>
28 #include <stdlib.h>
29 #include <string.h>
30 #include <gsl/gsl_errno.h>
31 #include <gsl/gsl_odeiv.h>
32
33 #include "odeiv_util.h"
34
35 /* Cash-Karp constants */
36 static const double ah[] = { 1.0 / 5.0, 0.3, 3.0 / 5.0, 1.0, 7.0 / 8.0 };
37 static const double b21 = 1.0 / 5.0;
38 static const double b3[] = { 3.0 / 40.0, 9.0 / 40.0 };
39 static const double b4[] = { 0.3, -0.9, 1.2 };
40 static const double b5[] = { -11.0 / 54.0, 2.5, -70.0 / 27.0, 35.0 / 27.0 };
41 static const double b6[] =
42   { 1631.0 / 55296.0, 175.0 / 512.0, 575.0 / 13824.0, 44275.0 / 110592.0,
43     253.0 / 4096.0 };
44 static const double c1 = 37.0 / 378.0;
45 static const double c3 = 250.0 / 621.0;
46 static const double c4 = 125.0 / 594.0;
47 static const double c6 = 512.0 / 1771.0;
48
49 /* These are the differences of fifth and fourth order coefficients
50    for error estimation */
51
52 static const double ec[] = { 0.0,
53   37.0 / 378.0 - 2825.0 / 27648.0,
54   0.0,
55   250.0 / 621.0 - 18575.0 / 48384.0,
56   125.0 / 594.0 - 13525.0 / 55296.0,
57   -277.0 / 14336.0,
58   512.0 / 1771.0 - 0.25
59 };
60
61 typedef struct
62 {
63   double *k1;
64   double *k2;
65   double *k3;
66   double *k4;
67   double *k5;
68   double *k6;
69   double *y0;
70   double *ytmp;
71 }
72 rkck_state_t;
73
74 static void *
75 rkck_alloc (size_t dim)
76 {
77   rkck_state_t *state = (rkck_state_t *) malloc (sizeof (rkck_state_t));
78
79   if (state == 0)
80     {
81       GSL_ERROR_NULL ("failed to allocate space for rkck_state", GSL_ENOMEM);
82     }
83
84   state->k1 = (double *) malloc (dim * sizeof (double));
85
86   if (state->k1 == 0)
87     {
88       free (state);
89       GSL_ERROR_NULL ("failed to allocate space for k1", GSL_ENOMEM);
90     }
91
92   state->k2 = (double *) malloc (dim * sizeof (double));
93
94   if (state->k2 == 0)
95     {
96       free (state->k1);
97       free (state);
98       GSL_ERROR_NULL ("failed to allocate space for k2", GSL_ENOMEM);
99     }
100
101   state->k3 = (double *) malloc (dim * sizeof (double));
102
103   if (state->k3 == 0)
104     {
105       free (state->k2);
106       free (state->k1);
107       free (state);
108       GSL_ERROR_NULL ("failed to allocate space for k3", GSL_ENOMEM);
109     }
110
111   state->k4 = (double *) malloc (dim * sizeof (double));
112
113   if (state->k4 == 0)
114     {
115       free (state->k3);
116       free (state->k2);
117       free (state->k1);
118       free (state);
119       GSL_ERROR_NULL ("failed to allocate space for k4", GSL_ENOMEM);
120     }
121
122   state->k5 = (double *) malloc (dim * sizeof (double));
123
124   if (state->k5 == 0)
125     {
126       free (state->k4);
127       free (state->k3);
128       free (state->k2);
129       free (state->k1);
130       free (state);
131       GSL_ERROR_NULL ("failed to allocate space for k5", GSL_ENOMEM);
132     }
133
134   state->k6 = (double *) malloc (dim * sizeof (double));
135
136   if (state->k6 == 0)
137     {
138       free (state->k5);
139       free (state->k4);
140       free (state->k3);
141       free (state->k2);
142       free (state->k1);
143       free (state);
144       GSL_ERROR_NULL ("failed to allocate space for k6", GSL_ENOMEM);
145     }
146
147   state->y0 = (double *) malloc (dim * sizeof (double));
148
149   if (state->y0 == 0)
150     {
151       free (state->k6);
152       free (state->k5);
153       free (state->k4);
154       free (state->k3);
155       free (state->k2);
156       free (state->k1);
157       free (state);
158       GSL_ERROR_NULL ("failed to allocate space for y0", GSL_ENOMEM);
159     }
160
161   state->ytmp = (double *) malloc (dim * sizeof (double));
162
163   if (state->ytmp == 0)
164     {
165       free (state->y0);
166       free (state->k6);
167       free (state->k5);
168       free (state->k4);
169       free (state->k3);
170       free (state->k2);
171       free (state->k1);
172       free (state);
173       GSL_ERROR_NULL ("failed to allocate space for ytmp", GSL_ENOMEM);
174     }
175
176   return state;
177 }
178
179
180 static int
181 rkck_apply (void *vstate,
182             size_t dim,
183             double t,
184             double h,
185             double y[],
186             double yerr[],
187             const double dydt_in[],
188             double dydt_out[], const gsl_odeiv_system * sys)
189 {
190   rkck_state_t *state = (rkck_state_t *) vstate;
191
192   size_t i;
193
194   double *const k1 = state->k1;
195   double *const k2 = state->k2;
196   double *const k3 = state->k3;
197   double *const k4 = state->k4;
198   double *const k5 = state->k5;
199   double *const k6 = state->k6;
200   double *const ytmp = state->ytmp;
201   double *const y0 = state->y0;
202
203   DBL_MEMCPY (y0, y, dim);
204
205   /* k1 step */
206   if (dydt_in != NULL)
207     {
208       DBL_MEMCPY (k1, dydt_in, dim);
209     }
210   else
211     {
212       int s = GSL_ODEIV_FN_EVAL (sys, t, y, k1);
213       
214       if (s != GSL_SUCCESS)
215         {
216           return s;
217         }
218     }
219
220   for (i = 0; i < dim; i++)
221     ytmp[i] = y[i] + b21 * h * k1[i];
222
223   /* k2 step */
224   {
225     int s = GSL_ODEIV_FN_EVAL (sys, t + ah[0] * h, ytmp, k2);
226       
227     if (s != GSL_SUCCESS)
228       {
229         return s;
230       }
231   }
232
233   for (i = 0; i < dim; i++)
234     ytmp[i] = y[i] + h * (b3[0] * k1[i] + b3[1] * k2[i]);
235
236   /* k3 step */
237   {
238     int s = GSL_ODEIV_FN_EVAL (sys, t + ah[1] * h, ytmp, k3);
239       
240     if (s != GSL_SUCCESS)
241       {
242         return s;
243       }
244   }
245
246   for (i = 0; i < dim; i++)
247     ytmp[i] = y[i] + h * (b4[0] * k1[i] + b4[1] * k2[i] + b4[2] * k3[i]);
248
249   /* k4 step */
250   {
251     int s = GSL_ODEIV_FN_EVAL (sys, t + ah[2] * h, ytmp, k4);
252     
253     if (s != GSL_SUCCESS)
254       {
255         return s;
256       }
257   }
258
259   for (i = 0; i < dim; i++)
260     ytmp[i] =
261       y[i] + h * (b5[0] * k1[i] + b5[1] * k2[i] + b5[2] * k3[i] +
262                   b5[3] * k4[i]);
263
264   /* k5 step */
265   {
266     int s = GSL_ODEIV_FN_EVAL (sys, t + ah[3] * h, ytmp, k5);
267       
268     if (s != GSL_SUCCESS)
269       {
270         return s;
271       }
272   }
273
274   for (i = 0; i < dim; i++)
275     ytmp[i] =
276       y[i] + h * (b6[0] * k1[i] + b6[1] * k2[i] + b6[2] * k3[i] +
277                   b6[3] * k4[i] + b6[4] * k5[i]);
278
279   /* k6 step and final sum */
280   {
281     int s = GSL_ODEIV_FN_EVAL (sys, t + ah[4] * h, ytmp, k6);
282       
283     if (s != GSL_SUCCESS)
284       {
285         return s;
286       }
287   }
288
289   for (i = 0; i < dim; i++)
290     {
291       const double d_i = c1 * k1[i] + c3 * k3[i] + c4 * k4[i] + c6 * k6[i];
292       y[i] += h * d_i;
293     }
294
295   /* Evaluate dydt_out[]. */
296
297   if (dydt_out != NULL)
298     {
299       int s = GSL_ODEIV_FN_EVAL (sys, t + h, y, dydt_out);
300
301       if (s != GSL_SUCCESS)
302         {
303           /* Restore initial values */
304           DBL_MEMCPY (y, y0, dim);
305           return s;
306         }
307     }
308
309   /* difference between 4th and 5th order */
310   for (i = 0; i < dim; i++)
311     {
312       yerr[i] = h * (ec[1] * k1[i] + ec[3] * k3[i] + ec[4] * k4[i] 
313                      + ec[5] * k5[i] + ec[6] * k6[i]);
314     }
315
316   return GSL_SUCCESS;
317 }
318
319
320 static int
321 rkck_reset (void *vstate, size_t dim)
322 {
323   rkck_state_t *state = (rkck_state_t *) vstate;
324
325   DBL_ZERO_MEMSET (state->k1, dim);
326   DBL_ZERO_MEMSET (state->k2, dim);
327   DBL_ZERO_MEMSET (state->k3, dim);
328   DBL_ZERO_MEMSET (state->k4, dim);
329   DBL_ZERO_MEMSET (state->k5, dim);
330   DBL_ZERO_MEMSET (state->k6, dim);
331   DBL_ZERO_MEMSET (state->ytmp, dim);
332   DBL_ZERO_MEMSET (state->y0, dim);
333
334   return GSL_SUCCESS;
335 }
336
337 static unsigned int
338 rkck_order (void *vstate)
339 {
340   rkck_state_t *state = (rkck_state_t *) vstate;
341   state = 0; /* prevent warnings about unused parameters */
342   return 5; /* FIXME: should this be 4? */
343 }
344
345 static void
346 rkck_free (void *vstate)
347 {
348   rkck_state_t *state = (rkck_state_t *) vstate;
349
350   free (state->ytmp);
351   free (state->y0);
352   free (state->k6);
353   free (state->k5);
354   free (state->k4);
355   free (state->k3);
356   free (state->k2);
357   free (state->k1);
358   free (state);
359 }
360
361 static const gsl_odeiv_step_type rkck_type = { "rkck",  /* name */
362   1,                            /* can use dydt_in */
363   1,                            /* gives exact dydt_out */
364   &rkck_alloc,
365   &rkck_apply,
366   &rkck_reset,
367   &rkck_order,
368   &rkck_free
369 };
370
371 const gsl_odeiv_step_type *gsl_odeiv_step_rkck = &rkck_type;