htswanalysis/scripts/LibrariesMakefile

   1 #
   2 # Makefile to bring new flowcells ointo the repository. A few bits of computation are done upfront:
   3 #
   4 #  qPCR -- checks in-silico to see if the lane looks like a factor we know about
   5 #  count -- counts the number of (not adapter) aligned reads in the lane
   6 #  complexity -- looks for isolated peaks that are a symptom of low-complexity libraries (or sequencing of a restriction enzyme)
   7 #  profile -- profile of read density relative to the TSS
   8 #  libfiles -- the configure files for the libraries
   9 #
  10 # Once the makefile has run once (please, for your sanity, use make -j N (where N is the number of CPU cores you have),
  11 # then you need to run it again to actually make the libraries proper. This will be (needs to be fixed).
  12 #
  13 # Upon completion, all the above preprocessing is placed in all the flowcell directories, and the libraries are up-to-date.
  14 #
  15
  16 #
  17 # HTSW_ANALYSIS_ROOT is the location of all the programs used and
  18 #    should be defined in the environment
  19 # DATA_DIR is the base directory of the flowcells repoitory
  20 #
  21 ROOT_DIR=$(HTSW_ANALYSIS_ROOT)
  22 DATA_DIR=/Users/Data
  23 HTML_DIR=/Library/WebServer/Documents/SequencingSummaries
  24
  25 # Error messages are collected so as not to bug the user. (if there are no matching files, ls errors.)
  26 FILES=$(shell ls -1d $(DATA_DIR)/Flowcells/**/*.align*.txt 2>> LibrariesMakefile.err)
  27 QPCR_FILES=$(shell ls -1d $(DATA_DIR)/Flowcells/**/*.align*.txt 2>> LibrariesMakefile.err | sed -e s/txt/txt.qPCR/)
  28 COUNT_FILES=$(shell ls -1d $(DATA_DIR)/Flowcells/**/*.align*.txt 2>> LibrariesMakefile.err | sed -e s/txt/txt.count/)
  29 CMPLX_FILES=$(shell ls -1d $(DATA_DIR)/Flowcells/**/*.align*.txt 2>> LibrariesMakefile.err | sed -e s/txt/txt.complexity/)
  30 PROFILE_FILES=$(shell ls -1d $(DATA_DIR)/Flowcells/**/*.align*.txt 2>> LibrariesMakefile.err | sed -e s/txt/txt.profile/)
  31 LIBFILES=$(shell ls -1d $(DATA_DIR)/Libraries/.*.config 2>> LibrariesMakefile.err | sed -e s/config/txt/ -e "s/\/\./\//")
  32
  33 all: $(QPCR_FILES) $(COUNT_FILES) $(FILES) $(DATA_DIR)/qPCR_summary.txt $(DATA_DIR)/LibraryInfo.xml $(LIBFILES) $(DATA_DIR)/SequencingSummary.html Distribute
  34
  35 %.txt.complexity: %.txt
  36         $(ROOT_DIR)/bin/complexity_count `basename $<` $< > $@
  37
  38 %.txt.count: %.txt
  39         grep -v contam $< | awk '{if(NF > 3) {print $$1} }' | wc -l > $@;
  40
  41 %.txt.qPCR: %.txt
  42         $(ROOT_DIR)/bin/qPCR $(subst .txt.qPCR,.txt,$@) $(ROOT_DIR)/reference_data/GenericBackground $(ROOT_DIR)/reference_data/qPCR_Tests/ | sort -k 2 -g -r > $@
  43
  44 %.txt.profile: %.txt
  45         $(ROOT_DIR)/profile_reads/profile_reads_against_features `echo $@ | sed -e s/\.profile//` $(ROOT_DIR)/reference_data/`basename $@ | awk -F\. '{ print $$3 }'`_tx_start_sites > $@
  46         $(ROOT_DIR)/profile_reads/profile_to_svg.pm $@ > $@.svg
  47
  48 $(DATA_DIR)/Libraries/%.txt: $(DATA_DIR)/Libraries/.%.config | LibraryInfo.xml
  49         cat `cat $<` > $@;
  50
  51 $(DATA_DIR)/qPCR_summary.txt: $(QPCR_FILES)
  52         rm -f $@;
  53         for f in $^; do echo `echo $$f`       `cat $$f | head -n 1` >> $@; done;
  54         cat $@ | sort -k 2,1 -g -r > t && mv t $@;
  55
  56 $(DATA_DIR)/LibraryInfo.xml: $(COUNT_FILES) $(CMPLX_FILES)
  57         $(ROOT_DIR)/scripts/CollectLibraries.pm $(DATA_DIR) > $@;
  58         $(ROOT_DIR)/scripts/RecompileLibraries.pm $@ $(DATA_DIR)
  59
  60 $(DATA_DIR)/SequencingSummary.html: $(DATA_DIR)/LibraryInfo.xml
  61         $(ROOT_DIR)/scripts/SummarizeLibrary.pm $< > $@;
  62
  63 Distribute: SequencingSummary.html qPCR_summary.txt
  64         cp $^ $(HTML_DIR);
  65
  66 Libraries: $(LIBFILES)