htsworkflow/frontend/experiments/admin.py

   1 from htsworkflow.frontend.experiments.models import \
   2      FlowCell, DataRun, DataFile, FileType, ClusterStation, Sequencer, Lane
   3 from django.contrib import admin
   4 from django.contrib.admin.widgets import FilteredSelectMultiple
   5 from django.forms import ModelForm
   6 from django.forms.fields import Field, CharField
   7 from django.forms.widgets import TextInput, Select
   8 from django.utils.encoding import force_unicode
   9 from django.utils.html import escape, conditional_escape
  10 from django.utils.translation import ugettext_lazy as _
  11
  12 class DataFileForm(ModelForm):
  13     class Meta:
  14         model = DataFile
  15
  16 class DataFileInline(admin.TabularInline):
  17     model = DataFile
  18     form = DataFileForm
  19     raw_id_fields = ('library',)
  20     extra = 0
  21
  22 class DataRunOptions(admin.ModelAdmin):
  23   search_fields = [
  24       'flowcell_id',
  25       'run_folder',
  26       'run_note',
  27       ]
  28   list_display = [
  29       'runfolder_name',
  30       'result_dir',
  31       'run_start_time',
  32   ]
  33   fieldsets = (
  34       (None, {
  35         'fields': (('flowcell', 'run_status'),
  36                    ('runfolder_name', 'cycle_start', 'cycle_stop'),
  37                    ('result_dir',),
  38                    ('last_update_time'),
  39                    ('image_software', 'image_version'),
  40                    ('basecall_software', 'basecall_version'),
  41                    ('alignment_software', 'alignment_version'),
  42                    ('comment',))
  43       }),
  44     )
  45   inlines = [ DataFileInline ]
  46   #list_filter = ('run_status', 'run_start_time')
  47 admin.site.register(DataRun, DataRunOptions)
  48
  49
  50 class FileTypeAdmin(admin.ModelAdmin):
  51     list_display = ('name', 'mimetype', 'regex')
  52 admin.site.register(FileType, FileTypeAdmin)
  53
  54 # lane form setup needs to come before Flowcell form config
  55 # as flowcell refers to the LaneInline class
  56 class LaneForm(ModelForm):
  57     comment = CharField(widget=TextInput(attrs={'size':'80'}), required=False)
  58
  59     class Meta:
  60         model = Lane
  61
  62 class LaneInline(admin.StackedInline):
  63     """
  64     Controls display of Lanes on the Flowcell form.
  65     """
  66     model = Lane
  67     extra = 8
  68     form = LaneForm
  69     raw_id_fields = ('library',)
  70     fieldsets = (
  71       (None, {
  72         'fields': ('lane_number', 'flowcell',
  73                    ('library',),
  74                    ('pM', 'cluster_estimate', 'status'),
  75                    'comment',)
  76       }),
  77     )
  78
  79 class LaneOptions(admin.ModelAdmin):
  80     """
  81     Controls display of Lane browser
  82     """
  83     search_fields = ('=flowcell__flowcell_id', 'library__id', 'library__library_name' )
  84     list_display = ('flowcell', 'lane_number', 'library', 'comment')
  85     fieldsets = (
  86       (None, {
  87         'fields': ('lane_number', 'flowcell',
  88                    ('library'),
  89                    ('pM', 'cluster_estimate'))
  90       }),
  91       ('Optional', {
  92         'classes': ('collapse', ),
  93         'fields': ('comment', )
  94       }),
  95     )
  96 admin.site.register(Lane, LaneOptions)
  97
  98 class FlowCellOptions(admin.ModelAdmin):
  99     class Media:
 100         css = { 'all': ('css/admin_flowcell.css',) }
 101     date_hierarchy = "run_date"
 102     save_on_top = True
 103     search_fields = ('flowcell_id',
 104         'sequencer__name',
 105         'cluster_station__name',
 106         '=lane__library__id',
 107         'lane__library__library_name')
 108     list_display = ('flowcell_id','run_date','Lanes')
 109     list_filter = ('sequencer','cluster_station')
 110     fieldsets = (
 111         (None, {
 112           'fields': ('run_date', ('flowcell_id','cluster_station','sequencer'),
 113                     ('read_length', 'control_lane', 'paired_end'),)
 114         }),
 115         ('Notes:', { 'fields': ('notes',),}),
 116     )
 117     inlines = [
 118       LaneInline,
 119     ]
 120
 121     def formfield_for_dbfield(self, db_field, **kwargs):
 122         field = super(FlowCellOptions, self).formfield_for_dbfield(db_field,
 123                                                                    **kwargs)
 124
 125         # Override field attributes
 126         if db_field.name == 'sequencer':
 127             # seems kind of clunky.
 128             # the goal is to replace the default select/combo box with one
 129             # that can strike out disabled options.
 130             attrs = field.widget.widget.attrs
 131             disabled_sequencers = field.queryset.filter(active=False)
 132             attrs['disabled_sequencers'] = [ unicode(s.id) for s in disabled_sequencers ]
 133             field.widget.widget = SequencerSelect(attrs=attrs)
 134         elif db_field.name == "notes":
 135             field.widget.attrs["rows"] = "3"
 136         return field
 137 admin.site.register(FlowCell, FlowCellOptions)
 138
 139 class ClusterStationOptions(admin.ModelAdmin):
 140     list_display = ('name', )
 141     fieldsets = ( ( None, { 'fields': ( 'name', ) } ), )
 142 admin.site.register(ClusterStation, ClusterStationOptions)
 143
 144 class SequencerSelect(Select):
 145     def render_option(self, selected_choices, option_value, option_label):
 146         disabled_sequencers = self.attrs.get('disabled_sequencers', [])
 147         option_value = unicode(option_value)
 148         selected_html = (option_value in selected_choices) and u' selected="selected"' or ''
 149         cssclass = "strikeout" if option_value in disabled_sequencers else ''
 150         return u'<option class="%s" value="%s"%s>%s</option>' % (
 151             cssclass, escape(option_value), selected_html,
 152             conditional_escape(force_unicode(option_label)))
 153
 154 class SequencerOptions(admin.ModelAdmin):
 155     list_display = ('name', 'active', 'instrument_name', 'model')
 156     fieldsets = ( ( None,
 157                     { 'fields': (
 158                         'name', 'active', 'instrument_name', 'serial_number',
 159                         'model', 'comment') } ), )
 160
 161 admin.site.register(Sequencer, SequencerOptions)