Added script front-end for primer-design code
[htsworkflow.git] / htswanalysis / MACS / lib / gsl / gsl-1.11 / rng / taus.c
1 /* rng/taus.c
2  * 
3  * Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2007 James Theiler, Brian Gough
4  * 
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify
6  * it under the terms of the GNU General Public License as published by
7  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
8  * your option) any later version.
9  * 
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but
11  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
13  * General Public License for more details.
14  * 
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18  */
19
20 #include <config.h>
21 #include <stdlib.h>
22 #include <gsl/gsl_rng.h>
23
24 /* This is a maximally equidistributed combined Tausworthe
25    generator. The sequence is,
26
27    x_n = (s1_n ^ s2_n ^ s3_n) 
28
29    s1_{n+1} = (((s1_n & 4294967294) <<12) ^ (((s1_n <<13) ^ s1_n) >>19))
30    s2_{n+1} = (((s2_n & 4294967288) << 4) ^ (((s2_n << 2) ^ s2_n) >>25))
31    s3_{n+1} = (((s3_n & 4294967280) <<17) ^ (((s3_n << 3) ^ s3_n) >>11))
32
33    computed modulo 2^32. In the three formulas above '^' means
34    exclusive-or (C-notation), not exponentiation. Note that the
35    algorithm relies on the properties of 32-bit unsigned integers (it
36    is formally defined on bit-vectors of length 32). I have added a
37    bitmask to make it work on 64 bit machines.
38
39    We initialize the generator with s1_1 .. s3_1 = s_n MOD m, where
40    s_n = (69069 * s_{n-1}) mod 2^32, and s_0 = s is the user-supplied
41    seed.
42
43    The theoretical value of x_{10007} is 2733957125. The subscript
44    10007 means (1) seed the generator with s=1 (2) do six warm-up
45    iterations, (3) then do 10000 actual iterations.
46
47    The period of this generator is about 2^88.
48
49    From: P. L'Ecuyer, "Maximally Equidistributed Combined Tausworthe
50    Generators", Mathematics of Computation, 65, 213 (1996), 203--213.
51
52    This is available on the net from L'Ecuyer's home page,
53
54    http://www.iro.umontreal.ca/~lecuyer/myftp/papers/tausme.ps
55    ftp://ftp.iro.umontreal.ca/pub/simulation/lecuyer/papers/tausme.ps 
56
57    Update: April 2002
58
59    There is an erratum in the paper "Tables of Maximally
60    Equidistributed Combined LFSR Generators", Mathematics of
61    Computation, 68, 225 (1999), 261--269:
62    http://www.iro.umontreal.ca/~lecuyer/myftp/papers/tausme2.ps
63
64         ... the k_j most significant bits of z_j must be non-
65         zero, for each j. (Note: this restriction also applies to the 
66         computer code given in [4], but was mistakenly not mentioned in
67         that paper.)
68    
69    This affects the seeding procedure by imposing the requirement
70    s1 > 1, s2 > 7, s3 > 15.
71
72    The generator taus2 has been added to satisfy this requirement.
73    The original taus generator is unchanged.
74
75    Update: November 2002
76
77    There was a bug in the correction to the seeding procedure for s2.
78    It affected the following seeds 254679140 1264751179 1519430319
79    2274823218 2529502358 3284895257 3539574397 (s2 < 8).
80
81 */
82
83 static inline unsigned long int taus_get (void *vstate);
84 static double taus_get_double (void *vstate);
85 static void taus_set (void *state, unsigned long int s);
86
87 typedef struct
88   {
89     unsigned long int s1, s2, s3;
90   }
91 taus_state_t;
92
93 static inline unsigned long
94 taus_get (void *vstate)
95 {
96   taus_state_t *state = (taus_state_t *) vstate;
97
98 #define MASK 0xffffffffUL
99 #define TAUSWORTHE(s,a,b,c,d) (((s &c) <<d) &MASK) ^ ((((s <<a) &MASK)^s) >>b)
100
101   state->s1 = TAUSWORTHE (state->s1, 13, 19, 4294967294UL, 12);
102   state->s2 = TAUSWORTHE (state->s2, 2, 25, 4294967288UL, 4);
103   state->s3 = TAUSWORTHE (state->s3, 3, 11, 4294967280UL, 17);
104
105   return (state->s1 ^ state->s2 ^ state->s3);
106 }
107
108 static double
109 taus_get_double (void *vstate)
110 {
111   return taus_get (vstate) / 4294967296.0 ;
112 }
113
114 static void
115 taus_set (void *vstate, unsigned long int s)
116 {
117   taus_state_t *state = (taus_state_t *) vstate;
118
119   if (s == 0)
120     s = 1;      /* default seed is 1 */
121
122 #define LCG(n) ((69069 * n) & 0xffffffffUL)
123   state->s1 = LCG (s);
124   state->s2 = LCG (state->s1);
125   state->s3 = LCG (state->s2);
126
127   /* "warm it up" */
128   taus_get (state);
129   taus_get (state);
130   taus_get (state);
131   taus_get (state);
132   taus_get (state);
133   taus_get (state);
134   return;
135 }
136
137 static void
138 taus2_set (void *vstate, unsigned long int s)
139 {
140   taus_state_t *state = (taus_state_t *) vstate;
141
142   if (s == 0)
143     s = 1;      /* default seed is 1 */
144
145 #define LCG(n) ((69069 * n) & 0xffffffffUL)
146   state->s1 = LCG (s);
147   if (state->s1 < 2) state->s1 += 2UL;
148   state->s2 = LCG (state->s1);
149   if (state->s2 < 8) state->s2 += 8UL;
150   state->s3 = LCG (state->s2);
151   if (state->s3 < 16) state->s3 += 16UL;
152
153   /* "warm it up" */
154   taus_get (state);
155   taus_get (state);
156   taus_get (state);
157   taus_get (state);
158   taus_get (state);
159   taus_get (state);
160   return;
161 }
162
163
164 static const gsl_rng_type taus_type =
165 {"taus",                        /* name */
166  0xffffffffUL,                  /* RAND_MAX */
167  0,                             /* RAND_MIN */
168  sizeof (taus_state_t),
169  &taus_set,
170  &taus_get,
171  &taus_get_double};
172
173 const gsl_rng_type *gsl_rng_taus = &taus_type;
174
175 static const gsl_rng_type taus2_type =
176 {"taus2",                       /* name */
177  0xffffffffUL,                  /* RAND_MAX */
178  0,                             /* RAND_MIN */
179  sizeof (taus_state_t),
180  &taus2_set,
181  &taus_get,
182  &taus_get_double};
183
184 const gsl_rng_type *gsl_rng_taus2 = &taus2_type;