htsworkflow/frontend/experiments/admin.py

   1 from htsworkflow.frontend.experiments.models import \
   2      FlowCell, DataRun, DataFile, FileType, ClusterStation, Sequencer, Lane
   3 from django.contrib import admin
   4 from django.contrib.admin.widgets import FilteredSelectMultiple
   5 from django.forms import ModelForm
   6 from django.forms.fields import Field, CharField
   7 from django.forms.widgets import TextInput
   8 from django.utils.translation import ugettext_lazy as _
   9
  10 class DataFileForm(ModelForm):
  11     class Meta:
  12         model = DataFile
  13
  14 class DataFileInline(admin.TabularInline):
  15     model = DataFile
  16     form = DataFileForm
  17     raw_id_fields = ('library',)
  18     extra = 0
  19
  20 class DataRunOptions(admin.ModelAdmin):
  21   search_fields = [
  22       'flowcell_id',
  23       'run_folder',
  24       'run_note',
  25       ]
  26   list_display = [
  27       'runfolder_name',
  28       'result_dir',
  29       'run_start_time',
  30   ]
  31   fieldsets = (
  32       (None, {
  33         'fields': (('flowcell', 'run_status'),
  34                    ('runfolder_name', 'cycle_start', 'cycle_stop'),
  35                    ('result_dir',),
  36                    ('last_update_time'),
  37                    ('image_software', 'image_version'),
  38                    ('basecall_software', 'basecall_version'),
  39                    ('alignment_software', 'alignment_version'),
  40                    ('comment',))
  41       }),
  42     )
  43   inlines = [ DataFileInline ]
  44   #list_filter = ('run_status', 'run_start_time')
  45 admin.site.register(DataRun, DataRunOptions)
  46
  47
  48 class FileTypeAdmin(admin.ModelAdmin):
  49     list_display = ('name', 'mimetype', 'regex')
  50 admin.site.register(FileType, FileTypeAdmin)
  51
  52 # lane form setup needs to come before Flowcell form config
  53 # as flowcell refers to the LaneInline class
  54 class LaneForm(ModelForm):
  55     comment = CharField(widget=TextInput(attrs={'size':'80'}), required=False)
  56
  57     class Meta:
  58         model = Lane
  59
  60 class LaneInline(admin.StackedInline):
  61     """
  62     Controls display of Lanes on the Flowcell form.
  63     """
  64     model = Lane
  65     extra = 8
  66     form = LaneForm
  67     raw_id_fields = ('library',)
  68     fieldsets = (
  69       (None, {
  70         'fields': ('lane_number', 'flowcell',
  71                    ('library',),
  72                    ('pM', 'cluster_estimate', 'status'),
  73                    'comment',)
  74       }),
  75     )
  76
  77 class LaneOptions(admin.ModelAdmin):
  78     """
  79     Controls display of Lane browser
  80     """
  81     search_fields = ('=flowcell__flowcell_id', 'library__id', 'library__library_name' )
  82     list_display = ('flowcell', 'lane_number', 'library', 'comment')
  83     fieldsets = (
  84       (None, {
  85         'fields': ('lane_number', 'flowcell',
  86                    ('library'),
  87                    ('pM', 'cluster_estimate'))
  88       }),
  89       ('Optional', {
  90         'classes': ('collapse', ),
  91         'fields': ('comment', )
  92       }),
  93     )
  94 admin.site.register(Lane, LaneOptions)
  95
  96 class FlowCellOptions(admin.ModelAdmin):
  97     date_hierarchy = "run_date"
  98     save_on_top = True
  99     search_fields = ('flowcell_id',
 100         'sequencer__name',
 101         'cluster_station__name',
 102         '=lane__library__id',
 103         'lane__library__library_name')
 104     list_display = ('flowcell_id','run_date','Lanes')
 105     list_filter = ('sequencer','cluster_station')
 106     fieldsets = (
 107         (None, {
 108           'fields': ('run_date', ('flowcell_id','cluster_station','sequencer'),
 109                     ('read_length', 'control_lane', 'paired_end'),)
 110         }),
 111         ('Notes:', { 'fields': ('notes',),}),
 112     )
 113     inlines = [
 114       LaneInline,
 115     ]
 116
 117     def formfield_for_dbfield(self, db_field, **kwargs):
 118         field = super(FlowCellOptions, self).formfield_for_dbfield(db_field,
 119                                                                    **kwargs)
 120         # Override field attributes
 121         if db_field.name == "notes":
 122             field.widget.attrs["rows"] = "3"
 123         return field
 124 admin.site.register(FlowCell, FlowCellOptions)
 125
 126 class ClusterStationOptions(admin.ModelAdmin):
 127     list_display = ('name', )
 128     fieldsets = ( ( None, { 'fields': ( 'name', ) } ), )
 129 admin.site.register(ClusterStation, ClusterStationOptions)
 130
 131 class SequencerOptions(admin.ModelAdmin):
 132     list_display = ('name', 'instrument_name', 'model')
 133     fieldsets = ( ( None,
 134                     { 'fields': (
 135                         'name', 'instrument_name', 'serial_number',
 136                         'model', 'comment') } ), )
 137 admin.site.register(Sequencer, SequencerOptions)