htswanalysis/scripts/WriteQCSummary.pm

   1 #!/usr/bin/perl -w
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5
   6 use XML::Simple;
   7
   8 my $library_info = shift;
   9 my $xml = XMLin($library_info, ForceArray => 1);
  10
  11 my %num_align;
  12
  13 my $qpcr_filename = shift;
  14 open(QPCR,$qpcr_filename);
  15
  16 my %qpcr_sum;
  17
  18 while(<QPCR>) {
  19   chomp;
  20   my($lane,$factor,$enrich) = split(/ /,$_);
  21   my $line2 = <QPCR>; chomp $line2;
  22   my($lane2,$factor2,$enrich2) = split(/ /,$line2);
  23
  24   next if(!defined($enrich));
  25
  26   my @a = split(/\//,$factor);
  27   $factor = $a[scalar(@a)-1];
  28   @a = split(/\//,$factor2);
  29   $factor2 = $a[scalar(@a)-1];
  30
  31   my $bgcolor;
  32   if($enrich < 2) { $bgcolor = "FF6600"; }
  33   elsif($enrich< 5) { $bgcolor = "FFCC33"; }
  34   elsif($enrich< 10) { $bgcolor = "00CCFF"; }
  35   elsif($enrich eq "nan") { $bgcolor = "FFFFFF"; }
  36   else { $bgcolor = "66FF66"; }
  37
  38   $lane =~ /^(\d\d\d\d\d\d)_(.+?)_s(\d+)_(.+?)\.align_\d+\.(.+?)\.txt\.qPCR$/;
  39   my($date,$fc,$lanes,$name,$genome) = ($1,$2,$3,$4,$5,$6);
  40
  41   $qpcr_sum{$lanes}{'best'} = $factor;
  42   $qpcr_sum{$lanes}{'enrich'} = $enrich;
  43   $qpcr_sum{$lanes}{'bgcolor'} = $bgcolor;
  44
  45   $qpcr_sum{$lanes}{'best2'} = $factor2;
  46   $qpcr_sum{$lanes}{'enrich2'} = $enrich2;
  47   $qpcr_sum{$lanes}{'bgcolor2'} = $bgcolor;
  48 }
  49
  50 for my $i (0..scalar(@{$xml->{Library}})-1) {
  51   my $lib = $xml->{Library}->[$i]->{Name};
  52   for my $t (0..scalar(@{$xml->{Library}->[$i]->{Track}})-1) {
  53     my $N = scalar(@{$xml->{Library}->[$i]->{Track}});
  54     my($date,$fc,$lane,$desc);
  55     my $filename = $xml->{Library}->[$i]->{Track}->[$t]->{Filename};
  56     $filename =~ /^(\d+)_(.+?)_s(\d+)_(.+?)_$lib.align/;
  57     ($date,$fc,$lane,$desc) = ($1,$2,$3,$4);
  58     my $num_reads = $xml->{Library}->[$i]->{Track}->[$t]->{Count};
  59
  60     my $bgcolor;
  61     if($num_reads < 3000000) { $bgcolor = "FF3300"; }
  62     elsif($num_reads < 5000000) { $bgcolor = "FFCC33"; }
  63     elsif($num_reads < 10000000) { $bgcolor = "00CCFF"; }
  64     else { $bgcolor = "66FF66"; }
  65
  66     $num_align{$lane}{'num'} = $num_reads;
  67     $num_align{$lane}{'bgcolor'} = $bgcolor;
  68   }
  69 }
  70
  71 print "<TABLE BORDER=1>";
  72 print "<TR><TD><EM>Lane\(s\)</EM></TD><TD><EM>Lib</EM></TD><TD><EM>Library Name</EM></TD><TD><EM>Aligned Reads</EM></TD><TD><EM>qPCR Factor</EM></TD><TD><EM>Fold enr.</EM></TD><TD><EM>Profile at TSS</EM></TD><TD>IVC Calls</TD></TR>\n";
  73
  74 my @files = `ls -1 *.align_??.*.txt.profile.png`;
  75 for my $file (@files) {
  76   $file =~ /(\d\d\d\d\d\d)_(.+?)_s(\d+)_(.+?)_([Ss][Ll]\d+)/;
  77   my($date,$fc,$lanes,$libname,$lib) = ($1,$2,$3,$4,$5);
  78   my $lane = substr($lanes,0,1);
  79   print "<TR>\n";
  80   print "<TD>$lanes</TD>";
  81   print "<TD>$lib</TD>\n";
  82   print "<TD>$libname</TD>\n";
  83   printf "<TD BGCOLOR=#%s>%0.2fM</TD>\n",$num_align{$lanes}{'bgcolor'},$num_align{$lanes}{'num'}/1000000.0;
  84   printf "<TD BGCOLOR=#%s>%s</TD><TD BGCOLOR=#%s>%0.2f<BR>%0.2f</TD>\n",$qpcr_sum{$lanes}{'bgcolor'},$qpcr_sum{$lanes}{'best'}."<BR>".$qpcr_sum{$lanes}{'best2'},$qpcr_sum{$lanes}{'bgcolor'},$qpcr_sum{$lanes}{'enrich'},$qpcr_sum{$lanes}{'enrich2'};
  85   print "<TD><OBJECT DATA=\"",`basename $file`,"\" WIDTH=\"300\" HEIGHT=\"300\"></OBJECT></TD>";
  86   print "<TD><IMG SRC=\"",$date,"_",$fc,"_s",$lanes,"_",$libname,"_",$lib,".percent_base.png\" WIDTH=\"300\" HEIGHT=\"300\"></TD>";
  87   print "</TR>\n";
  88 }
  89 print "</TABLE>\n";
  90
  91 print "</BODY></HTML>\n";