htswanalysis/MACS/setup.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2 # Time-stamp: <2008-05-28 13:57:25 Tao Liu>
   3
   4 """Description
   5
   6 Setup script for MACS -- Model Based Analysis for ChIP-Seq data
   7
   8 Copyright (c) 2008 Tao Liu <taoliu@jimmy.harvard.edu>
   9
  10 This code is free software; you can redistribute it and/or modify it
  11 under the terms of the Artistic License (see the file COPYING included
  12 with the distribution).
  13
  14 @status:  beta
  15 @version: $Revision$
  16 @author:  Tao Liu
  17 @contact: taoliu@jimmy.harvard.edu
  18 """
  19
  20 import os
  21 import sys
  22 from distutils.core import setup, Extension
  23
  24 def main():
  25     if not float(sys.version[:3])>=2.4:
  26         sys.stderr.write("CRITICAL: Python version must be greater than or equal to 2.4!\n")
  27         sys.exit(1)
  28     sys.stderr.write("Making GSL...\n")
  29     os.chdir("lib/gsl/gsl-1.11")
  30     os.system("./configure --enable-shared")
  31     os.system("make")
  32     os.system("mkdir lib")
  33     os.system("cp .libs/libgsl.a lib/")
  34     os.chdir("../../../")
  35     sys.stderr.write("Done.\n")
  36     setup(name="MACS",
  37           version="1.1",
  38           description="Model Based Analysis for ChIP-Seq data",
  39           author='Yong Zhang; Tao (Foo) Liu',
  40           author_email='zy@jimmy.harvard.edu; taoliu@jimmy.harvard.edu',
  41           url='http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/',
  42           package_dir={'MACS' : 'lib'},
  43           packages=['MACS', 'MACS.TabIO', 'MACS.gsl'],
  44           scripts=['bin/macs'],
  45           ext_modules=[
  46             Extension('MACS.gsl.cdf',['lib/gsl/cdf.c'],
  47                       include_dirs=['lib/gsl/gsl-1.11/gsl/'],
  48                       library_dirs=['lib/gsl/gsl-1.11/lib/'],
  49                       libraries=['gsl','m'])],
  50           classifiers=[
  51             'Development Status :: 5 - productive',
  52             'Environment :: Console',
  53             'Intended Audience :: Developers',
  54             'License :: OSI Approved :: Artistic License',
  55             'Operating System :: MacOS :: MacOS X',
  56             'Operating System :: Microsoft :: Windows',
  57             'Operating System :: POSIX',
  58             'Programming Language :: Python',
  59             ],
  60           )
  61     os.chdir("lib/gsl/gsl-1.11")
  62     os.system("rm -f lib/libgsl.a")
  63     os.system("rmdir lib")
  64     os.chdir("../../../")
  65
  66 if __name__ == '__main__':
  67     main()