htswanalysis/scripts/CollectLibraries.pm

   1 #!/usr/bin/perl -w
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5
   6 my %libraries;
   7
   8 for my $filename (@ARGV) {
   9   chomp $filename;
  10
  11   my $base_file = `basename $filename`;
  12   chomp $base_file;
  13   $base_file =~ /^(\d+)_(.+?)_s(\d+)_.+?([Ss][Ll]\d+)\.align_.*/;
  14   my($date,$flowcell,$lanes,$lib) = ($1,$2,$3,$4);
  15
  16   open(COUNT,$filename.".count");
  17   <COUNT>;
  18   my $count_line = <COUNT>; chomp $count_line; my($all,$pf,$adapt,$align) = split(/\t/,$count_line);
  19   if(!defined($align)) { print STDERR $filename," is badly formatted.\n"; }
  20   close(COUNT);
  21
  22   if(!defined($lib)) {
  23     print STDERR "MISSING LIB: ", $filename,"\n";
  24     next;
  25   }
  26
  27   if(!exists($libraries{$lib})) { my @a; $libraries{$lib} = \@a; }
  28   push @{$libraries{$lib}}, "$flowcell\t$lanes\t$filename\t$all\t$pf\t$adapt\t$align\t$date";
  29 }
  30
  31   print "<?xml version=\"1.0\" ?>\n";
  32   print "<Libraries>\n";
  33
  34   for my $lib (sort {$a =~ /[sS][lL](\d+)/; my $a1 = $1; $b =~ /[sS][lL](\d+)/; my $b1 = $1; $a1 <=> $b1} keys %libraries) {
  35     print "<Library Name=\"$lib\">\n";
  36     for my $data (@{$libraries{$lib}}) {
  37       my($f,$l,$fn,$all,$pf,$adapt,$align,$D) = split(/\t/,$data);
  38       print "<Track Flowcell=\"$f\" Lane=\"$l\" Filename=\"$fn\" All=\"$all\" Pf=\"$pf\" Adapter=\"$adapt\" Align=\"$align\" Date=\"$D\" />\n";
  39     }
  40     print "</Library>\n";
  41   }
  42
  43   print "</Libraries>\n";
  44