htswanalysis/src/SRLib/read.cpp

   1 /*
   2  * Read.cpp:
   3  *
   4  * Implementation of Read class. Since the class consists of public variables (more of a struct, really) there is not much
   5  * here.
   6  *
   7  * compare_reads: function to compare two reads, first be chromosome, then by position. Useful to sort a vector of reads.
   8  */
   9
  10 #include <string>
  11 #include <iostream>
  12
  13 #include "Read.h"
  14
  15 Read::Read(string chr, unsigned int pos, bool strand, string seq) : Loci(chr,pos) {
  16   this->strand = strand;
  17   this->seq = seq;
  18 }
  19
  20 Read::Read(const Read& r) : Loci(r) {
  21   this->strand = strand;
  22   this->seq = r.seq;
  23 }
  24
  25 Read& Read::operator=(const Read& r) {
  26   if(this == &r) return *this;
  27
  28   Loci::operator=(r);
  29   this->strand = r.strand;
  30   this->seq = r.seq;
  31   return *this;
  32 }
  33
  34 unsigned int Read::length() const {
  35   return seq.length();
  36 }
  37
  38 //Errors if the offset exceeds the length of the read
  39 char Read::operator[](size_t off) const {
  40   if(off >= this->length()) {
  41     cerr << "Error: index " << off << " out of bounds for read of length " << this->length() << endl;
  42   }
  43
  44   return this->seq[off];
  45 }