htswanalysis/MACS/lib/gsl/gsl-1.11/statistics/test_int_source.c

   1 /* statistics/test_int_source.c
   2  *
   3  * Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2007 Jim Davies, Brian Gough
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify
   6  * it under the terms of the GNU General Public License as published by
   7  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
   8  * your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  11  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  13  * General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18  */
  19
  20 void FUNCTION (test, func) (const size_t stridea, const size_t strideb);
  21
  22 void
  23 FUNCTION (test, func) (const size_t stridea, const size_t strideb)
  24 {
  25   /* sample sets of integers */
  26   size_t i;
  27   const size_t ina = 20, inb = 20;
  28
  29   const BASE raw1[] = {1, 2, 3, 4, 5, 6} ;
  30
  31   const BASE irawa[] =
  32   {17, 18, 16, 18, 12,
  33    20, 18, 20, 20, 22,
  34    20, 10, 8, 12, 16,
  35    16, 18, 20, 18, 21};
  36
  37   const BASE irawb[] =
  38   {19, 20, 22, 24, 10,
  39    25, 20, 22, 21, 23,
  40    20, 10, 12, 14, 12,
  41    20, 22, 24, 23, 17};
  42
  43   BASE * sorted ;
  44
  45   BASE * test1 = (BASE *) malloc (stridea * 6 * sizeof(BASE));
  46   BASE * igroupa = (BASE *) malloc (stridea * ina * sizeof(BASE));
  47   BASE * igroupb = (BASE *) malloc (strideb * inb * sizeof(BASE));
  48
  49   double rel = 1e-10 ;
  50
  51   for (i = 0 ; i < ina ; i++)
  52     igroupa[i * stridea] = irawa[i] ;
  53
  54   for (i = 0 ; i < inb ; i++)
  55     igroupb[i * strideb] = irawb[i] ;
  56
  57   for (i = 0 ; i < 6 ; i++)
  58     test1[i * stridea] = raw1[i] ;
  59
  60
  61
  62   {
  63     double mean = FUNCTION(gsl_stats,mean) (igroupa, stridea, ina);
  64     double expected = 17.0;
  65     gsl_test_rel (mean,expected, rel, NAME(gsl_stats) "_mean (integer)");
  66   }
  67
  68   {
  69     double mean = FUNCTION(gsl_stats,mean) (test1, stridea, 6);
  70     double expected = 3.5;
  71     gsl_test_rel (mean,expected, rel, NAME(gsl_stats) "_mean (fractional)");
  72   }
  73
  74   {
  75     double mean = FUNCTION(gsl_stats,mean) (igroupa, stridea, ina);
  76     double var = FUNCTION(gsl_stats,variance_with_fixed_mean) (igroupa, stridea, ina, mean);
  77     double expected = 13.7;
  78     gsl_test_rel (var, expected, rel, NAME(gsl_stats) "_variance_with_fixed_mean");
  79   }
  80
  81   {
  82     double mean = FUNCTION(gsl_stats,mean) (igroupa, stridea, ina);
  83     double sd = FUNCTION(gsl_stats,sd_with_fixed_mean) (igroupa, stridea, ina, mean);
  84     double expected = 3.70135110466435;
  85     gsl_test_rel (sd, expected, rel, NAME(gsl_stats) "_sd_with_fixed_mean");
  86   }
  87
  88   {
  89     double var = FUNCTION(gsl_stats,variance) (igroupa, stridea, ina);
  90     double expected = 14.4210526315789;
  91     gsl_test_rel (var, expected, rel, NAME(gsl_stats) "_variance");
  92   }
  93
  94   {
  95     double sd_est = FUNCTION(gsl_stats,sd) (igroupa, stridea, ina);
  96     double expected = 3.79750610685209;
  97     gsl_test_rel (sd_est, expected, rel, NAME(gsl_stats) "_sd");
  98   }
  99
 100   {
 101     double absdev = FUNCTION(gsl_stats,absdev) (igroupa, stridea, ina);
 102     double expected = 2.9;
 103     gsl_test_rel (absdev, expected, rel, NAME(gsl_stats) "_absdev");
 104   }
 105
 106   {
 107     double skew = FUNCTION(gsl_stats,skew) (igroupa, stridea, ina);
 108     double expected = -0.909355923168064;
 109     gsl_test_rel (skew, expected, rel, NAME(gsl_stats) "_skew");
 110   }
 111
 112   {
 113     double kurt = FUNCTION(gsl_stats,kurtosis) (igroupa, stridea, ina);
 114     double expected = -0.233692524908094 ;
 115     gsl_test_rel (kurt, expected, rel, NAME(gsl_stats) "_kurtosis");
 116   }
 117
 118   {
 119     double c = FUNCTION(gsl_stats,covariance) (igroupa, stridea, igroupb, strideb, inb);
 120     double expected = 14.5263157894737;
 121     gsl_test_rel (c, expected, rel, NAME(gsl_stats) "_covariance");
 122   }
 123
 124   {
 125     double r = FUNCTION(gsl_stats,correlation) (igroupa, stridea, igroupb, strideb, inb);
 126     double expected = 0.793090350710101;
 127     gsl_test_rel (r, expected, rel, NAME(gsl_stats) "_correlation");
 128   }
 129
 130   {
 131     double pv = FUNCTION(gsl_stats,pvariance) (igroupa, stridea, ina, igroupb, strideb, inb);
 132     double expected = 18.8421052631579;
 133     gsl_test_rel (pv, expected, rel, NAME(gsl_stats) "_pvariance");
 134   }
 135
 136   {
 137     double t = FUNCTION(gsl_stats,ttest) (igroupa, stridea, ina, igroupb, strideb, inb);
 138     double expected = -1.45701922702927;
 139     gsl_test_rel (t, expected, rel, NAME(gsl_stats) "_ttest");
 140   }
 141
 142   {
 143     int max = FUNCTION(gsl_stats,max) (igroupa, stridea, ina);
 144     int expected = 22;
 145     gsl_test (max != expected,
 146               NAME(gsl_stats) "_max (%d observed vs %d expected)", max, expected);
 147   }
 148
 149   {
 150     int min = FUNCTION(gsl_stats,min) (igroupa, stridea, ina);
 151     int expected = 8;
 152     gsl_test (min != expected,
 153               NAME(gsl_stats) "_min (%d observed vs %d expected)", min, expected);
 154   }
 155
 156   {
 157     BASE min, max;
 158     BASE expected_max = 22;
 159     BASE expected_min = 8;
 160
 161     FUNCTION(gsl_stats,minmax) (&min, &max, igroupa, stridea, ina);
 162
 163     gsl_test  (max != expected_max,
 164                NAME(gsl_stats) "_minmax max (" OUT_FORMAT " observed vs " OUT_FORMAT " expected)",
 165                max, expected_max);
 166     gsl_test  (min != expected_min,
 167                NAME(gsl_stats) "_minmax min (" OUT_FORMAT " observed vs " OUT_FORMAT " expected)",
 168                min, expected_min);
 169   }
 170
 171   {
 172     int max_index = FUNCTION(gsl_stats,max_index) (igroupa, stridea, ina);
 173     int expected = 9 ;
 174     gsl_test (max_index != expected,
 175               NAME(gsl_stats) "_max_index (%d observed vs %d expected)",
 176               max_index, expected);
 177   }
 178
 179   {
 180     int min_index = FUNCTION(gsl_stats,min_index) (igroupa, stridea, ina);
 181     int expected = 12 ;
 182     gsl_test (min_index != expected,
 183               NAME(gsl_stats) "_min_index (%d observed vs %d expected)",
 184               min_index, expected);
 185   }
 186
 187   {
 188     size_t min_index, max_index;
 189     size_t expected_max_index = 9;
 190     size_t expected_min_index = 12;
 191
 192     FUNCTION(gsl_stats,minmax_index) (&min_index, &max_index, igroupa, stridea, ina);
 193
 194     gsl_test  (max_index != expected_max_index,
 195                NAME(gsl_stats) "_minmax_index max (%u observed vs %u expected)",
 196                max_index, expected_max_index);
 197     gsl_test  (min_index != expected_min_index,
 198                NAME(gsl_stats) "_minmax_index min (%u observed vs %u expected)",
 199                min_index, expected_min_index);
 200   }
 201
 202
 203   sorted = (BASE *) malloc(stridea * ina * sizeof(BASE)) ;
 204
 205   for (i = 0 ; i < ina ; i++)
 206     sorted[stridea * i] = igroupa[stridea * i] ;
 207
 208
 209   TYPE(gsl_sort)(sorted, stridea, ina) ;
 210
 211   {
 212     double median = FUNCTION(gsl_stats,median_from_sorted_data)(sorted, stridea, ina) ;
 213     double expected = 18;
 214     gsl_test_rel (median,expected, rel,
 215                   NAME(gsl_stats) "_median_from_sorted_data (even)");
 216   }
 217
 218   {
 219     double median = FUNCTION(gsl_stats,median_from_sorted_data)(sorted, stridea, ina - 1) ;
 220     double expected = 18;
 221     gsl_test_rel (median,expected, rel,
 222                   NAME(gsl_stats) "_median_from_sorted_data (odd)");
 223   }
 224
 225
 226   {
 227     double zeroth = FUNCTION(gsl_stats,quantile_from_sorted_data)(sorted, stridea, ina, 0.0) ;
 228     double expected = 8;
 229     gsl_test_rel (zeroth,expected, rel,
 230                   NAME(gsl_stats) "_quantile_from_sorted_data (0)");
 231   }
 232
 233   {
 234     double top = FUNCTION(gsl_stats,quantile_from_sorted_data)(sorted, stridea, ina, 1.0) ;
 235     double expected = 22;
 236     gsl_test_rel (top,expected, rel,
 237                   NAME(gsl_stats) "_quantile_from_sorted_data (100)");
 238   }
 239
 240   {
 241     double median = FUNCTION(gsl_stats,quantile_from_sorted_data)(sorted, stridea, ina, 0.5) ;
 242     double expected = 18;
 243     gsl_test_rel (median,expected, rel,
 244                   NAME(gsl_stats) "_quantile_from_sorted_data (50, even)");
 245   }
 246
 247   {
 248     double median = FUNCTION(gsl_stats,quantile_from_sorted_data)(sorted, stridea, ina - 1, 0.5);
 249     double expected = 18;
 250     gsl_test_rel (median,expected, rel,
 251                   NAME(gsl_stats) "_quantile_from_sorted_data (50, odd)");
 252   }
 253
 254   free (sorted);
 255   free (igroupa);
 256   free (igroupb);
 257   free (test1);
 258 }