htswanalysis/MACS/lib/gsl/gsl-1.11/statistics/ttest_source.c

   1 /* statistics/ttest_source.c
   2  *
   3  * Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2007 Jim Davies, Brian Gough
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify
   6  * it under the terms of the GNU General Public License as published by
   7  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
   8  * your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  11  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  13  * General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18  */
  19
  20 double
  21 FUNCTION(gsl_stats,ttest) (const BASE data1[],
  22                            const size_t stride1, const size_t n1,
  23                            const BASE data2[],
  24                            const size_t stride2, const size_t n2)
  25 {
  26   /* runs a t-test between two datasets representing independent
  27      samples. Tests to see if the difference between means of the
  28      samples is different from zero */
  29
  30   /* find means for the two samples */
  31   const double mean1 = FUNCTION(gsl_stats,mean) (data1, stride1, n1);
  32   const double mean2 = FUNCTION(gsl_stats,mean) (data2, stride2, n2);
  33
  34   /* find pooled variance for the two samples */
  35   const double pv = FUNCTION(gsl_stats,pvariance) (data1, stride1, n1, data2, stride2, n2);
  36
  37   /* calculate the t statistic */
  38   const double t = (mean1 - mean2) / (sqrt (pv * ((1.0 / n1) + (1.0 / n2))));
  39
  40   return t;
  41 }
  42