htswanalysis/src/SRLib/read.h

   1 /*
   2  * Read.h:
   3  * Class to handle short read data. For generalizty, the chromosome is represented as a string.
   4  * It may make sense to save memeory to introduce a chromosome class, and using a pointer to reference it.
   5  *
   6  * chr: name of the chromosome on which the read maps.
   7  * pos: posiiton of hte read on the chromosome
   8  * strand: diretionality of the read. 0 -> forward, 1 -> reverse.
   9  */
  10
  11 #include <vector>
  12 #include <string>
  13 #include "loci.h"
  14
  15 #ifndef READ_H
  16 #define READ_H
  17
  18 using namespace std;
  19
  20 class Read : public Loci {
  21   public:
  22     string seq;
  23     bool strand;
  24
  25     Read(string chr, unsigned int pos, bool strand, string seq);
  26     Read(const Read& r);
  27     Read& operator=(const Read& r);
  28
  29     char operator[](size_t off) const;
  30     unsigned int length() const;
  31 };
  32
  33 typedef vector<Read> Reads;
  34
  35 #endif