htswanalysis/src/SRLib/util.cpp

   1 #include <string>
   2 #include <vector>
   3 #include <math.h>
   4
   5 #include "util.h"
   6
   7 using namespace std;
   8
   9 void split (const string& text, const string& separators, vector<string>& words) {
  10     size_t n     = text.length ();
  11     size_t start = text.find_first_not_of (separators);
  12
  13     while (start < n) {
  14         size_t stop = text.find_first_of (separators, start);
  15         if (stop > n) stop = n;
  16         words.push_back (text.substr (start, stop-start));
  17         start = text.find_first_not_of (separators, stop+1);
  18     }
  19 }
  20
  21 void revcomp(string& output, const string& input)
  22 {
  23   output = input;
  24   unsigned int i;
  25
  26   for (i = 0; i < output.length(); ++i) { output[i] = input[input.length()-(i+1)]; }
  27
  28   for (unsigned int p1 = 0; p1 < output.length(); ++p1) {
  29     if(output[p1] == 'a' || output[p1] == 'A') { output[p1] = 'T'; }
  30     else if(output[p1] == 'c' || output[p1] == 'C') { output[p1] = 'G'; }
  31     else if(output[p1] == 'g' || output[p1] == 'G') { output[p1] = 'C'; }
  32     else if(output[p1] == 't' || output[p1] == 'T') { output[p1] = 'A'; }
  33   }
  34 }
  35
  36 double norm_prob(double x, double mu, double s) {
  37   return (1.0)/(s*sqrt(2*PI)) * exp(-0.5*(x-mu)*(x-mu)/(s*s));
  38 }