htswanalysis/scripts/CollectLibraries.pm

   1 #!/usr/bin/perl -w
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5
   6 my $data_dir = shift;
   7
   8 my @libs = `ls -1d $data_dir/Flowcells/**/*.align*.txt`;
   9
  10 my %libraries;
  11
  12 for my $filename (@libs) {
  13   chomp $filename;
  14
  15   my $base_file = `basename $filename`;
  16   chomp $base_file;
  17   $base_file =~ /^(\d+)_(.+?)_s(\d+)_.+?([Ss][Ll]\d+)\.align_.*/;
  18   my($date,$flowcell,$lanes,$lib) = ($1,$2,$3,$4);
  19
  20   open(COUNT,$filename.".count");
  21   my $count = <COUNT>; chomp $count;
  22   if(!defined($count)) { print STDERR $filename,"\n"; }
  23   close(COUNT);
  24
  25   if(!defined($lib)) {
  26     print STDERR "MISSING LIB: ", $filename,"\n";
  27   }
  28
  29   if(!exists($libraries{$lib})) { my @a; $libraries{$lib} = \@a; }
  30   push @{$libraries{$lib}}, "$flowcell\t$lanes\t$filename\t$count\t$date";
  31 }
  32
  33   print "<?xml version=\"1.0\" ?>\n";
  34   print "<Libraries>\n";
  35
  36   for my $lib (sort {$a =~ /[sS][lL](\d+)/; my $a1 = $1; $b =~ /[sS][lL](\d+)/; my $b1 = $1; $a1 <=> $b1} keys %libraries) {
  37     print "<Library Name=\"$lib\">\n";
  38     for my $data (@{$libraries{$lib}}) {
  39       my($f,$l,$fn,$N,$D) = split(/\t/,$data);
  40       print "<Track Flowcell=\"$f\" Lane=\"$l\" Filename=\"$fn\" Count=\"$N\" Date=\"$D\" />\n";
  41     }
  42     print "</Library>\n";
  43   }
  44
  45   print "</Libraries>\n";
  46