htswfrontend/htswfrontend/exp_track/models.py

   1 from django.db import models
   2 from htswfrontend.fctracker.models import *
   3 from django.core.exceptions import ObjectDoesNotExist
   4
   5 class FlowCell(models.Model):
   6
   7   flowcell_id = models.CharField(max_length=20, unique=True, db_index=True, core=True)
   8   run_date = models.DateTimeField(core=True)
   9   advanced_run = models.BooleanField(default=False)
  10   read_length = models.IntegerField(default=32) #Stanford is currenlty 25
  11
  12   lane_1_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_1_library")
  13   lane_2_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_2_library")
  14   lane_3_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_3_library")
  15   lane_4_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_4_library")
  16   lane_5_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_5_library")
  17   lane_6_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_6_library")
  18   lane_7_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_7_library")
  19   lane_8_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_8_library")
  20
  21   lane_1_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
  22   lane_2_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
  23   lane_3_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
  24   lane_4_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
  25   lane_5_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
  26   lane_6_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
  27   lane_7_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
  28   lane_8_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=2.5)
  29
  30   lane_1_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  31   lane_2_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  32   lane_3_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  33   lane_4_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  34   lane_5_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  35   lane_6_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  36   lane_7_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  37   lane_8_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  38
  39   # lane_1_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_1_primer")
  40   # lane_2_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_2_primer")
  41   # lane_3_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_3_primer")
  42   # lane_4_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_4_primer")
  43   # lane_5_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_5_primer")
  44   # lane_6_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_6_primer")
  45   # lane_7_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_7_primer")
  46   # lane_8_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_8_primer")
  47
  48   #Machine Names
  49   CLUSTER_MAC = (
  50       ('M304','Cardinal'),
  51       ('R349','R349'),
  52       ('Tinkerbell','Tinkerbell'),
  53       ('BitBit','BitBit'),
  54     )
  55
  56   SEQ_MAC = (
  57       ('EAS149','Stanford'),
  58       ('EAS46','EAS46'),
  59       ('EAS45','Paris'),
  60       ('Britney','Britney'),
  61       ('EAS614','LiLo'),
  62     )
  63
  64   cluster_mac_id = models.CharField(max_length=50, choices=CLUSTER_MAC, default='BitBit')
  65   seq_mac_id = models.CharField(max_length=50, choices=SEQ_MAC, verbose_name = 'Sequencer', default='Britney')
  66
  67   is_paired_end = models.BooleanField(default=False)
  68
  69   notes = models.TextField(blank=True)
  70
  71   def __str__(self):
  72     #return '%s (%s)' % (self.flowcell_id, self.run_date)
  73     return '%s' % (self.flowcell_id)
  74
  75   def Create_LOG(self):
  76     str = ''
  77     str +='<a target=_balnk href="/exp_track/'+self.flowcell_id+'" title="Create XLS like sheet for this Flowcell ..." ">Create LOG</a>'
  78     try:
  79       t = DataRun.objects.get(fcid=self.id)
  80       str +='<br/><a target=_self href="/admin/exp_track/datarun/?q='+self.flowcell_id+'" title="Check Data Runs ..." ">DataRun ..</a>'
  81     except ObjectDoesNotExist:
  82       str += '<br/><span style="color:red">not sequenced</span>'
  83
  84     if self.is_paired_end:
  85       str += '<div><b>Paired End</b></div>'
  86
  87     return str
  88   Create_LOG.allow_tags = True
  89
  90   def Lanes(self):
  91     return '<div><span style="margin-right:10px">1)%s</span><span style="margin-right:10px">2)%s</span><span style="margin-right:10px">3)%s</span><span style="margin-right:10px">4)%s</span><span style="margin-right:10px">5)%s</span><span style="margin-right:10px">6)%s</span><span style="margin-right:10px">7)%s</span><span style="margin-right:10px">8)%s</span></div>' % (self.lane_1_library,self.lane_2_library,self.lane_3_library,self.lane_4_library,self.lane_5_library,self.lane_6_library,self.lane_7_library,self.lane_8_library)
  92   Lanes.allow_tags = True
  93
  94   class Meta:
  95     ordering = ["-run_date"]
  96
  97   class Admin:
  98     save_on_top = True
  99     date_hierarchy = "run_date"
 100     save_on_top = True
 101     search_fields = ['flowcell_id','seq_mac_id','cluster_mac_id','=lane_1_library__library_id','=lane_2_library__library_id','=lane_3_library__library_id','=lane_4_library__library_id','=lane_5_library__library_id','=lane_6_library__library_id','=lane_7_library__library_id','=lane_8_library__library_id']
 102     list_display = ('flowcell_id','seq_mac_id','run_date', 'Create_LOG','Lanes','notes')
 103     list_filter = ('seq_mac_id','cluster_mac_id')
 104     fields = (
 105         (None, {
 106             'fields': ('run_date', ('flowcell_id','cluster_mac_id','seq_mac_id','is_paired_end'), ('read_length'),)
 107         }),
 108         ('Lanes:', {
 109             ##'fields' : (('lane_1_library', 'lane_1_pM', 'lane_1_cluster_estimate', 'lane_1_primer'), ('lane_2_library', 'lane_2_pM', 'lane_2_cluster_estimate', 'lane_2_primer'), ('lane_3_library', 'lane_3_pM', 'lane_3_cluster_estimate', 'lane_3_primer'), ('lane_4_library', 'lane_4_pM', 'lane_4_cluster_estimate', 'lane_4_primer'), ('lane_5_library', 'lane_5_pM', 'lane_5_cluster_estimate', 'lane_5_primer'), ('lane_6_library', 'lane_6_pM', 'lane_6_cluster_estimate', 'lane_6_primer'), ('lane_7_library', 'lane_7_pM', 'lane_7_cluster_estimate', 'lane_7_primer'), ('lane_8_library', 'lane_8_pM', 'lane_8_cluster_estimate', 'lane_8_primer'),)
 110            'fields' : (('lane_1_library', 'lane_1_pM', 'lane_1_cluster_estimate'), ('lane_2_library', 'lane_2_pM', 'lane_2_cluster_estimate'), ('lane_3_library', 'lane_3_pM', 'lane_3_cluster_estimate'), ('lane_4_library', 'lane_4_pM', 'lane_4_cluster_estimate'), ('lane_5_library', 'lane_5_pM', 'lane_5_cluster_estimate'), ('lane_6_library', 'lane_6_pM', 'lane_6_cluster_estimate'), ('lane_7_library', 'lane_7_pM', 'lane_7_cluster_estimate'), ('lane_8_library', 'lane_8_pM', 'lane_8_cluster_estimate'),)
 111         }),
 112         (None, {
 113             'fields' : ('notes',)
 114         }),
 115     )
 116
 117
 118 ### -----------------------
 119
 120 #Global Util vars
 121 Dict_SEQ_MAC = dict((row[0], row[1]) for row in FlowCell.SEQ_MAC)
 122 Dict_CLUSTER_MAC = dict((row[0], row[1]) for row in FlowCell.CLUSTER_MAC)
 123
 124
 125 class DataRun(models.Model):
 126   ConfTemplate = "CONFIG PARAMS WILL BE GENERATED BY THE PIPELINE SCRIPT.\nYOU'LL BE ABLE TO EDIT AFTER IF NEEDED."
 127   run_folder = models.CharField(max_length=50,unique=True, db_index=True)
 128   fcid = models.ForeignKey(FlowCell,verbose_name="Flowcell Id")
 129   config_params = models.TextField(default=ConfTemplate)
 130   run_start_time = models.DateTimeField(core=True)
 131   RUN_STATUS_CHOICES = (
 132       (0, 'Sequencer running'), ##Solexa Data Pipeline Not Yet Started'),
 133       (1, 'Data Pipeline Started'),
 134       (2, 'Data Pipeline Interrupted'),
 135       (3, 'Data Pipeline Finished'),
 136       (4, 'CollectReads Started'),
 137       (5, 'CollectReads Finished'),
 138       (6, 'QC Finished'),
 139       (7, 'DONE'),
 140     )
 141   run_status = models.IntegerField(choices=RUN_STATUS_CHOICES, default=0)
 142   run_note = models.TextField(blank=True)
 143
 144
 145   # Global var
 146   lrc = []
 147
 148   def main_status(self):
 149     str = '<div'
 150     if self.run_status >= 5:
 151       str += ' style="color:green">'
 152       str += '<b>'+self.RUN_STATUS_CHOICES[self.run_status][1]+'</b>'
 153       str +='<div style="margin-top:10px"><a target=_balnk href="'+settings.TASKS_PROJS_SERVER+'/Flowcells/'+self.fcid.flowcell_id+'/'+self.fcid.flowcell_id+'_QC_Summary.html" title="View QC Summaries of this run ..." ">View QC Page</a></div>'
 154     else:
 155       str += '>'+self.RUN_STATUS_CHOICES[self.run_status][1]
 156     str += '</div>'
 157
 158     ## Check Analysis Server Report
 159     str += '<div style="margin-top:10px">Data:<br/>'
 160     res = getLibReads(self.fcid.flowcell_id.__str__(),'ByFC')
 161
 162     if res[3] != 'OK':
 163       str += '<div style="margin-top:10px;border:solid red 2px">'+res[3]+'</div>'
 164     else:
 165       lc = res[0]
 166       if(lc>0):
 167         rc = "%1.2f" % (res[1]/1000000.0)
 168         lrc = ''
 169         L = 1
 170         for c in res[2]:
 171           lrc += '<div>['+L.__str__()+']: '+ "%1.2f" % (c/1000000.0)+'</div>'
 172           L += 1
 173         str += '<div style="color:green"><b>'+lc.__str__()+'</b> lanes<br/><b>'+rc.__str__()+'</b> M reads</div>'
 174         str += '<div style="color:#666666"><b>'+lrc+'</b></div>'
 175       else:
 176         str += '<div style="color:red">no data yet</div>'
 177
 178     str += '</div>'
 179
 180     return str
 181   main_status.allow_tags = True
 182
 183   ## Util
 184   #Dict_SEQ_MAC = dict((row[0], row[1]) for row in FlowCell.SEQ_MAC)
 185
 186   def Flowcell_Info(self):
 187     str = '<b>'+self.fcid.__str__()+'</b>'
 188     str += '  (c: '+Dict_CLUSTER_MAC[self.fcid.cluster_mac_id]+',  s: '+Dict_SEQ_MAC[self.fcid.seq_mac_id]+')'
 189     if self.fcid.is_paired_end:
 190       str += '<span style="margin-left:10px"><b>Paired End</b></span>'
 191     str += '<div style="margin-top:5px;">'
 192     str +='<a title="View Lane List here ..."  onClick="el = document.getElementById(\'LanesOf'+self.fcid.__str__()+'\');if(el) (el.style.display==\'none\'?el.style.display=\'block\':el.style.display=\'none\')" style="cursor:pointer;color: #5b80b2;">View/hide lanes</a>'
 193     str += '<div id="LanesOf'+self.fcid.__str__()+'" style="display:block;border:solid #cccccc 1px;width:350px">'
 194     LanesList = '<div style="'+('background-color:#cccccc;' if 'Bad library' in self.fcid.lane_1_library.libtags() else '')+'">1: '+self.fcid.lane_1_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_1_library.library_species.use_genome_build+')</div> '
 195     LanesList += '<div style="'+('background-color:#cccccc;' if 'Bad library' in self.fcid.lane_2_library.libtags() else '')+'">2: '+self.fcid.lane_2_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_2_library.library_species.use_genome_build+')</div>'
 196     LanesList += '<div style="'+('background-color:#cccccc;' if 'Bad library' in self.fcid.lane_3_library.libtags() else '')+'">3: '+self.fcid.lane_3_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_3_library.library_species.use_genome_build+')</div>'
 197     LanesList += '<div style="'+('background-color:#cccccc;' if 'Bad library' in self.fcid.lane_4_library.libtags() else '')+'">4: '+self.fcid.lane_4_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_4_library.library_species.use_genome_build+')</div>'
 198     LanesList += '<div style="'+('background-color:#cccccc;' if 'Bad library' in self.fcid.lane_5_library.libtags() else '')+'">5: '+self.fcid.lane_5_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_5_library.library_species.use_genome_build+')</div>'
 199     LanesList += '<div style="'+('background-color:#cccccc;' if 'Bad library' in self.fcid.lane_6_library.libtags() else '')+'">6: '+self.fcid.lane_6_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_6_library.library_species.use_genome_build+')</div>'
 200     LanesList += '<div style="'+('background-color:#cccccc;' if 'Bad library' in self.fcid.lane_7_library.libtags() else '')+'">7: '+self.fcid.lane_7_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_7_library.library_species.use_genome_build+')</div>'
 201     LanesList += '<div style="'+('background-color:#cccccc;' if 'Bad library' in self.fcid.lane_8_library.libtags() else '')+'">8: '+self.fcid.lane_8_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_8_library.library_species.use_genome_build+')</div>'
 202     str += LanesList ## self.fcid.Lanes()
 203     str += '</div>'
 204     str += '<div><a title="open Flowcell record" href="/admin/exp_track/flowcell/'+self.fcid.id.__str__()+'/" target=_self>Edit Flowcell record</a>'
 205     #str += '<span style="color:red;font-size:80%;margin-left:15px;margin-right:3px">New!</span>'
 206     str +='<a style="margin-left:15px;" target=_balnk href="/exp_track/'+self.fcid.flowcell_id+'" title="View XLS like sheet for this Flowcell LOG ..." ">GA LOG Page</a>'
 207     str += '</div>'
 208     str += '</div>'
 209     return str
 210   Flowcell_Info.allow_tags = True
 211
 212   class Admin:
 213     search_fields = ['run_folder','run_note','config_params','=fcid__lane_1_library__library_id','=fcid__lane_2_library__library_id','=fcid__lane_3_library__library_id','=fcid__lane_4_library__library_id','=fcid__lane_5_library__library_id','=fcid__lane_6_library__library_id','=fcid__lane_7_library__library_id','=fcid__lane_8_library__library_id']
 214
 215     list_display = ('run_folder','Flowcell_Info','run_start_time','main_status','run_note')
 216     list_filter = ('run_status','run_start_time')