htswanalysis/src/ValidationDesign/window.cpp

   1 #include <iostream>
   2 #include <string>
   3 #include <sstream>
   4 #include <vector>
   5
   6 #include "window.h"
   7 #include "util.h"
   8
   9 void Window::count_hits() {
  10   total = 0;
  11   for(vector<unsigned int>::iterator i = counts.begin(); i != counts.end(); ++i) {
  12   total += *i;
  13   }
  14 }
  15
  16 Window::Window(string name, string chr, int start, int end, double score) {
  17   this->name = name;
  18   this->chr = chr;
  19   this->start = start;
  20   this->end = end;
  21   this->score = score;
  22   counts.clear();
  23   counts.resize(end-start+1,0);
  24   this->sequence = "";
  25 }
  26
  27 Window::Window(const Window& r) {
  28   this->name = r.name;
  29   this->score= r.score;
  30   this->chr = r.chr;
  31   this->sequence = r.sequence;
  32   this->start = r.start;
  33   this->end = r.end;
  34   this->counts = r.counts;
  35 }
  36
  37 Window& Window::operator=(const Window& r) {
  38   this->name = r.name;
  39   this->score = r.score;
  40   this->chr = r.chr;
  41   this->sequence = r.sequence;
  42   this->start = r.start;
  43   this->end = r.end;
  44   this->counts = r.counts;
  45   return *this;
  46 }
  47
  48 ostream &operator<<( ostream &out, const Window &w ) {
  49   out << w.chr.c_str() << "\t" << w.start << "\t" << w.end << "\t" << w.total;
  50   return out;
  51 }
  52
  53 bool Window::operator<(const Window& b) const {
  54   if(this->chr == b.chr) { return this->start < b.start; } else { return this->chr < b.chr; } }
  55
  56
  57 Window::Window(string line) {
  58         istringstream outStream;
  59
  60         vector<string> fields;
  61         string delim("\t");
  62         split(line,delim,fields);
  63
  64         this->name = fields[0];
  65         this->chr = fields[1];
  66         this->start = atoi(fields[2].c_str());
  67         this->end = atoi(fields[3].c_str());
  68         this->score = strtod(fields[4].c_str(), NULL);
  69         this->sequence = "";
  70 }
  71
  72 void Window::reset(unsigned int new_start, unsigned int new_end) {
  73   this->start = new_start;
  74   this->end = new_end;
  75   this->counts.clear();
  76   this->counts.resize(end-start+1,0);
  77 }
  78
  79 bool compare_windows(const Window &a, const Window &b) { if(a.chr == b.chr) { return a.start < b.start; } else { return a.chr < b.chr; } }