Added script front-end for primer-design code
[htsworkflow.git] / htswanalysis / MACS / lib / gsl / gsl-1.11 / rng / cmrg.c
1 /* rng/cmrg.c
2  * 
3  * Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2007 James Theiler, Brian Gough
4  * 
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify
6  * it under the terms of the GNU General Public License as published by
7  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
8  * your option) any later version.
9  * 
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but
11  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
13  * General Public License for more details.
14  * 
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18  */
19
20 #include <config.h>
21 #include <stdlib.h>
22 #include <gsl/gsl_rng.h>
23
24 /* This is a combined multiple recursive generator. The sequence is,
25
26    z_n = (x_n - y_n) mod m1
27
28    where the two underlying generators x and y are,
29
30    x_n = (a_{1} x_{n-1} + a_{2} x_{n-2} + a_{3} x_{n-3}) mod m1
31    y_n = (b_{1} y_{n-1} + b_{2} y_{n-2} + b_{3} y_{n-3}) mod m2
32
33    with coefficients a11 ... a23,
34
35    a_{1} = 0,     a_{2} = 63308, a_{3} = -183326
36    b_{1} = 86098, b_{2} = 0,     b_{3} = -539608
37
38    and moduli m1, m2,
39
40    m1 = 2^31 - 1 = 2147483647
41    m2 = 2^31 - 2000169 = 2145483479
42
43    We initialize the generator with 
44
45    x_1 = s_1 MOD m1, x_2 = s_2 MOD m1, x_3 = s_3 MOD m1
46    y_1 = s_4 MOD m2, y_2 = s_5 MOD m2, y_3 = s_6 MOD m2
47
48    where s_n = (69069 * s_{n-1}) mod 2^32 and s_0 = s is the
49    user-supplied seed.
50
51    NOTE: According to the paper the initial values for x_n must lie in
52    the range 0 <= x_n <= (m1 - 1) and the initial values for y_n must
53    lie in the range 0 <= y_n <= (m2 - 1), with at least one non-zero
54    value -- our seeding procedure satisfies these constraints.
55
56    We then use 7 iterations of the generator to "warm up" the internal
57    state.
58
59    The theoretical value of z_{10008} is 719452880. The subscript 10008
60    means (1) seed the generator with s=1, (2) do the seven warm-up
61    iterations that are part of the seeding process, (3) then do 10000
62    actual iterations.
63
64    The period of this generator is about 2^205.
65
66    From: P. L'Ecuyer, "Combined Multiple Recursive Random Number
67    Generators," Operations Research, 44, 5 (1996), 816--822.
68
69    This is available on the net from L'Ecuyer's home page,
70
71    http://www.iro.umontreal.ca/~lecuyer/myftp/papers/combmrg.ps
72    ftp://ftp.iro.umontreal.ca/pub/simulation/lecuyer/papers/combmrg.ps */
73
74 static inline unsigned long int cmrg_get (void *vstate);
75 static double cmrg_get_double (void *vstate);
76 static void cmrg_set (void *state, unsigned long int s);
77
78 static const long int m1 = 2147483647, m2 = 2145483479;
79
80 static const long int a2 = 63308, qa2 = 33921, ra2 = 12979;
81 static const long int a3 = -183326, qa3 = 11714, ra3 = 2883;
82 static const long int b1 = 86098, qb1 = 24919, rb1 = 7417;
83 static const long int b3 = -539608, qb3 = 3976, rb3 = 2071;
84
85 typedef struct
86   {
87     long int x1, x2, x3;        /* first component */
88     long int y1, y2, y3;        /* second component */
89   }
90 cmrg_state_t;
91
92 static inline unsigned long int
93 cmrg_get (void *vstate)
94 {
95   cmrg_state_t *state = (cmrg_state_t *) vstate;
96
97   /* Component 1 */
98
99   {
100     long int h3 = state->x3 / qa3;
101     long int p3 = -a3 * (state->x3 - h3 * qa3) - h3 * ra3;
102
103     long int h2 = state->x2 / qa2;
104     long int p2 = a2 * (state->x2 - h2 * qa2) - h2 * ra2;
105
106     if (p3 < 0)
107       p3 += m1;
108     if (p2 < 0)
109       p2 += m1;
110
111     state->x3 = state->x2;
112     state->x2 = state->x1;
113     state->x1 = p2 - p3;
114     if (state->x1 < 0)
115       state->x1 += m1;
116   }
117
118   /* Component 2 */
119
120   {
121     long int h3 = state->y3 / qb3;
122     long int p3 = -b3 * (state->y3 - h3 * qb3) - h3 * rb3;
123
124     long int h1 = state->y1 / qb1;
125     long int p1 = b1 * (state->y1 - h1 * qb1) - h1 * rb1;
126
127     if (p3 < 0)
128       p3 += m2;
129     if (p1 < 0)
130       p1 += m2;
131
132     state->y3 = state->y2;
133     state->y2 = state->y1;
134     state->y1 = p1 - p3;
135     if (state->y1 < 0)
136       state->y1 += m2;
137   }
138   
139   if (state->x1 < state->y1)
140     return (state->x1 - state->y1 + m1);
141   else
142     return (state->x1 - state->y1);
143 }
144
145 static double 
146 cmrg_get_double (void *vstate)
147 {
148   return cmrg_get (vstate) / 2147483647.0 ;
149 }
150
151
152 static void
153 cmrg_set (void *vstate, unsigned long int s)
154 {
155   /* An entirely adhoc way of seeding! This does **not** come from
156      L'Ecuyer et al */
157
158   cmrg_state_t *state = (cmrg_state_t *) vstate;
159
160   if (s == 0)
161     s = 1;      /* default seed is 1 */
162
163 #define LCG(n) ((69069 * n) & 0xffffffffUL)
164   s = LCG (s);
165   state->x1 = s % m1;
166   s = LCG (s);
167   state->x2 = s % m1;
168   s = LCG (s);
169   state->x3 = s % m1;
170
171   s = LCG (s);
172   state->y1 = s % m2;
173   s = LCG (s);
174   state->y2 = s % m2;
175   s = LCG (s);
176   state->y3 = s % m2;
177
178   /* "warm it up" */
179   cmrg_get (state);
180   cmrg_get (state);
181   cmrg_get (state);
182   cmrg_get (state);
183   cmrg_get (state);
184   cmrg_get (state);
185   cmrg_get (state);
186 }
187
188 static const gsl_rng_type cmrg_type =
189 {"cmrg",                        /* name */
190  2147483646,                    /* RAND_MAX */
191  0,                             /* RAND_MIN */
192  sizeof (cmrg_state_t),
193  &cmrg_set,
194  &cmrg_get,
195  &cmrg_get_double};
196
197 const gsl_rng_type *gsl_rng_cmrg = &cmrg_type;