htswanalysis/src/ValidationDesign/Window.h

   1 #include <iostream>
   2 #include <vector>
   3
   4 #ifndef WINDOW_H
   5 #define WINDOW_H
   6
   7 using namespace std;
   8
   9 class Window {
  10   public:
  11     string chr;
  12     string name;
  13     unsigned int start;
  14     unsigned int end;
  15     double score;
  16
  17     string sequence;
  18
  19     vector<unsigned int> counts;
  20     unsigned int total;
  21
  22     void count_hits();
  23     void reset(unsigned int new_start, unsigned int new_end);
  24
  25     Window(string name, string chr, int start, int end, double score);
  26     Window(string line);
  27     Window(const Window& r);
  28     Window& operator=(const Window& r);
  29
  30     bool operator<(const Window& b) const;
  31 };
  32
  33 typedef vector<Window> Windows;
  34
  35 #endif