Added script front-end for primer-design code
[htsworkflow.git] / htswanalysis / MACS / lib / gsl / gsl-1.11 / vector / gsl_vector_int.h
1 /* vector/gsl_vector_int.h
2  * 
3  * Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2007 Gerard Jungman, Brian Gough
4  * 
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify
6  * it under the terms of the GNU General Public License as published by
7  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
8  * your option) any later version.
9  * 
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but
11  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
13  * General Public License for more details.
14  * 
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18  */
19
20 #ifndef __GSL_VECTOR_INT_H__
21 #define __GSL_VECTOR_INT_H__
22
23 #include <stdlib.h>
24 #include <gsl/gsl_types.h>
25 #include <gsl/gsl_errno.h>
26 #include <gsl/gsl_check_range.h>
27 #include <gsl/gsl_block_int.h>
28
29 #undef __BEGIN_DECLS
30 #undef __END_DECLS
31 #ifdef __cplusplus
32 # define __BEGIN_DECLS extern "C" {
33 # define __END_DECLS }
34 #else
35 # define __BEGIN_DECLS /* empty */
36 # define __END_DECLS /* empty */
37 #endif
38
39 __BEGIN_DECLS
40
41 typedef struct 
42 {
43   size_t size;
44   size_t stride;
45   int *data;
46   gsl_block_int *block;
47   int owner;
48
49 gsl_vector_int;
50
51 typedef struct
52 {
53   gsl_vector_int vector;
54 } _gsl_vector_int_view;
55
56 typedef _gsl_vector_int_view gsl_vector_int_view;
57
58 typedef struct
59 {
60   gsl_vector_int vector;
61 } _gsl_vector_int_const_view;
62
63 typedef const _gsl_vector_int_const_view gsl_vector_int_const_view;
64
65
66 /* Allocation */
67
68 gsl_vector_int *gsl_vector_int_alloc (const size_t n);
69 gsl_vector_int *gsl_vector_int_calloc (const size_t n);
70
71 gsl_vector_int *gsl_vector_int_alloc_from_block (gsl_block_int * b,
72                                                      const size_t offset, 
73                                                      const size_t n, 
74                                                      const size_t stride);
75
76 gsl_vector_int *gsl_vector_int_alloc_from_vector (gsl_vector_int * v,
77                                                       const size_t offset, 
78                                                       const size_t n, 
79                                                       const size_t stride);
80
81 void gsl_vector_int_free (gsl_vector_int * v);
82
83 /* Views */
84
85 _gsl_vector_int_view 
86 gsl_vector_int_view_array (int *v, size_t n);
87
88 _gsl_vector_int_view 
89 gsl_vector_int_view_array_with_stride (int *base,
90                                          size_t stride,
91                                          size_t n);
92
93 _gsl_vector_int_const_view 
94 gsl_vector_int_const_view_array (const int *v, size_t n);
95
96 _gsl_vector_int_const_view 
97 gsl_vector_int_const_view_array_with_stride (const int *base,
98                                                size_t stride,
99                                                size_t n);
100
101 _gsl_vector_int_view 
102 gsl_vector_int_subvector (gsl_vector_int *v, 
103                             size_t i, 
104                             size_t n);
105
106 _gsl_vector_int_view 
107 gsl_vector_int_subvector_with_stride (gsl_vector_int *v, 
108                                         size_t i,
109                                         size_t stride,
110                                         size_t n);
111
112 _gsl_vector_int_const_view 
113 gsl_vector_int_const_subvector (const gsl_vector_int *v, 
114                                   size_t i, 
115                                   size_t n);
116
117 _gsl_vector_int_const_view 
118 gsl_vector_int_const_subvector_with_stride (const gsl_vector_int *v, 
119                                               size_t i, 
120                                               size_t stride,
121                                               size_t n);
122
123 /* Operations */
124
125 int gsl_vector_int_get (const gsl_vector_int * v, const size_t i);
126 void gsl_vector_int_set (gsl_vector_int * v, const size_t i, int x);
127
128 int *gsl_vector_int_ptr (gsl_vector_int * v, const size_t i);
129 const int *gsl_vector_int_const_ptr (const gsl_vector_int * v, const size_t i);
130
131 void gsl_vector_int_set_zero (gsl_vector_int * v);
132 void gsl_vector_int_set_all (gsl_vector_int * v, int x);
133 int gsl_vector_int_set_basis (gsl_vector_int * v, size_t i);
134
135 int gsl_vector_int_fread (FILE * stream, gsl_vector_int * v);
136 int gsl_vector_int_fwrite (FILE * stream, const gsl_vector_int * v);
137 int gsl_vector_int_fscanf (FILE * stream, gsl_vector_int * v);
138 int gsl_vector_int_fprintf (FILE * stream, const gsl_vector_int * v,
139                               const char *format);
140
141 int gsl_vector_int_memcpy (gsl_vector_int * dest, const gsl_vector_int * src);
142
143 int gsl_vector_int_reverse (gsl_vector_int * v);
144
145 int gsl_vector_int_swap (gsl_vector_int * v, gsl_vector_int * w);
146 int gsl_vector_int_swap_elements (gsl_vector_int * v, const size_t i, const size_t j);
147
148 int gsl_vector_int_max (const gsl_vector_int * v);
149 int gsl_vector_int_min (const gsl_vector_int * v);
150 void gsl_vector_int_minmax (const gsl_vector_int * v, int * min_out, int * max_out);
151
152 size_t gsl_vector_int_max_index (const gsl_vector_int * v);
153 size_t gsl_vector_int_min_index (const gsl_vector_int * v);
154 void gsl_vector_int_minmax_index (const gsl_vector_int * v, size_t * imin, size_t * imax);
155
156 int gsl_vector_int_add (gsl_vector_int * a, const gsl_vector_int * b);
157 int gsl_vector_int_sub (gsl_vector_int * a, const gsl_vector_int * b);
158 int gsl_vector_int_mul (gsl_vector_int * a, const gsl_vector_int * b);
159 int gsl_vector_int_div (gsl_vector_int * a, const gsl_vector_int * b);
160 int gsl_vector_int_scale (gsl_vector_int * a, const double x);
161 int gsl_vector_int_add_constant (gsl_vector_int * a, const double x);
162
163 int gsl_vector_int_isnull (const gsl_vector_int * v);
164 int gsl_vector_int_ispos (const gsl_vector_int * v);
165 int gsl_vector_int_isneg (const gsl_vector_int * v);
166 int gsl_vector_int_isnonneg (const gsl_vector_int * v);
167
168 #ifdef HAVE_INLINE
169
170 extern inline
171 int
172 gsl_vector_int_get (const gsl_vector_int * v, const size_t i)
173 {
174 #if GSL_RANGE_CHECK
175   if (i >= v->size)
176     {
177       GSL_ERROR_VAL ("index out of range", GSL_EINVAL, 0);
178     }
179 #endif
180   return v->data[i * v->stride];
181 }
182
183 extern inline
184 void
185 gsl_vector_int_set (gsl_vector_int * v, const size_t i, int x)
186 {
187 #if GSL_RANGE_CHECK
188   if (i >= v->size)
189     {
190       GSL_ERROR_VOID ("index out of range", GSL_EINVAL);
191     }
192 #endif
193   v->data[i * v->stride] = x;
194 }
195
196 extern inline
197 int *
198 gsl_vector_int_ptr (gsl_vector_int * v, const size_t i)
199 {
200 #if GSL_RANGE_CHECK
201   if (i >= v->size)
202     {
203       GSL_ERROR_NULL ("index out of range", GSL_EINVAL);
204     }
205 #endif
206   return (int *) (v->data + i * v->stride);
207 }
208
209 extern inline
210 const int *
211 gsl_vector_int_const_ptr (const gsl_vector_int * v, const size_t i)
212 {
213 #if GSL_RANGE_CHECK
214   if (i >= v->size)
215     {
216       GSL_ERROR_NULL ("index out of range", GSL_EINVAL);
217     }
218 #endif
219   return (const int *) (v->data + i * v->stride);
220 }
221
222
223 #endif /* HAVE_INLINE */
224
225 __END_DECLS
226
227 #endif /* __GSL_VECTOR_INT_H__ */
228
229