htsworkflow/frontend/experiments/admin.py

   1 from htsworkflow.frontend.experiments.models import \
   2      FlowCell, DataRun, DataFile, FileType, ClusterStation, Sequencer, Lane
   3 from django.contrib import admin
   4 from django.contrib.admin.widgets import FilteredSelectMultiple
   5 from django.forms import ModelForm
   6 from django.forms.fields import Field, CharField
   7 from django.forms.widgets import TextInput
   8 from django.utils.translation import ugettext_lazy as _
   9
  10 class DataFileForm(ModelForm):
  11     class Meta:
  12         model = DataFile
  13
  14 class DataFileInline(admin.TabularInline):
  15     model = DataFile
  16     form = DataFileForm
  17     raw_id_fields = ('library',)
  18     extra = 0
  19
  20 class DataRunOptions(admin.ModelAdmin):
  21   search_fields = [
  22       'flowcell_id',
  23       'run_folder',
  24       'run_note',
  25       ]
  26   list_display = [
  27       'runfolder_name',
  28       'result_dir',
  29       'run_start_time',
  30   ]
  31   fieldsets = (
  32       (None, {
  33         'fields': (('flowcell', 'run_status'),
  34                    ('runfolder_name', 'cycle_start', 'cycle_stop'),
  35                    ('result_dir',),
  36                    ('last_update_time'),
  37                    ('comment',))
  38       }),
  39     )
  40   inlines = [ DataFileInline ]
  41   #list_filter = ('run_status', 'run_start_time')
  42 admin.site.register(DataRun, DataRunOptions)
  43
  44
  45 class FileTypeAdmin(admin.ModelAdmin):
  46     list_display = ('name', 'mimetype', 'regex')
  47 admin.site.register(FileType, FileTypeAdmin)
  48
  49 # lane form setup needs to come before Flowcell form config
  50 # as flowcell refers to the LaneInline class
  51 class LaneForm(ModelForm):
  52     comment = CharField(widget=TextInput(attrs={'size':'80'}), required=False)
  53
  54     class Meta:
  55         model = Lane
  56
  57 class LaneInline(admin.StackedInline):
  58     """
  59     Controls display of Lanes on the Flowcell form.
  60     """
  61     model = Lane
  62     max_num = 8
  63     extra = 8
  64     form = LaneForm
  65     raw_id_fields = ('library',)
  66     fieldsets = (
  67       (None, {
  68         'fields': ('lane_number', 'flowcell',
  69                    ('library',),
  70                    ('pM', 'cluster_estimate', 'status'),
  71                    'comment',)
  72       }),
  73     )
  74
  75 class LaneOptions(admin.ModelAdmin):
  76     """
  77     Controls display of Lane browser
  78     """
  79     search_fields = ('=flowcell__flowcell_id', 'library__id', 'library__library_name' )
  80     list_display = ('flowcell', 'lane_number', 'library', 'comment')
  81     fieldsets = (
  82       (None, {
  83         'fields': ('lane_number', 'flowcell',
  84                    ('library'),
  85                    ('pM', 'cluster_estimate'))
  86       }),
  87       ('Optional', {
  88         'classes': ('collapse', ),
  89         'fields': ('comment', )
  90       }),
  91     )
  92 admin.site.register(Lane, LaneOptions)
  93
  94 class FlowCellOptions(admin.ModelAdmin):
  95     date_hierarchy = "run_date"
  96     save_on_top = True
  97     search_fields = ('flowcell_id',
  98         'sequencer__name',
  99         'cluster_station__name',
 100         '=lane__library__id',
 101         'lane__library__library_name')
 102     list_display = ('flowcell_id','run_date','Lanes')
 103     list_filter = ('sequencer','cluster_station')
 104     fieldsets = (
 105         (None, {
 106           'fields': ('run_date', ('flowcell_id','cluster_station','sequencer'),
 107                     ('read_length', 'control_lane', 'paired_end'),)
 108         }),
 109         ('Notes:', { 'fields': ('notes',),}),
 110     )
 111     inlines = [
 112       LaneInline,
 113     ]
 114
 115     def formfield_for_dbfield(self, db_field, **kwargs):
 116         field = super(FlowCellOptions, self).formfield_for_dbfield(db_field,
 117                                                                    **kwargs)
 118         # Override field attributes
 119         if db_field.name == "notes":
 120             field.widget.attrs["rows"] = "3"
 121         return field
 122 admin.site.register(FlowCell, FlowCellOptions)
 123
 124 class ClusterStationOptions(admin.ModelAdmin):
 125     list_display = ('name', )
 126     fieldsets = ( ( None, { 'fields': ( 'name', ) } ), )
 127 admin.site.register(ClusterStation, ClusterStationOptions)
 128
 129 class SequencerOptions(admin.ModelAdmin):
 130     list_display = ('name', )
 131     fieldsets = ( ( None, { 'fields': ( 'name', ) } ), )
 132 admin.site.register(Sequencer, SequencerOptions)