htswanalysis/scripts/CollectLibraries.pm

   1 #!/usr/bin/perl -w
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5
   6 my %libraries;
   7
   8 for my $filename (@ARGV) {
   9   chomp $filename;
  10
  11   my $base_file = `basename $filename`;
  12   chomp $base_file;
  13   $base_file =~ /^(\d+)_(.+?)_s(\d+)_.+?([Ss][Ll]\d+)\.align_.*/;
  14   my($date,$flowcell,$lanes,$lib) = ($1,$2,$3,$4);
  15
  16   open(COUNT,$filename.".count");
  17   my $count = <COUNT>; chomp $count; $count =~ s/\s//g;
  18   if(!defined($count)) { print STDERR $filename,"\n"; }
  19   close(COUNT);
  20
  21   if(!defined($lib)) {
  22     print STDERR "MISSING LIB: ", $filename,"\n";
  23     next;
  24   }
  25
  26   if(!exists($libraries{$lib})) { my @a; $libraries{$lib} = \@a; }
  27   push @{$libraries{$lib}}, "$flowcell\t$lanes\t$filename\t$count\t$date";
  28 }
  29
  30   print "<?xml version=\"1.0\" ?>\n";
  31   print "<Libraries>\n";
  32
  33   for my $lib (sort {$a =~ /[sS][lL](\d+)/; my $a1 = $1; $b =~ /[sS][lL](\d+)/; my $b1 = $1; $a1 <=> $b1} keys %libraries) {
  34     print "<Library Name=\"$lib\">\n";
  35     for my $data (@{$libraries{$lib}}) {
  36       my($f,$l,$fn,$N,$D) = split(/\t/,$data);
  37       print "<Track Flowcell=\"$f\" Lane=\"$l\" Filename=\"$fn\" Count=\"$N\" Date=\"$D\" />\n";
  38     }
  39     print "</Library>\n";
  40   }
  41
  42   print "</Libraries>\n";
  43