htswanalysis/scripts/LibrariesMakefile

   1 #
   2 # Makefile to bring new flowcells into the repository, calculating QC for each of them.
   3 #
   4 # Once the makefile has run once (please, for your sanity, use make -j N (where N is the number of CPU cores you have),
   5 # then you need to run it again to actually make the libraries proper. This will be (needs to be fixed).
   6 #
   7 # Upon completion, all the above preprocessing is placed in all the flowcell directories, and the libraries are up-to-date.
   8 #
   9
  10 #
  11 # HTSW_ANALYSIS_ROOT is the location of all the programs used and
  12 #    should be defined in the environment
  13 # DATA_DIR is the base directory of the flowcells repoitory
  14 #
  15 ROOT_DIR=$(HTSW_ANALYSIS_ROOT)
  16 DATA_DIR=/Users/Data
  17 HTML_DIR=/Library/WebServer/Documents/SequencingSummaries
  18
  19 # Error messages are collected so as not to bug the user. (if there are no matching files, ls errors.)
  20 FILES=$(shell ls -1d $(DATA_DIR)/Flowcells/**/*.align*.txt 2>> LibrariesMakefile.err)
  21 QC_FILES=$(shell ls -1d ~Data/Flowcells/**/ | awk -F/ '{print $$0"/"$$(NF-1)"_QC_Summary.html"}' )
  22 LIBFILES=$(shell ls -1d $(DATA_DIR)/Libraries/.*.config 2>> LibrariesMakefile.err | sed -e s/config/txt/ -e "s/\/\./\//")
  23
  24 all: $(QC_FILES) $(FILES) $(DATA_DIR)/LibraryInfo.xml $(LIBFILES) $(DATA_DIR)/SequencingSummary.html Distribute
  25
  26 $(QC_FILES):
  27         cd $(DATA_DIR)/Flowcells/`basename $@ | awk -F_ '{print $$1}'` && $(MAKE) -f $(ROOT_DIR)/scripts/Flowcell_QC_Makefile
  28
  29 $(DATA_DIR)/Libraries/%.txt: $(DATA_DIR)/Libraries/.%.config | LibraryInfo.xml
  30         cat `cat $<` > $@;
  31
  32 $(DATA_DIR)/LibraryInfo.xml: $(QC_FILES)
  33         $(ROOT_DIR)/scripts/CollectLibraries.pm `ls $(DATA_DIR)/Flowcells/**/*.align*.txt` > $@;
  34         $(ROOT_DIR)/scripts/RecompileLibraries.pm $@ $(DATA_DIR)
  35
  36 $(DATA_DIR)/SequencingSummary.html: $(DATA_DIR)/LibraryInfo.xml
  37         $(ROOT_DIR)/scripts/SummarizeLibrary.pm $< > $@;
  38
  39 Distribute: $(DATA_DIR)/SequencingSummary.html
  40         cp $^ $(HTML_DIR);
  41
  42 Libraries: $(LIBFILES)