htswanalysis/scripts/flatten_fasta.pm

   1 #!/usr/bin/perl -w
   2
   3 my $started = 0;
   4 while( my $line = <>) {
   5   if($line =~ /^>/) {
   6     if(!$started) { $started = 1; } else { print "\n"; }
   7     print $line;
   8   }
   9   else {
  10     chomp $line;
  11     print $line;
  12   }
  13 }
  14 print "\n";