htsworkflow/frontend/analysis/models.py

   1 from django.db import models
   2 from datetime import datetime
   3 from htsworkflow.frontend.samples.models import Library
   4 from string import *
   5
   6 class Task(models.Model):
   7   task_name = models.CharField(max_length=50,unique=True, db_index=True)
   8   subject1 = models.ForeignKey(Library,related_name='sbj1_library',verbose_name="Subject")
   9   subject2 = models.ForeignKey(Library,related_name='sbj2_library',verbose_name="Subject 2 / Control",blank=True,null=True)
  10   CALCS = (
  11       ('QuEST', 'QuEST Peak Calling'),
  12       ('WingPeaks', 'Wing Peak Calling'),
  13       ('MACS', 'MACS Peak Calling'),
  14       ('qPCR', 'In Silico qPCR'),
  15       ('CompareLibs', 'Compare Libaraies'),
  16       ('ComparePeakCalls','Compare Peak Calls'),
  17       ('ProfileReads','Profile Reads')
  18     )
  19   apply_calc = models.CharField(max_length=50,choices=CALCS,verbose_name='Applied Calculation')
  20   ## userid = # logged in user
  21   task_params = models.CharField(max_length=200,blank=True,null=True,default="")
  22   task_status = models.CharField(max_length=500,blank=True,null=True,default='defined')
  23   results_location = models.CharField(max_length=2000,blank=True,null=True)
  24   submitted_on = models.DateTimeField(default=datetime.now())
  25   run_note = models.CharField(max_length=500,blank=True,null=True)
  26
  27   def __str__(self):
  28       return '"%s" - %s on [%s]/[%s]' % (self.task_name,self.apply_calc,self.subject1,self.subject2)
  29
  30   def InProjects(self):
  31       return '...'
  32       ps = self.project_set.all()
  33       pstr = 'In '
  34       return pstr
  35       for p in ps:
  36         pstr += '%s, ' % (p.project_name)
  37       return pstr
  38
  39
  40 class Project(models.Model):
  41     project_name = models.CharField(max_length=50,unique=True, db_index=True)
  42     tasks = models.ManyToManyField(Task,related_name='project_tasks',null=True)
  43     project_notes = models.CharField(max_length=500,blank=True,null=True)
  44
  45     def __str__(self):
  46       return '%s' % (self.project_name)
  47
  48     def ProjectTasks(self):
  49       ptasks = self.tasks.all().order_by('id')
  50       surl = settings.ANALYSIS_SERVER+'/projects/'
  51       tstr = '<script>'
  52       tstr += 'function togView(eid){'
  53       tstr += 'f=document.getElementById(eid);'
  54       tstr += 'if(f.height==0){'
  55       tstr += 'f.height=600;'
  56       tstr += 'f.style.border=\'solid #cccccc 3px\';'
  57       tstr += '}else{'
  58       tstr += 'f.height=0;'
  59       tstr += 'f.style.border=\'none\';'
  60       tstr += '}'
  61       tstr += '}'
  62       tstr += '</script>'
  63       Style = ''
  64       if len(ptasks) > 8:  Style = ' style="height:200px;overflow:auto" '
  65       tstr += '<div '+Style+'>'
  66       tstr += '<table><tr><th>Tasks</th><th>Job Status</th>'
  67       isregistered = False
  68       for t in ptasks:
  69         taskdesc = t.task_name+'<div style="font-size:80%">Details: '+t.apply_calc+' on '+t.subject1.library_id
  70         if t.subject2 is not None:
  71           taskdesc += ' and '+t.subject2.library_id
  72         taskdesc += ' (TaskId:'+t.id.__str__()+')'
  73         tstr += '<tr><td width=250>%s</td><td>%s</td></tr>'  % (taskdesc,replace(t.task_status,'Complete','<span style="color:green;font-weight:bolder">Complete</span>'))
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  75         if t.task_status != 'defined': isregistered = True
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  77       tstr += '</table>'
  78       tstr += '</div>'
  79       tstr += '<div>'
  80       tstr += '<div align=center>'
  81       if isregistered:
  82         tstr += '<a onClick="togView(\'RFrame'+self.id.__str__()+'\');" href="'+surl+self.id.__str__()+'/" title="View Results Page" target="RFrame'+self.id.__str__()+'">VIEW PROJECT RESULTS</a>'
  83         tstr += '<a href="'+surl+self.id.__str__()+'/" title="View Results Page" target="_blank" style="margin-left:10px">(view in new window)</a>'
  84       else:
  85         tstr += 'REGISTERING ...'
  86
  87       tstr += '</div>'
  88       tstr += '<iframe width="100%" height="0" frameborder="0" style="background-color:#ffffff" name="RFrame'+self.id.__str__()+'" id="RFrame'+self.id.__str__()+'"/></iframe>'
  89       tstr += '</div>'
  90       return tstr
  91
  92     ProjectTasks.allow_tags = True
  93
  94     def ProjTitle(self):
  95       ptasks = self.tasks.all().order_by('id')
  96       tasks_counter = '<span style="color:#666666;font-size:85%">('+len(ptasks).__str__() + ' tasks)</span>'
  97       htmlstr = '%s<br/>%s'  % (self.project_name,tasks_counter)
  98       return htmlstr
  99
 100     ProjTitle.allow_tags = True
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