Added script front-end for primer-design code
[htsworkflow.git] / htswanalysis / MACS / lib / gsl / gsl-1.11 / specfunc / beta_inc.c
1 /* specfunc/beta_inc.c
2  * 
3  * Copyright (C) 2007 Brian Gough
4  * Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000 Gerard Jungman
5  * 
6  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify
7  * it under the terms of the GNU General Public License as published by
8  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
9  * your option) any later version.
10  * 
11  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
13  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
14  * General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License
17  * along with this program; if not, write to the Free Software
18  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
19  */
20
21 /* Author:  G. Jungman */
22
23 #include <config.h>
24 #include <gsl/gsl_math.h>
25 #include <gsl/gsl_errno.h>
26 #include <gsl/gsl_sf_log.h>
27 #include <gsl/gsl_sf_exp.h>
28 #include <gsl/gsl_sf_gamma.h>
29 #include <gsl/gsl_sf_hyperg.h>
30
31 #include "error.h"
32 #include "check.h"
33
34 static double
35 isnegint (const double x) 
36 {
37   return (x < 0) && (x == floor(x));
38 }
39
40 static
41 int
42 beta_cont_frac(
43   const double a,
44   const double b,
45   const double x,
46   gsl_sf_result * result
47   )
48 {
49   const unsigned int max_iter = 512;        /* control iterations      */
50   const double cutoff = 2.0 * GSL_DBL_MIN;  /* control the zero cutoff */
51   unsigned int iter_count = 0;
52   double cf;
53
54   /* standard initialization for continued fraction */
55   double num_term = 1.0;
56   double den_term = 1.0 - (a+b)*x/(a+1.0);
57   if (fabs(den_term) < cutoff) den_term = cutoff;
58   den_term = 1.0/den_term;
59   cf = den_term;
60
61   while(iter_count < max_iter) {
62     const int k  = iter_count + 1;
63     double coeff = k*(b-k)*x/(((a-1.0)+2*k)*(a+2*k));
64     double delta_frac;
65
66     /* first step */
67     den_term = 1.0 + coeff*den_term;
68     num_term = 1.0 + coeff/num_term;
69     if(fabs(den_term) < cutoff) den_term = cutoff;
70     if(fabs(num_term) < cutoff) num_term = cutoff;
71     den_term  = 1.0/den_term;
72
73     delta_frac = den_term * num_term;
74     cf *= delta_frac;
75
76     coeff = -(a+k)*(a+b+k)*x/((a+2*k)*(a+2*k+1.0));
77
78     /* second step */
79     den_term = 1.0 + coeff*den_term;
80     num_term = 1.0 + coeff/num_term;
81     if(fabs(den_term) < cutoff) den_term = cutoff;
82     if(fabs(num_term) < cutoff) num_term = cutoff;
83     den_term = 1.0/den_term;
84
85     delta_frac = den_term*num_term;
86     cf *= delta_frac;
87
88     if(fabs(delta_frac-1.0) < 2.0*GSL_DBL_EPSILON) break;
89
90     ++iter_count;
91   }
92
93   result->val = cf;
94   result->err = iter_count * 4.0 * GSL_DBL_EPSILON * fabs(cf);
95
96   if(iter_count >= max_iter)
97     GSL_ERROR ("error", GSL_EMAXITER);
98   else
99     return GSL_SUCCESS;
100 }
101
102
103
104 /*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-* Functions with Error Codes *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*/
105
106 int
107 gsl_sf_beta_inc_e(
108   const double a,
109   const double b,
110   const double x,
111   gsl_sf_result * result
112   )
113 {
114   if(x < 0.0 || x > 1.0) {
115     DOMAIN_ERROR(result);
116   } else if (isnegint(a) || isnegint(b)) {
117     DOMAIN_ERROR(result);
118   } else if (isnegint(a+b)) { 
119     DOMAIN_ERROR(result);
120   } else if(x == 0.0) {
121     result->val = 0.0;
122     result->err = 0.0;
123     return GSL_SUCCESS;
124   }
125   else if(x == 1.0) {
126     result->val = 1.0;
127     result->err = 0.0;
128     return GSL_SUCCESS;
129   } else if (a <= 0 || b <= 0) {
130     gsl_sf_result f, beta;
131     int stat;
132     const int stat_f = gsl_sf_hyperg_2F1_e(a, 1-b, a+1, x, &f);
133     const int stat_beta = gsl_sf_beta_e(a, b, &beta);
134     double prefactor = (pow(x, a) / a);
135     result->val = prefactor * f.val / beta.val;
136     result->err = fabs(prefactor) * f.err/ fabs(beta.val) + fabs(result->val/beta.val) * beta.err;
137
138     stat = GSL_ERROR_SELECT_2(stat_f, stat_beta);
139     if(stat == GSL_SUCCESS) {
140       CHECK_UNDERFLOW(result);
141     }
142     return stat;
143   } else {
144     gsl_sf_result ln_beta;
145     gsl_sf_result ln_x;
146     gsl_sf_result ln_1mx;
147     gsl_sf_result prefactor;
148     const int stat_ln_beta = gsl_sf_lnbeta_e(a, b, &ln_beta);
149     const int stat_ln_1mx = gsl_sf_log_1plusx_e(-x, &ln_1mx);
150     const int stat_ln_x = gsl_sf_log_e(x, &ln_x);
151     const int stat_ln = GSL_ERROR_SELECT_3(stat_ln_beta, stat_ln_1mx, stat_ln_x);
152
153     const double ln_pre_val = -ln_beta.val + a * ln_x.val + b * ln_1mx.val;
154     const double ln_pre_err =  ln_beta.err + fabs(a*ln_x.err) + fabs(b*ln_1mx.err);
155     const int stat_exp = gsl_sf_exp_err_e(ln_pre_val, ln_pre_err, &prefactor);
156
157     if(stat_ln != GSL_SUCCESS) {
158       result->val = 0.0;
159       result->err = 0.0;
160       GSL_ERROR ("error", GSL_ESANITY);
161     }
162
163     if(x < (a + 1.0)/(a+b+2.0)) {
164       /* Apply continued fraction directly. */
165       gsl_sf_result cf;
166       const int stat_cf = beta_cont_frac(a, b, x, &cf);
167       int stat;
168       result->val = prefactor.val * cf.val / a;
169       result->err = (fabs(prefactor.err * cf.val) + fabs(prefactor.val * cf.err))/a;
170
171       stat = GSL_ERROR_SELECT_2(stat_exp, stat_cf);
172       if(stat == GSL_SUCCESS) {
173         CHECK_UNDERFLOW(result);
174       }
175       return stat;
176     }
177     else {
178       /* Apply continued fraction after hypergeometric transformation. */
179       gsl_sf_result cf;
180       const int stat_cf = beta_cont_frac(b, a, 1.0-x, &cf);
181       int stat;
182       const double term = prefactor.val * cf.val / b;
183       result->val  = 1.0 - term;
184       result->err  = fabs(prefactor.err * cf.val)/b;
185       result->err += fabs(prefactor.val * cf.err)/b;
186       result->err += 2.0 * GSL_DBL_EPSILON * (1.0 + fabs(term));
187       stat = GSL_ERROR_SELECT_2(stat_exp, stat_cf);
188       if(stat == GSL_SUCCESS) {
189         CHECK_UNDERFLOW(result);
190       }
191       return stat;
192     }
193   }
194 }
195
196
197 /*-*-*-*-*-*-*-*-*-* Functions w/ Natural Prototypes *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*/
198
199 #include "eval.h"
200
201 double gsl_sf_beta_inc(const double a, const double b, const double x)
202 {
203   EVAL_RESULT(gsl_sf_beta_inc_e(a, b, x, &result));
204 }