htswanalysis/src/SRLib/chrom_list.cpp

   1 /* ChromList:
   2  * Reads in a tab delimited file of the format:
   3  * <chromosome> <filename>
   4  */
   5
   6 #include <iostream>
   7 #include <fstream>
   8 #include <string>
   9 #include <vector>
  10
  11 #include "chrom_list.h"
  12 #include "util.h"
  13
  14 using namespace std;
  15
  16 ChromList::ChromList(char* filename) {
  17   char buffer[1024]; string delim("\t");
  18   ifstream chrom_file(filename);
  19   while(chrom_file.getline(buffer, 1024)) {
  20     string temp(buffer);
  21     vector<string> words;
  22     split(temp, delim,words);
  23     if(words.size() != 2) { cerr << "Error in chrom list." << endl; exit(1); }
  24     (*this)[ words[0] ] = words[1];
  25   }
  26   chrom_file.close();
  27 }