htswanalysis/MACS/lib/gsl/gsl-1.11/statistics/lag1_source.c

   1 /* statistics/lag1_source.c
   2  *
   3  * Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2007 Jim Davies, Brian Gough
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify
   6  * it under the terms of the GNU General Public License as published by
   7  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
   8  * your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  11  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  13  * General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18  */
  19
  20
  21 double
  22 FUNCTION(gsl_stats,lag1_autocorrelation) (const BASE data[], const size_t stride, const size_t n)
  23 {
  24   const double mean = FUNCTION(gsl_stats,mean) (data, stride, n);
  25   return FUNCTION(gsl_stats,lag1_autocorrelation_m)(data, stride, n, mean);
  26 }
  27
  28 double
  29 FUNCTION(gsl_stats,lag1_autocorrelation_m) (const BASE data[], const size_t stride, const size_t size, const double mean)
  30 {
  31   /* Compute the lag-1 autocorrelation of a dataset using the
  32      recurrence relation */
  33
  34   size_t i;
  35
  36   long double r1 ;
  37   long double q = 0 ;
  38   long double v = (data[0 * stride] - mean) * (data[0 * stride] - mean) ;
  39
  40   for (i = 1; i < size ; i++)
  41     {
  42       const long double delta0 = (data[(i-1) * stride] - mean);
  43       const long double delta1 = (data[i * stride] - mean);
  44       q += (delta0 * delta1 - q)/(i + 1);
  45       v += (delta1 * delta1 - v)/(i + 1);
  46     }
  47
  48   r1 = q / v ;
  49
  50   return r1;
  51 }