htsworkflow/frontend/analysis/models.py

   1 from django.db import models
   2 from datetime import datetime
   3 from htsworkflow.frontend import settings
   4 from htsworkflow.frontend.samples.models import Library
   5 from string import *
   6
   7 class Task(models.Model):
   8   task_name = models.CharField(max_length=50,unique=True, db_index=True)
   9   subject1 = models.ForeignKey(Library,related_name='sbj1_library',verbose_name="Subject1 (Signal/Hpa2)")
  10   subject2 = models.ForeignKey(Library,related_name='sbj2_library',verbose_name="Subject2 (Control/Msp1)",blank=True,null=True)
  11   CALCS = (
  12       ('QuEST', 'QuEST Peak Calling'),
  13       ('WingPeaks', 'Wing Peak Calling'),
  14       ('MACS', 'MACS Peak Calling'),
  15       ('qPCR', 'In Silico qPCR'),
  16       ('CompareLibs', 'Compare Libaraies'),
  17       ('ComparePeakCalls','Compare Peak Calls'),
  18       ('ProfileReads','Profile Reads'),
  19       ('Methylseq','Methylseq'),
  20     )
  21   apply_calc = models.CharField(max_length=50,choices=CALCS,verbose_name='Applied Calculation')
  22   ## userid = # logged in user
  23   task_params = models.CharField(max_length=200,blank=True,null=True,default="")
  24   task_status = models.CharField(max_length=500,blank=True,null=True,default='defined')
  25   results_location = models.CharField(max_length=2000,blank=True,null=True)
  26   submitted_on = models.DateTimeField(default=datetime.now())
  27   run_note = models.CharField(max_length=500,blank=True,null=True)
  28
  29   def __str__(self):
  30       return '"%s" - %s on [%s]/[%s]' % (self.task_name,self.apply_calc,self.subject1,self.subject2)
  31
  32   def InProjects(self):
  33       return '...'
  34       ps = self.project_set.all()
  35       pstr = 'In '
  36       return pstr
  37       for p in ps:
  38         pstr += '%s, ' % (p.project_name)
  39       return pstr
  40
  41 class Project(models.Model):
  42     project_name = models.CharField(max_length=50,unique=True, db_index=True)
  43     tasks = models.ManyToManyField(Task,related_name='project_tasks',null=True)
  44     project_notes = models.CharField(max_length=500,blank=True,null=True)
  45
  46     def __str__(self):
  47       return '%s' % (self.project_name)
  48
  49     def ProjectTasks(self):
  50       ptasks = self.tasks.all().order_by('id')
  51       surl = settings.TASKS_PROJS_SERVER+'/projects/'
  52       tstr = '<script>'
  53       tstr += 'function togView(eid){'
  54       tstr += 'f=document.getElementById(eid);'
  55       tstr += 'if(f.height==0){'
  56       tstr += 'f.height=600;'
  57       tstr += 'f.style.border=\'solid #cccccc 3px\';'
  58       tstr += '}else{'
  59       tstr += 'f.height=0;'
  60       tstr += 'f.style.border=\'none\';'
  61       tstr += '}'
  62       tstr += '}'
  63       tstr += '</script>'
  64       Style = ''
  65       if len(ptasks) > 8:  Style = ' style="height:200px;overflow:auto" '
  66       tstr += '<div '+Style+'>'
  67       tstr += '<table><tr><th>Tasks</th><th>Job Status</th>'
  68       isregistered = False
  69       for t in ptasks:
  70         taskdesc = t.task_name+'<div style="font-size:80%">Details: '+t.apply_calc+' on '+t.subject1.id
  71         if t.subject2 is not None:
  72           taskdesc += ' and '+t.subject2.id
  73         taskdesc += ' (TaskId:'+t.id.__str__()+')'
  74         tstr += '<tr><td width=250>%s</td><td>%s</td></tr>'  % (taskdesc,replace(t.task_status,'Complete','<span style="color:green;font-weight:bolder">Complete</span>'))
  75         if t.task_status != 'defined': isregistered = True
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  77       tstr += '</table>'
  78       tstr += '</div>'
  79       tstr += '<div>'
  80       tstr += '<div align=center>'
  81       if isregistered:
  82         tstr += '<a onClick="togView(\'RFrame'+self.id.__str__()+'\');" href="'+surl+self.id.__str__()+'/" title="View Results Page" target="RFrame'+self.id.__str__()+'">VIEW PROJECT RESULTS</a>'
  83         tstr += '<a href="'+surl+self.id.__str__()+'/" title="View Results Page" target="_blank" style="margin-left:10px">(view in new window)</a>'
  84       else:
  85         tstr += 'REGISTERING ...'
  86
  87       tstr += '</div>'
  88       tstr += '<iframe width="100%" height="0" frameborder="0" style="background-color:#ffffff" name="RFrame'+self.id.__str__()+'" id="RFrame'+self.id.__str__()+'"/></iframe>'
  89       tstr += '</div>'
  90       return tstr
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  92     ProjectTasks.allow_tags = True
  93
  94     def ProjTitle(self):
  95       ptasks = self.tasks.all().order_by('id')
  96       tasks_counter = '<span style="color:#666666;font-size:85%">('+len(ptasks).__str__() + ' tasks)</span>'
  97       htmlstr = '%s<br/>%s'  % (self.project_name,tasks_counter)
  98       return htmlstr
  99
 100     ProjTitle.allow_tags = True
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